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Why do pathway methods work better than they should?
FEBS Letters ( IF 3.5 ) Pub Date : 2020-12-01 , DOI: 10.1002/1873-3468.14011 Bence Szalai 1 , Julio Saez‐Rodriguez 2, 3
FEBS Letters ( IF 3.5 ) Pub Date : 2020-12-01 , DOI: 10.1002/1873-3468.14011 Bence Szalai 1 , Julio Saez‐Rodriguez 2, 3
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Pathway analysis methods are frequently applied to cancer gene expression data to identify dysregulated pathways. These methods often infer pathway activity based on the expression of genes belonging to a given pathway, even though the proteins ultimately determine the activity of a given pathway. Furthermore, the association between gene expression levels and protein activities is not well‐characterized. Here, we posit that pathway‐based methods are effective not because of the correlation between expression and activity of members of a given pathway, but because pathway gene sets overlap with the genes regulated by transcription factors (TFs). Thus, pathway‐based methods do not inform about the activity of the pathway of interest but rather reflect changes in TF activities.
中文翻译:
为什么通路方法比它们应有的效果更好?
通路分析方法经常应用于癌症基因表达数据,以识别失调的通路。这些方法通常根据属于给定途径的基因的表达来推断途径活性,即使蛋白质最终决定了给定途径的活性。此外,基因表达水平和蛋白质活性之间的关联还没有得到很好的表征。在这里,我们假设基于通路的方法是有效的,不是因为给定通路成员的表达和活性之间的相关性,而是因为通路基因集与转录因子 (TFs) 调控的基因重叠。因此,基于通路的方法不会告知感兴趣通路的活动,而是反映 TF 活动的变化。
更新日期:2020-12-01
中文翻译:
为什么通路方法比它们应有的效果更好?
通路分析方法经常应用于癌症基因表达数据,以识别失调的通路。这些方法通常根据属于给定途径的基因的表达来推断途径活性,即使蛋白质最终决定了给定途径的活性。此外,基因表达水平和蛋白质活性之间的关联还没有得到很好的表征。在这里,我们假设基于通路的方法是有效的,不是因为给定通路成员的表达和活性之间的相关性,而是因为通路基因集与转录因子 (TFs) 调控的基因重叠。因此,基于通路的方法不会告知感兴趣通路的活动,而是反映 TF 活动的变化。