Ammonia is one of the most common toxicological environment factors affecting shrimp health. Although ammonia tolerance in shrimp is closely related to successful industrial production, few genetic studies of this trait are available. In this study, we constructed a high-density genetic map of the Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) using specific length amplified fragment sequencing (SLAF-seq). The constructed genetic map contained 17,338 polymorphic markers spanning 44 linkage groups, with a total distance of 6360.12 centimorgans (cM) and an average distance of 0.37 cM. Using this genetic map, we identified a quantitative trait locus (QTL) that explained 7.41–8.46% of the phenotypic variance in L. vannamei survival time under acute ammonia stress. We then sequenced the transcriptomes of the most ammonia-tolerant and the most ammonia-sensitive individuals from each of four genetically distinct L. vannamei families. We found that 7546 genes were differentially expressed between the ammonia-tolerant and ammonia-sensitive individuals. Using QTL analysis and the transcriptomes, we identified one candidate gene (annotated as an ATP synthase g subunit) associated with ammonia tolerance. In this study, we constructed a high-density genetic map of L. vannamei and identified a QTL for ammonia tolerance. By combining QTL and transcriptome analyses, we identified a candidate gene associated with ammonia tolerance. Our work provides the basis for future genetic studies focused on molecular marker-assisted selective breeding.

中文翻译：

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太平洋白对虾 (Litopenaeus vannamei) 与氨耐受性相关的数量性状基因座 (QTL) 的鉴定

氨是影响虾健康的最常见的毒理学环境因素之一。虽然虾的氨耐受性与成功的工业生产密切相关，但很少有关于这一性状的遗传研究。在这项研究中，我们使用特定长度扩增片段测序 (SLAF-seq) 构建了太平洋白虾 (Litopenaeus vannamei) 的高密度遗传图谱。构建的遗传图谱包含17338个多态性标记，跨越44个连锁群，总距离为6360.12厘摩（cM），平均距离为0.37cM。使用该遗传图谱，我们确定了一个数量性状基因座 (QTL)，它解释了急性氨胁迫下南美白对虾存活时间的 7.41-8.46% 的表型变异。然后，我们对四个遗传上不同的南美白对虾家族中最耐氨和对氨最敏感的个体的转录组进行了测序。我们发现 7546 个基因在氨耐受和氨敏感个体之间差异表达。使用 QTL 分析和转录组，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因（注释为 ATP 合酶 g 亚基）。在本研究中，我们构建了南美白对虾高密度遗传图谱，并确定了耐氨性的 QTL。通过结合 QTL 和转录组分析，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因。我们的工作为未来以分子标记辅助选择育种为重点的遗传研究奠定了基础。我们发现 7546 个基因在氨耐受和氨敏感个体之间差异表达。使用 QTL 分析和转录组，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因（注释为 ATP 合酶 g 亚基）。在本研究中，我们构建了南美白对虾高密度遗传图谱，并确定了耐氨性的 QTL。通过结合 QTL 和转录组分析，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因。我们的工作为未来以分子标记辅助选择育种为重点的遗传研究奠定了基础。我们发现 7546 个基因在氨耐受和氨敏感个体之间差异表达。使用 QTL 分析和转录组，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因（注释为 ATP 合酶 g 亚基）。在本研究中，我们构建了南美白对虾高密度遗传图谱，并确定了耐氨性的 QTL。通过结合 QTL 和转录组分析，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因。我们的工作为未来以分子标记辅助选择育种为重点的遗传研究奠定了基础。我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因（注释为 ATP 合酶 g 亚基）。在本研究中，我们构建了南美白对虾高密度遗传图谱，并确定了耐氨性的 QTL。通过结合 QTL 和转录组分析，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因。我们的工作为未来以分子标记辅助选择育种为重点的遗传研究奠定了基础。我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因（注释为 ATP 合酶 g 亚基）。在本研究中，我们构建了南美白对虾高密度遗传图谱，并确定了耐氨性的 QTL。通过结合 QTL 和转录组分析，我们确定了一个与氨耐受性相关的候选基因。我们的工作为未来以分子标记辅助选择育种为重点的遗传研究奠定了基础。