ABSTRACT

We have previously reported that not only transcripts of RNA polymerase II (pol II), but also one type of RNA transcribed by RNA polymerase III (pol III), undergo AAUAAA-dependent polyadenylation. Such an unusual feature is inherent in Short Interspersed Elements (SINEs) from genomes of certain mammals. For polyadenylation of its transcript, SINE should contain, besides an AATAAA hexamer and a transcription terminator, two specific regions: β, located downstream of box B of a promoter, and τ, preceding AATAAA. Here, using nucleotide substitutions in SINEs B2 (mouse) and Ves (bat), we identified nucleotides of β regions necessary for polyadenylation of their transcripts. These sequences (β signals) are the following: ACCACATgg in B2 and GGGCATGT in Ves. Using this approach, we identified τ signal of SINE B2 (GCTACagTGTACTTACAT), where TGTA tetramer is most important for polyadenylation. In Ves, τ region is a long polypyrimidine motif which is able to interact with PTB protein in Ves transcripts. We demonstrated by knockdown that B2 and Ves transcript polyadenylation is performed by canonical poly(A) polymerase with the participation of proteins CSPF-160 and Fip1, the known factors of mRNA polyadenylation. We also showed that a factor CFIm partaking in polyadenylation of many mRNAs, is involved only in polyadenylation of B2 transcripts. CFIm seems to interact with τ signal of В2 RNA and thereby facilitates the recruiting of other proteins engaged in polyadenylation. Thus, SINEs utilize at least some proteins involved in polyadenylation of pol II transcripts to polyadenylate their pol III transcripts.

摘要

我们以前曾报道，不仅 RNA 聚合酶 II (pol II) 的转录物，而且由 RNA 聚合酶 III (pol III) 转录的一种 RNA 都经历 AAUAAA 依赖性多腺苷酸化。这种不寻常的特征是来自某些哺乳动物基因组的短散在元素 (SINE) 中所固有的。对于其转录本的多腺苷酸化，除了 AATAAA 六聚体和转录终止子之外，SINE 还应包含两个特定区域：β，位于启动子框 B 的下游，τ，位于 AATAAA 之前。在这里，我们使用 SINEs B2（小鼠）和 Ves（蝙蝠）中的核苷酸取代，鉴定了其转录物多聚腺苷酸化所必需的 β 区域的核苷酸。这些序列（β 信号）如下：B2 中的 ACCACATgg 和 Ves 中的 GGGCATGT。使用这种方法，我们确定了 SINE B2 (GCTACagTGTACTTACAT) 的 τ 信号，其中 TGTA 四聚体对多聚腺苷酸化最重要。在 Ves 中，τ 区域是一个长的多嘧啶基序，能够与 Ves 转录本中的 PTB 蛋白相互作用。我们通过敲低证明了 B2 和 Ves 转录本多腺苷酸化是由典型的 poly(A) 聚合酶在蛋白质 CSPF-160 和 Fip1（已知的 mRNA 多腺苷酸化因子）的参与下进行的。我们还表明，参与许多 mRNA 多聚腺苷酸化的因子 CFIm 仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。τ 区域是一个长的多嘧啶基序，能够与 Ves 转录物中的 PTB 蛋白相互作用。我们通过敲低证明了 B2 和 Ves 转录本多腺苷酸化是由典型的 poly(A) 聚合酶在蛋白质 CSPF-160 和 Fip1（已知的 mRNA 多腺苷酸化因子）的参与下进行的。我们还表明，参与许多 mRNA 多聚腺苷酸化的因子 CFIm 仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。τ 区域是一个长的多嘧啶基序，能够与 Ves 转录物中的 PTB 蛋白相互作用。我们通过敲低证明了 B2 和 Ves 转录本多腺苷酸化是由典型的 poly(A) 聚合酶在蛋白质 CSPF-160 和 Fip1（已知的 mRNA 多腺苷酸化因子）的参与下进行的。我们还表明，参与许多 mRNA 多聚腺苷酸化的因子 CFIm 仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。我们通过敲低证明了 B2 和 Ves 转录本多腺苷酸化是由典型的 poly(A) 聚合酶在蛋白质 CSPF-160 和 Fip1（已知的 mRNA 多腺苷酸化因子）的参与下进行的。我们还表明，参与许多 mRNA 多聚腺苷酸化的因子 CFIm 仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。我们通过敲低证明了 B2 和 Ves 转录本多腺苷酸化是由典型的 poly(A) 聚合酶在蛋白质 CSPF-160 和 Fip1（已知的 mRNA 多腺苷酸化因子）的参与下进行的。我们还表明，参与许多 mRNA 多聚腺苷酸化的因子 CFIm 仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。仅参与 B2 转录物的多聚腺苷酸化。CFIm 似乎与 В2 RNA 的 τ 信号相互作用，从而促进了其他参与多聚腺苷酸化的蛋白质的募集。因此，SINEs 利用至少一些参与 pol II 转录物多腺苷酸化的蛋白质来多聚腺苷酸化它们的 pol III 转录物。