Our view of the periodontal microbial community has been shaped by a century or more of cultivation‐based and microscopic investigations. While these studies firmly established the infection‐mediated etiology of periodontal diseases, it was apparent from the very early days that periodontal microbiology suffered from what Staley and Konopka described as the “great plate count anomaly”, in that these culturable bacteria were only a minor part of what was visible under the microscope. For nearly a century, much effort has been devoted to finding the right tools to investigate this uncultivated majority, also known as “microbial dark matter”. The discovery that DNA was an effective tool to “see” microbial dark matter was a significant breakthrough in environmental microbiology, and oral microbiologists were among the earliest to capitalize on these advances. By identifying the order in which nucleotides are arranged in a stretch of DNA (DNA sequencing) and creating a repository of these sequences, sequence databases were created. Computational tools that used probability‐driven analysis of these sequences enabled the discovery of new and unsuspected species and ascribed novel functions to these species. This review will trace the development of DNA sequencing as a quantitative, open‐ended, comprehensive approach to characterize microbial communities in their native environments, and explore how this technology has shifted traditional dogmas on how the oral microbiome promotes health and its role in disease causation and perpetuation.

中文翻译：

---

使用元分类和宏基因组学探测牙周微生物暗物质

我们对牙周微生物群落的看法是由一个或一个以上世纪的基于培养和显微镜的研究形成的。尽管这些研究牢固地确定了牙周疾病的感染介导病因，但从很早的时候就可以明显看出牙周微生物受到了史塔利和科诺普卡所说的“大盘数异常”的影响，因为这些可培养细菌只是很小的一部分。在显微镜下可见的部分。近一个世纪以来，人们一直在努力寻找合适的工具来研究这种未经培养的多数，也就是“微生物暗物质”。DNA是“查看”微生物暗物质的有效工具的发现是环境微生物学的重大突破，口腔微生物学家是最早利用这些进展的专家之一。通过确定核苷酸在一段DNA中的排列顺序（DNA测序）并创建这些序列的存储库，创建了序列数据库。使用对这些序列进行概率驱动分析的计算工具可以发现新的和未怀疑的物种，并将新功能归因于这些物种。这篇综述将追踪DNA测序技术的发展，该技术是定量，开放性，全面的方法来表征其原生环境中的微生物群落，并探讨该技术如何改变传统教条，即口腔微生物组如何促进健康及其在疾病因果关系中的作用。和永存。通过确定核苷酸在一段DNA中的排列顺序（DNA测序）并创建这些序列的存储库，创建了序列数据库。使用对这些序列进行概率驱动分析的计算工具可以发现新的和未怀疑的物种，并将新功能归因于这些物种。这篇综述将追踪DNA测序技术的发展，该技术是定量，开放性，全面的方法来表征其原生环境中的微生物群落，并探讨该技术如何改变传统教条，即口腔微生物组如何促进健康及其在疾病因果关系中的作用。和永存。通过确定核苷酸在一段DNA中的排列顺序（DNA测序）并创建这些序列的存储库，创建了序列数据库。使用对这些序列进行概率驱动分析的计算工具可以发现新的和未怀疑的物种，并将新功能归因于这些物种。这篇综述将追踪DNA测序技术的发展，该技术是定量，开放性，全面的方法来表征其原生环境中的微生物群落，并探讨该技术如何改变传统教条，即口腔微生物组如何促进健康及其在疾病因果关系中的作用。和永存。使用对这些序列进行概率驱动分析的计算工具可以发现新的和未怀疑的物种，并将新功能归因于这些物种。这篇综述将追踪DNA测序技术的发展，该技术是定量，开放性，全面的方法来表征其原生环境中的微生物群落，并探讨该技术如何改变传统教条，即口腔微生物组如何促进健康及其在疾病因果关系中的作用。和永存。使用对这些序列进行概率驱动分析的计算工具可以发现新的和未怀疑的物种，并将新功能归因于这些物种。这篇综述将追踪DNA测序技术的发展，该技术是定量，开放性，全面的方法来表征其原生环境中的微生物群落，并探讨该技术如何改变传统教条，即口腔微生物组如何促进健康及其在疾病因果关系中的作用。和永存。