Many cell permeabilisation methods to mediate internalisation of various molecules to mammalian or bacterial cells have been developed. However, no size-specific permeability assay suitable for both cell types exists. We report the use of intrinsically biotinylated cell components as the target for reporter molecules for assessing permeabilisation. Due to its well-described biotin binding activity, we developed an assay using Streptavidin (SAv) as a molecular weight marker for assessing eukaryotic and prokaryotic cell internalisation, using flow cytometry as a readout. This concept was tested here as part of the development of host DNA depletion strategies for microbiome analysis of formalin-fixed (FF) samples. Host depletion (HD) strategies require differential cell permeabilisation, where mammalian cells but not bacterial cells are permeabilised, and are subsequently treated with a nuclease. Here, the internalisation of a SAv-conjugate was used as a reference for nucleases of similar dimensions. With this assay, it was possible to demonstrate that formalin fixation does not generate pores which allow the introduction of 60 KDa molecules in mammalian or bacterial membranes/envelopes. Among surfactants tested, Saponin derived from Quillaja bark showed the best selectivity for mammalian cell permeabilisation, which, when coupled with Benzonase nuclease, provided the best results for host DNA depletion, representing a new HD strategy for formalin fixed samples. The assay presented provides researchers with a sensitive and accessible tool for discerning membrane/cell envelop permeability for different size macromolecules.

中文翻译：

---

一种大分子的新型细胞渗透性测定

已经开发出许多介导各种分子向哺乳动物或细菌细胞内化的细胞通透性方法。然而，不存在适用于两种细胞类型的尺寸特异性通透性测定法。我们报告使用内在的生物素化细胞成分作为报告分子评估通透性的目标。由于其具有良好的生物素结合活性，我们开发了一种使用链霉亲和素（SAv）作为分子量标记的分析方法，以流式细胞仪作为读数评估真核和原核细胞的内在化。在此测试了此概念，作为开发用于福尔马林固定（FF）样品的微生物组分析的宿主DNA消耗策略的一部分。宿主耗竭（HD）策略需要差异化的细胞通透性，在这种情况下，哺乳动物细胞而非细菌细胞可以通透，并随后用核酸酶处理。在此，SAv-缀合物的内在化被用作相似尺寸的核酸酶的参考。通过该测定法，有可能证明福尔马林固定不会产生可将60 KDa分子引入哺乳动物或细菌膜/包膜的孔。在经过测试的表面活性剂中，得自Quillaja树皮的皂苷显示出对哺乳动物细胞通透性的最佳选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA消耗提供最佳结果，这代表了福尔马林固定样品的一种新的HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。SAv-缀合物的内在化被用作相似尺寸的核酸酶的参考。通过该测定法，有可能证明福尔马林固定不会产生可将60 KDa分子引入哺乳动物或细菌膜/包膜的孔。在经过测试的表面活性剂中，得自Quillaja树皮的皂苷显示出对哺乳动物细胞通透性的最佳选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA消耗提供最佳结果，这代表了福尔马林固定样品的一种新的HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。SAv-缀合物的内在化被用作相似尺寸的核酸酶的参考。通过该测定法，有可能证明福尔马林固定不会产生可将60 KDa分子引入哺乳动物或细菌膜/包膜的孔。在经过测试的表面活性剂中，得自Quillaja树皮的皂苷显示出对哺乳动物细胞通透性的最佳选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA消耗提供最佳结果，这代表了福尔马林固定样品的一种新的HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。有可能证明福尔马林固定不会产生可将60 KDa分子引入哺乳动物或细菌膜/包膜的孔。在经过测试的表面活性剂中，得自Quillaja树皮的皂苷显示出对哺乳动物细胞通透性的最佳选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA消耗提供最佳结果，这代表了福尔马林固定样品的一种新的HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。有可能证明福尔马林固定不会产生可将60 KDa分子引入哺乳动物或细菌膜/包膜的孔。在经过测试的表面活性剂中，得自Quillaja树皮的皂苷显示出对哺乳动物细胞通透性的最佳选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA消耗提供最佳结果，这代表了福尔马林固定样品的一种新的HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。源自Quillaja树皮的皂苷对哺乳动物细胞通透性表现出最佳的选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA去除提供最佳的结果，这代表了福尔马林固定样品的新HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。源自Quillaja树皮的皂苷对哺乳动物细胞通透性表现出最佳的选择性，当与Benzonase核酸酶结合使用时，可以为宿主DNA去除提供最佳的结果，这代表了福尔马林固定样品的新HD策略。提出的测定法为研究人员提供了一种灵敏且易于使用的工具，可用于分辨不同大小的大分子的膜/细胞包膜通透性。