Genetic analysis of gene expression level is a promising approach for characterizing candidate genes that are involved in complex economic traits such as meat quality. In the present study, we conducted expression quantitative trait loci (eQTL) and allele-specific expression (ASE) analyses based on RNA-sequencing (RNAseq) data from the longissimus muscle of 189 Duroc × Luchuan crossed pigs in order to identify some candidate genes for meat quality traits. Using a genome-wide association study based on a mixed linear model, we identified 7192 cis-eQTL corresponding to 2098 cis-genes (p ≤ 1.33e-3, FDR ≤ 0.05) and 6400 trans-eQTL corresponding to 863 trans-genes (p ≤ 1.13e-6, FDR ≤ 0.05). ASE analysis using RNAseq SNPs identified 9815 significant ASE-SNPs in 2253 unique genes. Integrative analysis between the cis-eQTL and ASE target genes identified 540 common genes, including 33 genes with expression levels that were correlated with at least one meat quality trait. Among these 540 common genes, 63 have been reported previously as candidate genes for meat quality traits, such as PHKG1 (q-value = 1.67e-6 for the leading SNP in the cis-eQTL analysis), NUDT7 (q-value = 5.67e-13), FADS2 (q-value = 8.44e-5), and DGAT2 (q-value = 1.24e-3). The present study confirmed several previously published candidate genes and identified some novel candidate genes for meat quality traits via eQTL and ASE analyses, which will be useful to prioritize candidate genes in further studies.

中文翻译：

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猪肌肉中表达QTL（eQTL）和等位基因特异性表达（ASE）的全基因组分析确定了肉质性状的候选基因

基因表达水平的遗传分析是表征涉及复杂经济性状（如肉质）的候选基因的有前途的方法。在本研究中，我们基于189只杜洛克×陆川杂交猪的最长肌的RNA测序（RNAseq）数据，进行了表达数量性状基因座（eQTL）和等位基因特异性表达（ASE）分析，以鉴定一些候选基因肉质特征。使用基于混合线性模型的全基因组关联研究，我们鉴定出7192个顺式eQTL对应于2098个顺式基因（p≤1.33e-3，FDR≤0.05）和6400个反式eQTL对应于863个转基因（ p≤1.13e-6，FDR≤0.05）。使用RNAseq SNP的ASE分析在2253个独特基因中鉴定出9815个重要的ASE-SNP。cis-eQTL和ASE靶基因之间的整合分析确定了540个共同基因，包括33个表达水平与至少一种肉品质性状相关的基因。在这540个常见基因中，先前已报告63个作为肉质性状的候选基因，例如PHKG1（在cis-eQTL分析中领先的SNP的q值= 1.67e-6），NUDT7（q值= 5.67）。 e-13），FADS2（q值= 8.44e-5）和DGAT2（q值= 1.24e-3）。本研究证实了一些先前发表的候选基因，并通过eQTL和ASE分析鉴定了一些新的肉质性状候选基因，这将有助于进一步研究中优先选择候选基因。先前已经报道了63种作为肉质性状的候选基因，例如PHKG1（在cis-eQTL分析中领先的SNP的q值= 1.67e-6），NUDT7（q值= 5.67e-13），FADS2 （q值= 8.44e-5）和DGAT2（q值= 1.24e-3）。本研究证实了一些先前发表的候选基因，并通过eQTL和ASE分析鉴定了一些新的肉质性状候选基因，这将有助于在进一步研究中优先考虑候选基因。先前已经报道了63种作为肉质性状的候选基因，例如PHKG1（在cis-eQTL分析中领先的SNP的q值= 1.67e-6），NUDT7（q值= 5.67e-13），FADS2 （q值= 8.44e-5）和DGAT2（q值= 1.24e-3）。本研究证实了一些先前发表的候选基因，并通过eQTL和ASE分析鉴定了一些新的肉质性状候选基因，这将有助于在进一步研究中优先考虑候选基因。