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The association between poverty and gene expression within peripheral blood mononuclear cells in a diverse Baltimore City cohort
PLOS ONE ( IF 3.7 ) Pub Date : 2020-09-24 , DOI: 10.1371/journal.pone.0239654
Nicole S. Arnold , Nicole Noren Hooten , Yongqing Zhang , Elin Lehrmann , William Wood , Wendy Camejo Nunez , Roland J. Thorpe , Michele K. Evans , Douglas F. Dluzen

Socioeconomic status (SES), living in poverty, and other social determinants of health contribute to health disparities in the United States. African American (AA) men living below poverty in Baltimore City have a higher incidence of mortality when compared to either white males or AA females living below poverty. Previous studies in our laboratory and elsewhere suggest that environmental conditions are associated with differential gene expression (DGE) patterns in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). DGE have also been associated with hypertension and cardiovascular disease (CVD) and correlate with race and sex. However, no studies have investigated how poverty status associates with DGE between male and female AAs and whites living in Baltimore City. We examined DGE in 52 AA and white participants of the Healthy Aging in Neighborhoods of Diversity across the Life Span (HANDLS) cohort, who were living above or below 125% of the 2004 federal poverty line at time of sample collection. We performed a microarray to assess DGE patterns in PBMCs from these participants. AA males and females living in poverty had the most genes differentially-expressed compared with above poverty controls. Gene ontology (GO) analysis identified unique and overlapping pathways related to the endosome, single-stranded RNA binding, long-chain fatty-acyl-CoA biosynthesis, toll-like receptor signaling, and others within AA males and females living in poverty and compared with their above poverty controls. We performed RT-qPCR to validate top differentially-expressed genes in AA males. We found that KLF6, DUSP2, RBM34, and CD19 are expressed at significantly lower levels in AA males in poverty and KCTD12 is higher compared to above poverty controls. This study serves as an additional link to better understand the gene expression response in peripheral blood mononuclear cells in those living in poverty.



中文翻译:

贫困与巴尔的摩市不同人群外周血单个核细胞内基因表达之间的关联

社会经济地位(SES),生活在贫困中以及其他健康的社会决定因素造成了美国的健康差距。与生活在贫困线以下的白人男性或AA女性相比,巴尔的摩市生活在贫困线以下的非裔美国人死亡率更高。我们实验室和其他地方的先前研究表明,环境条件与外周血单核细胞(PBMC)中的差异基因表达(DGE)模式有关。DGE还与高血压和心血管疾病(CVD)相关,并且与种族和性别相关。但是,没有研究调查贫困状况如何与生活在巴尔的摩市的男性和女性AA和白人之间的DGE相关联。我们检查了52名AA的DGE和整个寿命跨度(HANDLS)队列中多样性社区健康老龄化的白人参与者,他们在样本收集时的生活水平高于或低于2004年联邦贫困线的125%。我们进行了微阵列评估这些参与者在PBMC中的DGE模式。与上述贫困控制相比,生活在贫困中的AA男性和女性具有差异表达的基因最多。基因本体论(GO)分析确定了与内体,单链RNA结合,长链脂肪酰基辅酶A生物合成,通行费样受体信号传导以及生活在贫困中的AA男性和女性中的其他个体相关的独特且重叠的途径,并进行了比较与他们上面的贫困控制。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现 样本收集时,他们的生活水平高于或低于2004年联邦贫困线的125%。我们进行了微阵列评估这些参与者在PBMC中的DGE模式。与上述贫困控制相比,生活在贫困中的AA男性和女性具有差异表达的基因最多。基因本体论(GO)分析确定了与内体,单链RNA结合,长链脂肪酰基辅酶A生物合成,通行费样受体信号传导以及生活在贫困中的AA男性和女性中的其他个体相关的独特且重叠的途径,并进行了比较与他们上面的贫困控制。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现 样本收集时,他们的生活水平高于或低于2004年联邦贫困线的125%。我们进行了微阵列评估这些参与者在PBMC中的DGE模式。与上述贫困控制相比,生活在贫困中的AA男性和女性具有差异表达的基因最多。基因本体论(GO)分析确定了与内体,单链RNA结合,长链脂肪酰基辅酶A生物合成,通行费样受体信号传导以及生活在贫困中的AA男性和女性中的其他个体相关的独特且重叠的途径,并进行了比较与他们上面的贫困控制。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现 与上述贫困控制相比,生活在贫困中的AA男性和女性具有差异表达的基因最多。基因本体论(GO)分析确定了与内体,单链RNA结合,长链脂肪酰基辅酶A生物合成,通行费样受体信号传导以及生活在贫困中的AA男性和女性中的其他个体相关的独特且重叠的途径,并进行了比较与他们上面的贫困控制。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现 与上述贫困控制相比,生活在贫困中的AA男性和女性具有差异表达的基因最多。基因本体论(GO)分析确定了与内体,单链RNA结合,长链脂肪酰基辅酶A生物合成,通行费样受体信号传导以及生活在贫困中的AA男性和女性中的其他个体相关的独特且重叠的途径,并进行了比较与他们上面的贫困控制。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现 以及生活在贫困中的机管局中的其他男性和女性,并将其与上述贫困控制进行比较。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现 以及生活在贫困中的机管局中的其他男性和女性,并将其与上述贫困控制进行比较。我们进行了RT-qPCR,以验证AA雄性中最主要的差异表达基因。我们发现与上述贫困控制相比,贫困的AA男性中KLF6DUSP2RBM34CD19的表达明显较低,而KCTD12则较高。这项研究为更好地了解贫困者外周血单个核细胞中的基因表达反应提供了额外的联系。

更新日期:2020-09-24
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