The browsing habits of sika deer (Cervus nippon) in Japan have caused serious damage to forest vegetation. In Southern Kanto areas such as Tokyo, Saitama, Yamanashi, and Kanagawa Prefectures, sika deer disturb reforestation in logged areas by feeding on planted trees. To appropriately manage sika deer populations in these regions, a genetic marker is required to understand their movement. We previously identified the segregation of sika deer populations between the Kanto Mountain and Tanzawa Mountain areas based on the mitochondrial D-loop region. Here, we aimed to identify an informative genetic marker by focusing on tandem repeat sequences in the D-loop region. The tandem repeat sequences of 145 sika deer sampled in our previous study in Southern Kanto were examined. We revealed that 16 tandem repeat haplotypes existed in Southern Kanto. These tandem repeat haplotypes subdivided five of nine D-loop haplotypes identified in our previous study. Further, they geographically separated one of the D-loop haplotypes, and thus, tandem repeat haplotypes can detect spatial genetic structure with higher sensitivity than flanking D-loop haplotypes. Moreover, the number of tandem repeats ranged from four to eleven. This unusually high variation in the number of repeats might be due to a unique historical background of the Kanto Mountain population. Thus, the tandem repeat haplotype was found to be highly polymorphic, and it can be a useful index to understand sika deer movement in the Southern Kanto area. Furthermore, this marker can be used to analyze the genetic structure of sika deer in other areas.

梅花鹿（日本鹿）的浏览习惯）在日本已经严重破坏了森林植被。在东京，Sa玉县，山梨县和神奈川县等关东南部地区，梅花鹿以砍伐的树木为食，干扰了伐木区的植树造林。为了适当管理这些地区的梅花鹿种群，需要遗传标记来了解它们的活动。我们先前基于线粒体D环区域确定了关东山和丹泽山区之间梅花鹿种群的隔离。在这里，我们旨在通过重点研究D环区域中的串联重复序列来鉴定信息丰富的遗传标记。我们在先前关东南部研究中取样的145梅花鹿的串联重复序列进行了检查。我们发现在关东南部存在16个串联重复单倍型。这些串联重复单倍型细分了我们先前研究中鉴定的九种D环单倍型中的五种。此外，它们在地理上分隔了D环单倍型之一，因此，串联重复单倍型可以比侧翼D环单倍型更敏感地检测空间遗传结构。此外，串联重复的数目为四至十一。重复次数异常高的变化可能是由于关东山区人口的独特历史背景​​。因此，发现串联重复单倍型具有高度多态性，对于了解关东南部梅花鹿的运动可能是一个有用的指标。此外，该标记可用于分析其他地区梅花鹿的遗传结构。他们在地理上分隔了D环单倍体之一，因此，串联重复单倍体可以比侧翼D环单倍体更高的灵敏度检测空间遗传结构。此外，串联重复的数目为四至十一。重复次数异常高的变化可能是由于关东山区人口的独特历史背景​​。因此，发现串联重复单倍型具有高度多态性，对于了解关东南部梅花鹿的运动可能是一个有用的指标。此外，该标记可用于分析其他地区梅花鹿的遗传结构。他们在地理上分隔了D环单倍体之一，因此，串联重复单倍体可以比侧翼D环单倍体更高的灵敏度检测空间遗传结构。此外，串联重复的数目为四至十一。重复次数异常高的变化可能是由于关东山区人口的独特历史背景​​。因此，发现串联重复单倍型具有高度多态性，对于了解关东南部梅花鹿的运动可能是一个有用的指标。此外，该标记可用于分析其他地区梅花鹿的遗传结构。串联重复的数量为4到11。重复次数异常高的变化可能是由于关东山区人口的独特历史背景​​。因此，发现串联重复单倍型具有高度多态性，对于了解关东南部梅花鹿的运动可能是一个有用的指标。此外，该标记可用于分析其他地区梅花鹿的遗传结构。串联重复的数量为4到11。重复次数异常高的变化可能是由于关东山区人口的独特历史背景​​。因此，发现串联重复单倍型具有高度多态性，对于了解关东南部梅花鹿的运动可能是一个有用的指标。此外，该标记可用于分析其他地区梅花鹿的遗传结构。