RNA-seq data analysis with rapidly advancing high-throughput sequencing technology, nowadays provides large number of transcripts or genes to perform downstream analysis including functional annotation and pathway analysis. However for the data from multiple tissues, downstream analysis with tissue-specific or tissue-enriched transcripts is highly preferable. However, there is still a need of tool for quickly performing tissue-enrichment and gene expression analysis irrespective of number of input genes or tissues at various fragments per kilobase of transcript per million fragments mapped (FPKM) thresholds. To fulfill this need, we presented a freely available R package and web-interface tool, TEnGExA, which allows tissue-enrichment analysis (TEA) for any number of genes or transcripts for any species provided only a read-count or FPKM-value matrix as input. Based on the different FPKM value and fold thresholds, TEnGExA classifies the user provided gene lists into tissue-enriched or tissue-specific transcripts along with other standard classes. By analyzing the published sample data from human, plant and microorganism, we signifies that TEnGExA can easily handle complex or large data from any species to provided tissue-enriched gene list for downstream analysis in quick time. In summary, TEnGExA is quick, easy to use and an efficient tool for TEA. The R package is freely available at https://github.com/ubagithub/TEnGExA/ and the GUI web interface is accessible at http://webtom.cabgrid.res.in/tissue_enrich/.

中文翻译：

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TEnGExA：一个基于 R 包的工具，用于组织富集和基因表达分析。

随着高通量测序技术的快速发展，RNA-seq数据分析提供了大量的转录本或基因来进行下游分析，包括功能注释和通路分析。然而，对于来自多个组织的数据，使用组织特异性或组织富集的转录物进行下游分析是非常可取的。然而，仍然需要用于快速执行组织富集和基因表达分析的工具，而不管输入基因或组织的数量如何，每千碱基转录本每百万片段映射 (FPKM) 阈值。为了满足这一需求，我们提供了一个免费提供的 R 包和网络界面工具 TEnGExA，它允许对任何物种的任意数量的基因或转录本进行组织富集分析 (TEA)，仅提供读取计数或 FPKM 值矩阵作为输入。根据不同的 FPKM 值和折叠阈值，TEnGExA 将用户提供的基因列表与其他标准类别一起分类为富含组织的或组织特异性的转录本。通过分析来自人类、植物和微生物的已发布样本数据，我们表明 TEnGExA 可以轻松处理来自任何物种的复杂或大量数据，以快速提供组织丰富的基因列表以供下游分析。总而言之，TEnGExA 是一种快速、易于使用且高效的 TEA 工具。R 包可在 https://github.com/ubagithub/TEnGExA/ 免费获得，GUI Web 界面可在 http://webtom.cabgrid.res.in/tissue_enrich/ 访问。根据不同的 FPKM 值和折叠阈值，TEnGExA 将用户提供的基因列表与其他标准类别一起分类为富含组织的或组织特异性的转录本。通过分析来自人类、植物和微生物的已发布样本数据，我们表明 TEnGExA 可以轻松处理来自任何物种的复杂或大量数据，以快速提供组织丰富的基因列表以供下游分析。总而言之，TEnGExA 是一种快速、易于使用且高效的 TEA 工具。R 包可在 https://github.com/ubagithub/TEnGExA/ 免费获得，GUI Web 界面可在 http://webtom.cabgrid.res.in/tissue_enrich/ 访问。根据不同的 FPKM 值和折叠阈值，TEnGExA 将用户提供的基因列表与其他标准类别一起分类为富含组织的或组织特异性的转录本。通过分析来自人类、植物和微生物的已发布样本数据，我们表明 TEnGExA 可以轻松处理来自任何物种的复杂或大量数据，以快速提供组织丰富的基因列表以供下游分析。总而言之，TEnGExA 是一种快速、易于使用且高效的 TEA 工具。R 包可在 https://github.com/ubagithub/TEnGExA/ 免费获得，GUI Web 界面可在 http://webtom.cabgrid.res.in/tissue_enrich/ 访问。通过分析来自人类、植物和微生物的已发布样本数据，我们表明 TEnGExA 可以轻松处理来自任何物种的复杂或大量数据，以快速提供组织丰富的基因列表以供下游分析。总而言之，TEnGExA 是一种快速、易于使用且高效的 TEA 工具。R 包可在 https://github.com/ubagithub/TEnGExA/ 免费获得，GUI Web 界面可在 http://webtom.cabgrid.res.in/tissue_enrich/ 访问。通过分析来自人类、植物和微生物的已发布样本数据，我们表明 TEnGExA 可以轻松处理来自任何物种的复杂或大量数据，以快速提供组织丰富的基因列表以供下游分析。总而言之，TEnGExA 是一种快速、易于使用且高效的 TEA 工具。R 包可在 https://github.com/ubagithub/TEnGExA/ 免费获得，GUI Web 界面可在 http://webtom.cabgrid.res.in/tissue_enrich/ 访问。