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CrustyBase: an interactive online database for crustacean transcriptomes.
BMC Genomics ( IF 4.4 ) Pub Date : 2020-09-14 , DOI: 10.1186/s12864-020-07063-2
Cameron J Hyde 1 , Quinn P Fitzgibbon 2 , Abigail Elizur 1 , Gregory G Smith 2 , Tomer Ventura 1
Affiliation  

Transcriptome sequencing has opened the field of genomics to a wide variety of researchers, owing to its efficiency, applicability across species and ability to quantify gene expression. The resulting datasets are a rich source of information that can be mined for many years into the future, with each dataset providing a unique angle on a specific context in biology. Maintaining accessibility to this accumulation of data presents quite a challenge for researchers. The primary focus of conventional genomics databases is the storage, navigation and interpretation of sequence data, which is typically classified down to the level of a species or individual. The addition of expression data adds a new dimension to this paradigm – the sampling context. Does gene expression describe different tissues, a temporal distribution or an experimental treatment? These data not only describe an individual, but the biological context surrounding that individual. The structure and utility of a transcriptome database must therefore reflect these attributes. We present an online database which has been designed to maximise the accessibility of crustacean transcriptome data by providing intuitive navigation within and between datasets and instant visualization of gene expression and protein structure. The site is accessible at https://crustybase.org and currently holds 10 datasets from a range of crustacean species. It also allows for upload of novel transcriptome datasets through a simple web interface, allowing the research community to contribute their own data to a pool of shared knowledge.

中文翻译:

CrustyBase:甲壳类转录组的交互式在线数据库。

转录组测序由于其高效性,跨物种的适用性和定量基因表达的能力,已为众多研究人员打开了基因组学领域。所得的数据集是丰富的信息源,可以在未来的很多年中进行挖掘,每个数据集都提供了生物学特定背景的独特视角。保持对这种数据积累的可访问性对研究人员提出了很大的挑战。常规基因组数据库的主要重点是序列数据的存储,导航和解释,序列数据通常按物种或个体的级别进行分类。表达式数据的添加为这种范例增加了新的维度-采样上下文。基因表达是否描述了不同的组织,时间分布还是实验性处理?这些数据不仅描述了一个人,而且描述了该人的生物学背景。因此,转录组数据库的结构和效用必须反映这些属性。我们提供了一个在线数据库,该数据库旨在通过提供数据集内和数据集之间的直观导航以及基因表达和蛋白质结构的即时可视化,来最大化甲壳类转录组数据的可访问性。该网站可从https://crustybase.org进行访问,目前拥有来自一系列甲壳类物种的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上载新颖的转录组数据集,从而使研究界可以将自己的数据贡献给共享的知识库。但是围绕那个人的生物学背景。因此,转录组数据库的结构和效用必须反映这些属性。我们提供了一个在线数据库,该数据库旨在通过提供数据集内和数据集之间的直观导航以及基因表达和蛋白质结构的即时可视化,来最大化甲壳类转录组数据的可访问性。该网站可从https://crustybase.org进行访问,目前拥有来自一系列甲壳类物种的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上载新颖的转录组数据集,从而使研究界可以将自己的数据贡献给共享的知识库。但是围绕那个人的生物学背景。因此,转录组数据库的结构和效用必须反映这些属性。我们提供了一个在线数据库,该数据库旨在通过提供数据集内和数据集之间的直观导航以及基因表达和蛋白质结构的即时可视化,来最大化甲壳类转录组数据的可访问性。该网站可从https://crustybase.org进行访问,目前拥有来自一系列甲壳类物种的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上载新颖的转录组数据集,从而使研究界可以将自己的数据贡献给共享的知识库。我们提供了一个在线数据库,该数据库旨在通过提供数据集内和数据集之间的直观导航以及基因表达和蛋白质结构的即时可视化,来最大化甲壳类转录组数据的可访问性。该网站可从https://crustybase.org进行访问,目前拥有来自一系列甲壳类物种的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上载新颖的转录组数据集,从而使研究界能够将自己的数据贡献给共享的知识库。我们提供了一个在线数据库,该数据库旨在通过提供数据集内和数据集之间的直观导航以及基因表达和蛋白质结构的即时可视化,来最大化甲壳类转录组数据的可访问性。该网站可从https://crustybase.org进行访问,目前拥有来自一系列甲壳类物种的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上传新颖的转录组数据集,从而使研究团体能够将自己的数据贡献给共享的知识库。组织,目前拥有来自一系列甲壳类的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上载新颖的转录组数据集,从而使研究界可以将自己的数据贡献给共享的知识库。组织,目前拥有来自一系列甲壳类的10个数据集。它还允许通过简单的Web界面上载新颖的转录组数据集,从而使研究界能够将自己的数据贡献给共享的知识库。
更新日期:2020-09-14
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