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Parallel analysis of miRNAs and mRNAs suggests distinct regulatory networks in Crassostrea gigas infected by Ostreid herpesvirus 1.
BMC Genomics ( IF 4.4 ) Pub Date : 2020-09-10 , DOI: 10.1186/s12864-020-07026-7
Umberto Rosani 1, 2 , Miriam Abbadi 3 , Timothy Green 4 , Chang-Ming Bai 5 , Edoardo Turolla 6 , Giuseppe Arcangeli 3 , K Mathias Wegner 2 , Paola Venier 1
Affiliation  

Since 2008, the aquaculture production of Crassostrea gigas was heavily affected by mass mortalities associated to Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) microvariants worldwide. Transcriptomic studies revealed the major antiviral pathways of the oyster immune response while other findings suggested that also small non-coding RNAs (sncRNA) such as microRNAs might act as key regulators of the oyster response against OsHV-1. To explore the explicit connection between small non-coding and protein-coding transcripts, we performed paired whole transcriptome analysis of sncRNA and messenger RNA (mRNA) in six oysters selected for different intensities of OsHV-1 infection. The mRNA profiles of the naturally infected oysters were mostly governed by the transcriptional activity of OsHV-1, with several differentially expressed genes mapping to the interferon, toll, apoptosis, and pro-PO pathways. In contrast, miRNA profiles suggested more complex regulatory mechanisms, with 15 differentially expressed miRNAs (DE-miRNA) pointing to a possible modulation of the host response during OsHV-1 infection. We predicted 68 interactions between DE-miRNAs and oyster 3′-UTRs, but only few of them involved antiviral genes. The sncRNA reads assigned to OsHV-1 rather resembled mRNA degradation products, suggesting the absence of genuine viral miRNAs. We provided data describing the miRNAome during OsHV-1 infection in C. gigas. This information can be used to understand the role of miRNAs in healthy and diseased oysters, to identify new targets for functional studies and, eventually to disentangle cause and effect relationships during viral infections in marine mollusks.

中文翻译:

对miRNA和mRNA的平行分析表明,在被Ostreid疱疹病毒1感染的Crassostrea gigas中存在不同的调控网络。

自2008年以来,Crassostrea gigas的水产养殖生产受到与全球Ostreid疱疹病毒1(OsHV-1)微变体相关的大规模死亡的严重影响。转录组学研究揭示了牡蛎免疫应答的主要抗病毒途径,而其他发现则表明,小的非编码RNA(sncRNA)(如microRNA)也可能是牡蛎对OsHV-1应答的关键调节因子。为了探索小的非编码和蛋白质编码的转录本之间的明确联系,我们对六个OsHV-1感染强度不同的牡蛎进行了sncRNA和信使RNA(mRNA)的配对全转录组分析。天然感染牡蛎的mRNA谱主要由OsHV-1的转录活性决定,几种差异表达的基因分别映射到干扰素,收费,细胞凋亡和促PO途径。相比之下,miRNA谱显示出更复杂的调节机制,其中15种差异表达的miRNA(DE-miRNA)指出在OsHV-1感染过程中可能会对宿主反应进行调节。我们预测了DE-miRNA与牡蛎3'-UTR之间有68种相互作用,但其中只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。miRNA配置文件提示更复杂的调节机制,其中15种差异表达的miRNA(DE-miRNA)指出在OsHV-1感染过程中可能会调节宿主反应。我们预测了DE-miRNA与牡蛎3'-UTR之间有68种相互作用,但其中只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,这表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。miRNA配置文件提出了更复杂的调节机制,其中有15种差异表达的miRNA(DE-miRNA)指出在OsHV-1感染过程中可能会对宿主反应进行调节。我们预测了DE-miRNA与牡蛎3'-UTR之间有68种相互作用,但其中只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。具有15个差异表达的miRNA(DE-miRNA),表明在OsHV-1感染过程中可能会对宿主反应进行调节。我们预测了DE-miRNA与牡蛎3'-UTR之间有68种相互作用,但其中只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。具有15个差异表达的miRNA(DE-miRNA),表明在OsHV-1感染过程中可能会对宿主反应进行调节。我们预测了DE-miRNA与牡蛎3'-UTR之间有68种相互作用,但其中只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。但只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。但只有少数涉及抗病毒基因。分配给OsHV-1的sncRNA读数与mRNA降解产物非常相似,表明没有真正的病毒miRNA。我们提供的数据描述了C. gigas中OsHV-1感染期间的miRNAome。该信息可用于了解miRNA在健康和患病牡蛎中的作用,为功能研究确定新的靶标,并最终弄清海洋软体动物在病毒感染过程中的因果关系。
更新日期:2020-09-10
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