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Microarray data analysis reveals gene expression changes in response to ionizing radiation in MCF7 human breast cancer cells
Hereditas ( IF 2.7 ) Pub Date : 2020-09-03 , DOI: 10.1186/s41065-020-00151-z Jing Bai 1 , Youzhen Luo 1 , Shengchu Zhang 2
Hereditas ( IF 2.7 ) Pub Date : 2020-09-03 , DOI: 10.1186/s41065-020-00151-z Jing Bai 1 , Youzhen Luo 1 , Shengchu Zhang 2
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Background The aim of this study was to identify potential therapeutic target genes for breast cancer (BC) by the investigation of gene expression changes after ionizing radiation (IR) in BC cells. Gene expression profile GSE21748, including BC cell line MCF-7 samples at different time points after IR treatment, were downloaded from Gene Expression Omnibus. Differentially expressed genes (DEGs) were identified in different time points following IR compared with cell samples before IR, respectively. Gene ontology functions and The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways of the overlapping DEGs were enriched using DAVID. Transcription factor (TFs)-encoding genes were identified from the overlapping DEGs, followed by construction of transcriptional regulatory network and co-expression network. Results A total of 864 overlapping DEGs were identified, which were significantly enriched in regulation of cell proliferation and apoptosis, and cell cycle process. We found that FOXD1 , STAT6 , XBP1 , STAT2 , LMO2 , TFAP4 , STAT3 , STAT1 were hub nodes in the transcriptional regulatory network of the overlapping DEGs. The co-expression network of target genes regulated by STAT3 , STAT1 , STAT6 and STAT2 included some key genes such as BCL2L1 . Conclusion STAT1 , STAT2 , STAT3 , STAT6 , XBP1 , BCL2L1 , CYB5D2 , ESCO2 , and PARP2 were significantly affected by IR and they may be used as therapeutic gene targets in the treatment of BC.
中文翻译:
微阵列数据分析揭示了 MCF7 人乳腺癌细胞响应电离辐射的基因表达变化
背景本研究的目的是通过研究 BC 细胞中电离辐射 (IR) 后基因表达的变化来确定乳腺癌 (BC) 的潜在治疗靶基因。基因表达谱 GSE21748,包括 IR 处理后不同时间点的 BC 细胞系 MCF-7 样本,从基因表达综合下载。分别与 IR 前的细胞样品相比,在 IR 后的不同时间点鉴定了差异表达基因 (DEG)。使用 DAVID 丰富了重叠 DEG 的基因本体功能和京都基因和基因组途径的京都百科全书。从重叠的DEGs中鉴定出转录因子(TFs)编码基因,然后构建转录调控网络和共表达网络。结果共鉴定出864个重叠的DEGs,在调控细胞增殖、凋亡和细胞周期过程中显着富集。我们发现 FOXD1、STAT6、XBP1、STAT2、LMO2、TFAP4、STAT3、STAT1 是重叠 DEG 转录调控网络中的枢纽节点。STAT3、STAT1、STAT6和STAT2调控的靶基因共表达网络包括一些关键基因,如BCL2L1。结论 STAT1、STAT2、STAT3、STAT6、XBP1、BCL2L1、CYB5D2、ESCO2和PARP2受IR显着影响,可作为治疗BC的治疗基因靶点。STAT1 是重叠 DEG 转录调控网络中的枢纽节点。STAT3、STAT1、STAT6和STAT2调控的靶基因共表达网络包括一些关键基因,如BCL2L1。结论 STAT1、STAT2、STAT3、STAT6、XBP1、BCL2L1、CYB5D2、ESCO2和PARP2受IR显着影响,可作为治疗BC的治疗基因靶点。STAT1 是重叠 DEG 转录调控网络中的枢纽节点。STAT3、STAT1、STAT6和STAT2调控的靶基因共表达网络包括一些关键基因,如BCL2L1。结论 STAT1、STAT2、STAT3、STAT6、XBP1、BCL2L1、CYB5D2、ESCO2和PARP2受IR显着影响,可作为治疗BC的治疗基因靶点。
更新日期:2020-09-03
中文翻译:
微阵列数据分析揭示了 MCF7 人乳腺癌细胞响应电离辐射的基因表达变化
背景本研究的目的是通过研究 BC 细胞中电离辐射 (IR) 后基因表达的变化来确定乳腺癌 (BC) 的潜在治疗靶基因。基因表达谱 GSE21748,包括 IR 处理后不同时间点的 BC 细胞系 MCF-7 样本,从基因表达综合下载。分别与 IR 前的细胞样品相比,在 IR 后的不同时间点鉴定了差异表达基因 (DEG)。使用 DAVID 丰富了重叠 DEG 的基因本体功能和京都基因和基因组途径的京都百科全书。从重叠的DEGs中鉴定出转录因子(TFs)编码基因,然后构建转录调控网络和共表达网络。结果共鉴定出864个重叠的DEGs,在调控细胞增殖、凋亡和细胞周期过程中显着富集。我们发现 FOXD1、STAT6、XBP1、STAT2、LMO2、TFAP4、STAT3、STAT1 是重叠 DEG 转录调控网络中的枢纽节点。STAT3、STAT1、STAT6和STAT2调控的靶基因共表达网络包括一些关键基因,如BCL2L1。结论 STAT1、STAT2、STAT3、STAT6、XBP1、BCL2L1、CYB5D2、ESCO2和PARP2受IR显着影响,可作为治疗BC的治疗基因靶点。STAT1 是重叠 DEG 转录调控网络中的枢纽节点。STAT3、STAT1、STAT6和STAT2调控的靶基因共表达网络包括一些关键基因,如BCL2L1。结论 STAT1、STAT2、STAT3、STAT6、XBP1、BCL2L1、CYB5D2、ESCO2和PARP2受IR显着影响,可作为治疗BC的治疗基因靶点。STAT1 是重叠 DEG 转录调控网络中的枢纽节点。STAT3、STAT1、STAT6和STAT2调控的靶基因共表达网络包括一些关键基因,如BCL2L1。结论 STAT1、STAT2、STAT3、STAT6、XBP1、BCL2L1、CYB5D2、ESCO2和PARP2受IR显着影响,可作为治疗BC的治疗基因靶点。