Long non-coding RNAs (lncRNAs) are involved in many fundamental biological processes, such as transcription regulation, protein degradation, and cell differentiation. Information on lncRNA in the melon fly, Zeugodacus cucurbitae (Coquillett) is currently limited. We constructed 24 RNA-seq libraries from eight tissues (midgut, Malpighian tubules, fat body, ovary, and testis) of Z. cucurbitae adults. A total of 3124 lncRNA transcripts were identified. Among those, 1464 were lincRNAs, 1037 were intronic lncRNAs, 301 were anti-sense lncRNAs, and 322 were sense lncRNAs. The majority of lncRNAs contained two exons and one isoform. Differentially expressed lncRNAs were analyzed between tissues, and Malpighian tubules versus testis had the largest number. Some lncRNAs exhibited strong tissue specificity. Specifically expressed lncRNAs were identified and filtered in tissues of female and male Z. cucurbitae based on their expression levels. Four midgut-specific lncRNAs were validated by quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR), and the data were consistent with RNA-seq data. Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analyses of targets of midgut-specific lncRNAs indicated an enrichment of the metabolic process. This was the first systematic identification of lncRNA in the melon fly. Expressions of lncRNAs in multiple adult tissues were evaluated by quantitative transcriptomic analysis. These qualitative and quantitative analyses of lncRNAs, especially the tissue-specific lncRNAs in Z. cucurbitae, provide useful data for further functional studies.

中文翻译：

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全基因组分析的瓜蝇（Zeugodacus cucurbitae）（Coquillett）的成年组织中的长非编码RNA。

长的非编码RNA（lncRNA）参与许多基本的生物学过程，例如转录调控，蛋白质降解和细胞分化。目前关于瓜蝇葫芦科（Coquillett）中lncRNA的信息有限。我们从葫芦科成虫的八个组织（中肠，马氏小管，脂肪体，卵巢和睾丸）构建了24个RNA-seq文库。总共鉴定了3124个lncRNA转录本。其中，lincRNA为1464个，内含子lncRNA为1037个，反义lncRNA为301个，正义lncRNA为322个。大多数lncRNAs含有两个外显子和一个同工型。在组织之间分析了差异表达的lncRNA，其中马尔皮基小管对睾丸的数量最多。一些lncRNA显示出很强的组织特异性。根据表达水平，鉴定特异性表达的lncRNA并在雌性和雄性葫芦科的组织中过滤。通过定量实时聚合酶链反应（RT-qPCR）验证了四种中肠特异性lncRNA，数据与RNA-seq数据一致。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。葫芦科根据它们的表达水平而定。通过定量实时聚合酶链反应（RT-qPCR）验证了四种中肠特异性lncRNA，数据与RNA-seq数据一致。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。葫芦科根据它们的表达水平而定。通过定量实时聚合酶链反应（RT-qPCR）验证了四种中肠特异性lncRNA，数据与RNA-seq数据一致。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。通过定量实时聚合酶链反应（RT-qPCR）验证了四种中肠特异性lncRNA，数据与RNA-seq数据一致。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。通过定量实时聚合酶链反应（RT-qPCR）验证了四种中肠特异性lncRNA，数据与RNA-seq数据一致。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。对中肠特异性lncRNA靶标进行的基因本体论（GO）和《京都议定书》的基因和基因组百科全书（KEGG）途径分析表明，代谢过程得到了丰富。这是瓜蝇中lncRNA的首次系统鉴定。通过定量转录组分析评估lncRNAs在多个成人组织中的表达。对lncRNA，尤其是葫芦科植物中的组织特异性lncRNA的这些定性和定量分析，为进一步的功能研究提供了有用的数据。