The genomic surveillance of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is based on sequencing of the ORF5 gene of the virus, which covers only 4% of the entire viral genome. It is expected that PRRSV whole-genome sequencing (WGS) will improve PRRSV genomic data and allow better understanding of clinical discrepancies observed in the field when using ORF5 sequencing. Our main objective was to implement an efficient method for WGS of PRRSV from clinical samples. The viral genome was purified using a poly(A)-tail viral genome purification method and sequenced using Illumina technology. We tested 149 PRRSV-positive samples: 80 sera, 33 lungs, 33 pools of tissues, 2 oral fluids, and 1 processing fluid (i.e., castration liquid). Overall, WGS of 67.1% of PRRSV-positive cases was successful. The viral load, in particular for tissues, had a major impact on the PRRSV WGS success rate. Serum was the most efficient type of sample to conduct PRRSV WGS poly(A)-tail assays, with a success rate of 76.3%, and this result can be explained by improved sequencing reads dispersion matching throughout the entire viral genome. WGS was unsuccessful for all pools of tissue and lung samples with Cq values > 26.5, whereas it could still be successful with sera at Cq ≤ 34.1. Evaluation of results of highly qualified personnel confirmed that laboratory skills could affect PRRSV WGS efficiency. Oral fluid samples seem very promising and merit further investigation because, with only 2 samples of low viral load (Cq = 28.8, 32.8), PRRSV WGS was successful.

猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV) 的基因组监测基于病毒 ORF5 基因的测序，该基因仅覆盖整个病毒基因组的 4%。预计 PRRSV 全基因组测序 (WGS) 将改进 PRRSV 基因组数据，并在使用 ORF5 测序时更好地了解现场观察到的临床差异。我们的主要目标是从临床样本中实施一种有效的 PRRSV WGS 方法。病毒基因组使用聚（A）尾病毒基因组纯化方法纯化，并使用 Illumina 技术进行测序。我们测试了 149 份 PRRSV 阳性样本：80 份血清、33 份肺、33 份组织池、2 份口腔液和 1 份处理液（即去势液）。总体而言，67.1% 的 PRRSV 阳性病例的 WGS 是成功的。病毒载量，特别是对于组织，对 PRRSV WGS 成功率产生了重大影响。血清是进行 PRRSV WGS poly(A)-tail 检测最有效的样本类型，成功率为 76.3%，这一结果可以通过改进整个病毒基因组中的测序读数分散匹配来解释。WGS 对于 Cq 值 > 26.5 的所有组织和肺样本池均不成功，而对于 Cq ≤ 34.1 的血清，它仍然可以成功。对高素质人员的评估结果证实实验室技能会影响 PRRSV WGS 效率。口腔液样本似乎很有希望，值得进一步研究，因为只有 2 个样本的低病毒载量 (Cq = 28.8, 32.8)，PRRSV WGS 是成功的。成功率为 76.3%，这一结果可以通过在整个病毒基因组中改进的测序读数分散匹配来解释。WGS 对于 Cq 值 > 26.5 的所有组织和肺样本池均不成功，而对于 Cq ≤ 34.1 的血清，它仍然可以成功。对高素质人员的评估结果证实实验室技能会影响 PRRSV WGS 效率。口腔液样本看起来很有希望，值得进一步研究，因为只有 2 个样本的低病毒载量 (Cq = 28.8, 32.8)，PRRSV WGS 是成功的。成功率为 76.3%，这一结果可以通过在整个病毒基因组中改进的测序读数分散匹配来解释。对于 Cq 值 > 26.5 的所有组织和肺样本池，WGS 都不成功，而对于 Cq ≤ 34.1 的血清，它仍然可以成功。对高素质人员的评估结果证实实验室技能会影响 PRRSV WGS 效率。口腔液样本似乎很有希望，值得进一步研究，因为只有 2 个样本的低病毒载量 (Cq = 28.8, 32.8)，PRRSV WGS 是成功的。而使用 Cq ≤ 34.1 的血清仍可能成功。对高素质人员的评估结果证实实验室技能会影响 PRRSV WGS 效率。口腔液样本似乎很有希望，值得进一步研究，因为只有 2 个样本的低病毒载量 (Cq = 28.8, 32.8)，PRRSV WGS 是成功的。而使用 Cq ≤ 34.1 的血清仍可能成功。对高素质人员的评估结果证实实验室技能会影响 PRRSV WGS 效率。口腔液样本似乎很有希望，值得进一步研究，因为只有 2 个样本的低病毒载量 (Cq = 28.8, 32.8)，PRRSV WGS 是成功的。