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Five-color fluorescence in situ hybridization system for karyotyping of Panax ginseng
Horticulture, Environment, and Biotechnology ( IF 2.4 ) Pub Date : 2020-08-26 , DOI: 10.1007/s13580-020-00267-1 Nomar Espinosa Waminal , Tae-Jin Yang , Jun-Gyo In , Hyun Hee Kim
Horticulture, Environment, and Biotechnology ( IF 2.4 ) Pub Date : 2020-08-26 , DOI: 10.1007/s13580-020-00267-1 Nomar Espinosa Waminal , Tae-Jin Yang , Jun-Gyo In , Hyun Hee Kim
Chromosomal mapping of repetitive elements is invaluable in understanding genome structure and evolution. Repetitive elements constitute ~ 80% of the allotetraploid ginseng (Panax ginseng) genome. Preparing sporophytic metaphase chromosomes of ginseng is laborious; therefore, it would be advantageous to maximize the information obtained from a single slide. Here, we investigated the suitability of simultaneous five-color fluorescence in situ hybridization using major ginseng repeats, namely PgDel1, PgDel2, PgTel, and Pg167TR. For Pg167TR, we generated two degenerate probe libraries (Pg167TRa and Pg167TRb) based on the chromosomal target coverage. We labeled the probes with dark-red, blue, red, orange, and green fluorochromes and used excitation/emission filter sets specific to each fluorochrome to detect fluorescence in situ hybridization signals. PgDel1 was distributed across all 24 chromosome pairs, except for the secondary constriction region of chromosome 16, whereas PgDel2 was distributed over 12 of the 24 pairs. PgTel was localized in the termini of chromosomes and in an intercalary region in chromosome 13. Pg167TRa and Pg167TRb were distributed among 22 chromosome pairs with loci polymorphisms. These results showed the utility of five-color fluorescence in situ hybridization for chromosomal mapping of five repeats to expedite karyotyping and facilitate genome evolution studies in ginseng and other plant species.
中文翻译:
人参核型分析的五色荧光原位杂交系统
重复元件的染色体作图对于理解基因组结构和进化是非常宝贵的。重复元素构成了异源四倍体人参(Panax ginseng)基因组的约 80%。制备人参孢子体中期染色体费力;因此,最大化从单张幻灯片中获得的信息将是有利的。在这里,我们研究了使用主要人参重复序列(即 PgDel1、PgDel2、PgTel 和 Pg167TR)同时进行五色荧光原位杂交的适用性。对于 Pg167TR,我们根据染色体目标覆盖率生成了两个简并探针库(Pg167TRa 和 Pg167TRb)。我们用深红色、蓝色、红色、橙色和绿色荧光染料标记探针,并使用针对每种荧光染料的激发/发射滤光片组来检测荧光原位杂交信号。PgDel1 分布在所有 24 对染色体中,除了 16 号染色体的次级收缩区,而 PgDel2 分布在 24 对中的 12 对中。PgTel定位于染色体末端和13号染色体的中间区域。Pg167TRa和Pg167TRb分布在22对具有基因座多态性的染色体对中。这些结果表明,五色荧光原位杂交可用于五个重复的染色体作图,以加快核型分析并促进人参和其他植物物种的基因组进化研究。Pg167TRa 和Pg167TRb 分布在22 对具有基因座多态性的染色体对中。这些结果表明,五色荧光原位杂交可用于五个重复的染色体作图,以加快核型分析并促进人参和其他植物物种的基因组进化研究。Pg167TRa 和Pg167TRb 分布在具有基因座多态性的22 对染色体中。这些结果表明,五色荧光原位杂交可用于五个重复的染色体作图,以加快核型分析并促进人参和其他植物物种的基因组进化研究。
更新日期:2020-08-26
中文翻译:
人参核型分析的五色荧光原位杂交系统
重复元件的染色体作图对于理解基因组结构和进化是非常宝贵的。重复元素构成了异源四倍体人参(Panax ginseng)基因组的约 80%。制备人参孢子体中期染色体费力;因此,最大化从单张幻灯片中获得的信息将是有利的。在这里,我们研究了使用主要人参重复序列(即 PgDel1、PgDel2、PgTel 和 Pg167TR)同时进行五色荧光原位杂交的适用性。对于 Pg167TR,我们根据染色体目标覆盖率生成了两个简并探针库(Pg167TRa 和 Pg167TRb)。我们用深红色、蓝色、红色、橙色和绿色荧光染料标记探针,并使用针对每种荧光染料的激发/发射滤光片组来检测荧光原位杂交信号。PgDel1 分布在所有 24 对染色体中,除了 16 号染色体的次级收缩区,而 PgDel2 分布在 24 对中的 12 对中。PgTel定位于染色体末端和13号染色体的中间区域。Pg167TRa和Pg167TRb分布在22对具有基因座多态性的染色体对中。这些结果表明,五色荧光原位杂交可用于五个重复的染色体作图,以加快核型分析并促进人参和其他植物物种的基因组进化研究。Pg167TRa 和Pg167TRb 分布在22 对具有基因座多态性的染色体对中。这些结果表明,五色荧光原位杂交可用于五个重复的染色体作图,以加快核型分析并促进人参和其他植物物种的基因组进化研究。Pg167TRa 和Pg167TRb 分布在具有基因座多态性的22 对染色体中。这些结果表明,五色荧光原位杂交可用于五个重复的染色体作图,以加快核型分析并促进人参和其他植物物种的基因组进化研究。