Abstract The Red fox (Vulpes vulpes) has established large populations in Australia’s urban and rural areas since its introduction following European settlement. The cryptic and highly adaptable nature of foxes allows them to invade cities and live among humans whilst remaining largely unnoticed. Urban living and access to anthropogenic food resources also influence fox ecology. Urban foxes grow larger, live at higher densities, and are more social than their rural counterparts. These ecological changes in urban red foxes are likely to impact the pathogens that they harbour, and foxes could pose a disease risk to humans and other species that share these urban spaces. To investigate this possibility, we used a meta-transcriptomic approach to characterise the virome of urban and rural foxes across the Greater Sydney region in Australia. Urban and rural foxes differed significantly in virome composition, with rural foxes harbouring a greater abundance of viruses compared to their urban counterparts. We identified ten potentially novel vertebrate-associated viruses in both urban and rural foxes, some of which are related to viruses associated with disease in domestic species and humans. These included members of the Astroviridae, Picobirnaviridae, Hepeviridae, and Picornaviridae as well as rabbit haemorrhagic disease virus-2. This study sheds light on the viruses carried by urban and rural foxes and emphasises the need for greater genomic surveillance of foxes and other invasive species at the human–wildlife interface.

中文翻译：

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城市和乡村景观中的红狐病毒

摘要 红狐 (Vulpes vulpes) 自欧洲定居后引入澳大利亚的城市和农村地区以来，已经在澳大利亚的城市和农村地区建立了大量种群。狐狸的神秘和高度适应性使它们能够入侵城市并与人类生活在一起，同时在很大程度上不被注意。城市生活和获取人为食物资源也会影响狐狸生态。城市狐狸变得更大，生活密度更高，并且比农村狐狸更具社交性。城市赤狐的这些生态变化可能会影响它们携带的病原体，而狐狸可能对共享这些城市空间的人类和其他物种构成疾病风险。为了研究这种可能性，我们使用元转录组学方法来表征澳大利亚大悉尼地区的城市和农村狐狸的病毒组。城市和农村狐狸在病毒组组成上存在显着差异，与城市狐狸相比，农村狐狸携带更多的病毒。我们在城市和农村狐狸中发现了十种潜在的新型脊椎动物相关病毒，其中一些与家养物种和人类疾病相关的病毒有关。这些包括星状病毒科、Picoirnaviridae、Hepeviridae 和 Picornaviridae 以及兔出血性疾病病毒 2 的成员。这项研究揭示了城市和农村狐狸携带的病毒，并强调需要在人类与野生动物的交界处对狐狸和其他入侵物种进行更多的基因组监测。我们在城市和农村狐狸中发现了十种潜在的新型脊椎动物相关病毒，其中一些与家养物种和人类疾病相关的病毒有关。这些包括星状病毒科、Picoirnaviridae、Hepeviridae 和 Picornaviridae 以及兔出血性疾病病毒 2 的成员。这项研究揭示了城市和农村狐狸携带的病毒，并强调需要在人类与野生动物的交界处对狐狸和其他入侵物种进行更多的基因组监测。我们在城市和农村狐狸中发现了十种潜在的新型脊椎动物相关病毒，其中一些与家养物种和人类疾病相关的病毒有关。这些包括星状病毒科、Picoirnaviridae、Hepeviridae 和 Picornaviridae 以及兔出血性疾病病毒 2 的成员。这项研究揭示了城市和农村狐狸携带的病毒，并强调需要在人类与野生动物的交界处对狐狸和其他入侵物种进行更多的基因组监测。