High‐throughput (next‐generation) DNA sequencing has removed barriers to data quantity and quality, and it has produced phylogenies with high statistical support. Such data are useful to address phylogenetic congruence among individual genes. Concatenated analyses of unlinked genes often produce well‐resolved phylogenetic trees with bootstrap support on major nodes at or approaching 100%, but they have been criticized for providing incorrect phylogenies for various reasons to include a history of hybridization, introgression, and incomplete lineage sorting. The present study compares next‐generation sequencing results of the same accessions of Daucus with different genomic regions, of which three have been reported before: (i) the entire plastid genome, (ii) 47 mitochondrial genes, and (iii) 94 conserved nuclear orthologs. Here, we report a fourth dataset, (iv) 564 895 nuclear SNPs. There are areas of discordance in all four results using the same accessions analyzed with maximum parsimony, maximum likelihood, and with the nuclear data species trees through a coalescent analysis. The nuclear results show significant areas of discordance that were unexpected, because these studies used the same DNA samples, the nuclear studies were generated from large and high‐quality datasets with the SNPs distributed on all nine linkage groups of Daucus carota, and the results were supported by high bootstrap values. These results raise questions concerning the best data and analytical methods to reconstruct and understand the “truth” of a phylogeny.

中文翻译：

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真相是什么：Daucus 下一代系统发育分析中的共识与不一致

高通量（下一代）DNA 测序消除了数据数量和质量的障碍，并产生了具有高度统计支持的系统发育。这些数据对于解决个体基因之间的系统发育一致性很有用。对未连接基因的串联分析通常会产生解析良好的系统发育树，在主要节点上的引导支持达到或接近 100%，但由于各种原因，它们因提供不正确的系统发育而受到批评，包括杂交、基因渗入和不完整的谱系分类历史。本研究比较了具有不同基因组区域的相同种质 Daucus 的下一代测序结果，其中三个之前已经报道过：(i) 整个质体基因组，(ii) 47 个线粒体基因，以及 (iii) 94 个保守的核直向同源物。这里，我们报告了第四个数据集，(iv) 564 895 个核 SNP。使用以最大简约、最大似然分析的相同种质以及通过合并分析与核数据物种树分析的所有四个结果中存在不一致的区域。核结果显示出出乎意料的重大不一致，因为这些研究使用相同的 DNA 样本，核研究是从大型和高质量数据集生成的，SNP 分布在所有 9 个胡萝卜属连锁群上，结果是由高引导值支持。这些结果提出了有关重建和理解系统发育“真相”的最佳数据和分析方法的问题。使用以最大简约、最大似然分析的相同种质以及通过合并分析与核数据物种树分析的所有四个结果中存在不一致的区域。核结果显示出出乎意料的重大不一致，因为这些研究使用相同的 DNA 样本，核研究是从大型和高质量数据集生成的，SNP 分布在所有 9 个胡萝卜属连锁群上，结果是由高引导值支持。这些结果提出了有关重建和理解系统发育“真相”的最佳数据和分析方法的问题。使用以最大简约、最大似然分析的相同种质以及通过合并分析与核数据物种树分析的所有四个结果中存在不一致的区域。核结果显示出出乎意料的重大不一致，因为这些研究使用相同的 DNA 样本，核研究是从大型和高质量数据集生成的，SNP 分布在所有 9 个胡萝卜属连锁群上，结果是由高引导值支持。这些结果提出了有关重建和理解系统发育“真相”的最佳数据和分析方法的问题。由于这些研究使用相同的 DNA 样本，因此核研究是从大型高质量数据集生成的，其中 SNP 分布在胡萝卜属的所有九个连锁群上，并且结果得到了高引导值的支持。这些结果提出了有关重建和理解系统发育“真相”的最佳数据和分析方法的问题。由于这些研究使用相同的 DNA 样本，因此核研究是从大型高质量数据集生成的，其中 SNP 分布在胡萝卜属的所有九个连锁群上，结果得到了高引导值的支持。这些结果提出了有关重建和理解系统发育“真相”的最佳数据和分析方法的问题。