Purpose Gastrointestinal stromal tumors (GISTs) frequently harbor activating gene mutations in either KIT or platelet-derived growth factor receptor A (PDGFRA) and are highly responsive to several selective tyrosine kinase inhibitors. In this study, a targeted next-generation sequencing (NGS) assay with an Oncomine Focus Assay (OFA) panel was used for the genetic characterization of molecular targets in 30 Korean patients with GIST. Materials and Methods Using the OFA that enables rapid and simultaneous detection of hotspots, single nucleotide variants (SNVs), insertion and deletions (Indels), copy number variants (CNVs), and gene fusions across 52 genes relevant to solid tumors, targeted NGS was performed using genomic DNA extracted from formalin-fixed and paraffin-embedded samples of 30 GISTs. Results Forty-three hotspot/other likely pathogenic variants (33 SNVs, 8 Indels, and 2 amplifications) in 16 genes were identified in 26 of the 30 GISTs. KIT variants were most frequent (44%, 19/43), followed by 6 variants in PIK3CA, 3 in PDGFRA, 2 each in JAK1 and EGFR, and 1 each in AKT1, ALK, CCND1, CTNNB1, FGFR3, FGFR4, GNA11, GNAQ, JAK3, MET, and SMO. Based on the mutation types, majority of the variants carried missense mutations (60%, 26/43), followed by 8 frameshifts, 6 nonsense, 1 stop-loss, and 2 amplifications. Conclusions Our study confirmed the advantage of using targeted NGS with a cancer gene panel to efficiently identify mutations associated with GISTs. These findings may provide a molecular genetic basis for developing new drugs targeting these gene mutations for GIST therapy.

中文翻译：

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韩国胃肠道间质瘤患者分子靶点的遗传特征

目的 胃肠道间质瘤 (GIST) 经常在 KIT 或血小板衍生生长因子受体 A (PDGFRA) 中存在激活基因突变，并且对几种选择性酪氨酸激酶抑制剂高度敏感。在这项研究中，使用 Oncomine Focus Assay (OFA) 面板的靶向二代测序 (NGS) 测定对 30 名韩国 GIST 患者的分子靶标进行遗传表征。材料和方法 使用能够快速同时检测热点、单核苷酸变异 (SNV)、插入和缺失 (Indels)、拷贝数变异 (CNV) 和跨 52 个与实体瘤相关基因的基因融合的 OFA，靶向 NGS使用从 30 个 GIST 的福尔马林固定和石蜡包埋样品中提取的基因组 DNA 进行。结果 在 30 个 GIST 中的 26 个中鉴定了 16 个基因中的 43 个热点/其他可能致病变异（33 个 SNV、8 个 Indel 和 2 个扩增）。KIT 变体最常见（44%，19/43），其次是 PIK3CA 中的 6 个变体，PDGFRA 中 3 个，JAK1 和 EGFR 中各 2 个，AKT1、ALK、CCND1、CTNNB1、FGFR3、FGFR4、GNA11 中各 1 个， GNAQ、JAK3、MET 和 SMO。根据突变类型，大多数变体携带错义突变（60%，26/43），其次是 8 个移码、6 个无义突变、1 个停止丢失和 2 个扩增。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。在 30 个 GIST 中的 26 个中鉴定了 16 个基因中的 2 个扩增和 2 个扩增。KIT 变体最常见（44%，19/43），其次是 PIK3CA 中的 6 个变体，PDGFRA 中 3 个，JAK1 和 EGFR 中各 2 个，AKT1、ALK、CCND1、CTNNB1、FGFR3、FGFR4、GNA11 中各 1 个， GNAQ、JAK3、MET 和 SMO。根据突变类型，大多数变体携带错义突变（60%，26/43），其次是 8 个移码、6 个无义突变、1 个停止丢失和 2 个扩增。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。在 30 个 GIST 中的 26 个中鉴定了 16 个基因中的 2 个扩增和 2 个扩增。KIT 变体最常见（44%，19/43），其次是 PIK3CA 中的 6 个变体，PDGFRA 中 3 个，JAK1 和 EGFR 中各 2 个，AKT1、ALK、CCND1、CTNNB1、FGFR3、FGFR4、GNA11 中各 1 个， GNAQ、JAK3、MET 和 SMO。根据突变类型，大多数变体携带错义突变（60%，26/43），其次是 8 个移码、6 个无义突变、1 个停止丢失和 2 个扩增。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。PDGFRA 3 个，JAK1 和 EGFR 各 2 个，AKT1、ALK、CCND1、CTNNB1、FGFR3、FGFR4、GNA11、GNAQ、JAK3、MET 和 SMO 各 1 个。根据突变类型，大多数变体携带错义突变（60%，26/43），其次是 8 个移码、6 个无义突变、1 个停止丢失和 2 个扩增。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。PDGFRA 3 个，JAK1 和 EGFR 各 2 个，AKT1、ALK、CCND1、CTNNB1、FGFR3、FGFR4、GNA11、GNAQ、JAK3、MET 和 SMO 各 1 个。根据突变类型，大多数变体携带错义突变（60%，26/43），其次是 8 个移码、6 个无义突变、1 个停止丢失和 2 个扩增。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。结论 我们的研究证实了使用靶向 NGS 和癌症基因组来有效识别与 GIST 相关的突变的优势。这些发现可能为开发针对这些基因突变的 GIST 治疗新药提供分子遗传学基础。