SARS‐CoV‐2 is the causative agent for the ongoing COVID19 pandemic, and this virus belongs to the Coronaviridae family. Like other members of this family, the virus possesses a positive‐sense single‐stranded RNA genome. The genome encodes for the nsp12 protein, which houses the RNA‐dependent‐RNA polymerase (RdRP) activity responsible for the replication of the viral genome. A homology model of nsp12 was prepared using the structure of the SARS nsp12 (6NUR) as a model. The model was used to carry out in silico screening to identify molecules among natural products, or Food and Drug Administration‐approved drugs that can potentially inhibit the activity of nsp12. This exercise showed that vitamin B12 (methylcobalamin) may bind to the active site of the nsp12 protein. A model of the nsp12 in complex with substrate RNA and incoming NTP showed that vitamin B12 binding site overlaps with that of the incoming nucleotide. A comparison of the calculated energies of binding for RNA plus NTP and methylcobalamin suggested that the vitamin may bind to the active site of nsp12 with significant affinity. It is, therefore, possible that methylcobalamin binding may prevent association with RNA and NTP and thus inhibit the RdRP activity of nsp12. Overall, our computational studies suggest that methylcobalamin form of vitamin B12 may serve as an effective inhibitor of the nsp12 protein.

中文翻译：

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维生素 B12 可能抑制 SARS-CoV-2 病毒 nsp12 的 RNA 依赖性 RNA 聚合酶活性

SARS-CoV-2 是当前 COVID19 大流行的病原体，该病毒属于冠状病毒科。与该家族的其他成员一样，该病毒具有正义单链 RNA 基因组。基因组编码 nsp12 蛋白，其中包含负责病毒基因组复制的 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (RdRP) 活性。使用 SARS nsp12 (6NUR) 的结构作为模型制备了 nsp12 的同源模型。该模型用于进行计算机筛选，以识别天然产物或食品和药物管理局批准的可能抑制 nsp12 活性的药物中的分子。这个练习表明维生素 B12（甲基钴胺素）可能与 nsp12 蛋白的活性位点结合。与底物 RNA 和传入的 NTP 复合的 nsp12 模型显示维生素 B12 结合位点与传入核苷酸的结合位点重叠。对 RNA 加 NTP 和甲基钴胺素的计算结合能的比较表明，维生素可能以显着的亲和力结合到 nsp12 的活性位点。因此，甲基钴胺素结合可能会阻止与 RNA 和 NTP 的结合，从而抑制 nsp12 的 RdRP 活性。总体而言，我们的计算研究表明，甲钴胺形式的维生素 B12 可作为 nsp12 蛋白的有效抑制剂。对 RNA 加 NTP 和甲基钴胺素的计算结合能的比较表明，维生素可能以显着的亲和力结合到 nsp12 的活性位点。因此，甲基钴胺素结合可能会阻止与 RNA 和 NTP 的结合，从而抑制 nsp12 的 RdRP 活性。总体而言，我们的计算研究表明，甲钴胺形式的维生素 B12 可作为 nsp12 蛋白的有效抑制剂。对 RNA 加 NTP 和甲基钴胺素的计算结合能的比较表明，维生素可能以显着的亲和力结合到 nsp12 的活性位点。因此，甲基钴胺素结合可能会阻止与 RNA 和 NTP 的结合，从而抑制 nsp12 的 RdRP 活性。总体而言，我们的计算研究表明，甲钴胺形式的维生素 B12 可作为 nsp12 蛋白的有效抑制剂。