Bats host many viruses pathogenic to humans, and increasing evidence suggests that Rotavirus A (RVA) also belongs to this list. Rotaviruses cause diarrheal disease in many mammals and birds, and their segmented genomes allow them to reassort and increase their genetic diversity. Eighteen out of 2,142 bat fecal samples (0.8%) collected from Europe, Central America and Africa were PCR-positive for RVA and 11 of those were fully characterized using viral metagenomics. Upon contrasting their genomes with publicly available data, at least 7 distinct bat RVA genotype constellations (GCs) were identified, including evidence of reassortments and 6 novel genotypes. Some of these constellations are spread across the world, whereas others appear to be geographically restricted. Our analyses also suggest that several unusual human and equine RVA strains might be of bat RVA origin, based on their phylogenetic clustering, despite varying levels of nucleotide sequence identities between them. Although SA11 is one of the most widely used reference strains for RVA research and forms the backbone of a reverse genetics system, its origin remained enigmatic. Remarkably, the majority of the genotypes of SA11-like strains were shared with Gabonese bat RVAs, suggesting a potential common origin. Overall, our findings suggest an underexplored genetic diversity of RVAs in bats, which is likely only the tip of the iceberg. Increasing contact between humans and bat wildlife will further increase the zoonosis risk, which warrants closer attention to these viruses.

中文翻译：

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蝙蝠中至少有七个不同的轮状病毒基因型星座，并具有重组和人畜共患病传播的证据

蝙蝠含有许多对人类有致病性的病毒，越来越多的证据表明轮状病毒A（RVA）也属于此列表。轮状病毒在许多哺乳动物和鸟类中引起腹泻病，其分段的基因组使其得以重配并增加其遗传多样性。从欧洲，中美洲和非洲收集的2142份蝙蝠粪便样本中有18份（0.8％）对RVA呈PCR阳性，其中11份已使用病毒宏基因组学进行了充分表征。在将其基因组与公开数据进行对比后，至少鉴定出了7种不同的蝙蝠RVA基因型星座（GC），包括重新分类的证据和6种新的基因型。这些星座中的一些分布在世界各地，而其他星座似乎受到地理限制。我们的分析还表明，尽管它们之间的核苷酸序列同一性水平不同，但基于它们的系统发育聚类，几种不常见的人类和马RVA株可能是蝙蝠RVA起源的。尽管SA11是RVA研究中使用最广泛的参考菌株之一，并形成了反向遗传学系统的骨干，但其起源仍然是个谜。值得注意的是，SA11样菌株的大多数基因型与加蓬蝙蝠RVA共有，表明潜在的共同起源。总体而言，我们的发现表明，蝙蝠中RVA的遗传多样性未得到充分开发，这可能只是冰山一角。人与蝙蝠野生生物之间越来越多的接触将进一步增加人畜共患病的风险，这需要对这些病毒给予更密切的关注。尽管它们之间的核苷酸序列同一性水平不同。尽管SA11是RVA研究中使用最广泛的参考菌株之一，并形成了反向遗传学系统的骨干，但其起源仍然是个谜。值得注意的是，SA11样菌株的大多数基因型与加蓬蝙蝠RVA共有，表明潜在的共同起源。总体而言，我们的研究结果表明，蝙蝠中RVA的遗传多样性尚未得到充分开发，这可能只是冰山一角。人与蝙蝠野生生物之间越来越多的接触将进一步增加人畜共患病的风险，这需要更加注意这些病毒。尽管它们之间的核苷酸序列同一性水平不同。尽管SA11是RVA研究中使用最广泛的参考菌株之一，并形成了反向遗传学系统的骨干，但其起源仍然是个谜。值得注意的是，SA11样菌株的大多数基因型与加蓬蝙蝠RVA共有，表明潜在的共同起源。总体而言，我们的发现表明，蝙蝠中RVA的遗传多样性未得到充分开发，这可能只是冰山一角。人与蝙蝠野生生物之间越来越多的接触将进一步增加人畜共患病的风险，这需要更加注意这些病毒。它的起源仍然是个谜。值得注意的是，SA11样菌株的大多数基因型与加蓬蝙蝠RVA共有，表明潜在的共同起源。总体而言，我们的发现表明，蝙蝠中RVA的遗传多样性未得到充分开发，这可能只是冰山一角。人与蝙蝠野生生物之间越来越多的接触将进一步增加人畜共患病的风险，这需要更加注意这些病毒。它的起源仍然是个谜。值得注意的是，SA11样菌株的大多数基因型与加蓬蝙蝠RVA共有，表明潜在的共同起源。总体而言，我们的发现表明，蝙蝠中RVA的遗传多样性未得到充分开发，这可能只是冰山一角。人与蝙蝠野生生物之间越来越多的接触将进一步增加人畜共患病的风险，这需要更加注意这些病毒。