ABSTRACT Local isolates of the species-rich, fast-growing chlorophyte genus Oedogonium have been employed in outdoor biomass cultivation for industrial applications such as wastewater remediation, but such isolates may not express structural traits needed for definitive species identification by microscopy alone. We used maximum likelihood and Bayesian phylogenetic methods to evaluate molecular marker gene sequences derived from genomic sequences to characterise an industrial isolate, Oedogonium sp. Lake Mendota strain, which could not be reliably classified at species level using only morphology. Molecular markers evaluated were rbcL, 23S rDNA, 28S rDNA, 18S rDNA, and a sequence that included ITS1+5.8S rDNA+ITS2. All five markers distinguished the Lake Mendota strain from other Oedogonium accessions in GenBank. Using full genome sequences allowed the efficient acquisition of multiple types of marker sequences whose sequencing depth was known. In the absence of a classical species determination, these markers provided a taxonomic reference background for future genomic, biochemical, and other investigations of the local isolate. Local isolates are advantageous for outdoor industrial biomass cultivation applications because such isolates are already adapted to climatic conditions prevailing at cultivation sites. The results should encourage industrial use of local isolates of Oedogonium because these can be characterised by molecular markers even if structural features needed for accurate species determinations are not expressed.

中文翻译：

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从基因组序列数据草案中获得的分子标记表征了用于生物质应用的 Oedogonium（绿藻科）分离株

摘要 物种丰富、生长迅速的叶绿素属 Oedogonium 的本地分离物已被用于户外生物质栽培，用于废水修复等工业应用，但此类分离物可能无法表达单独通过显微镜确定物种鉴定所需的结构特征。我们使用最大似然和贝叶斯系统发育方法来评估源自基因组序列的分子标记基因序列，以表征工业分离株 Oedogonium sp。门多塔湖菌株，仅使用形态学无法在物种级别进行可靠分类。评估的分子标记为 rbcL、23S rDNA、28S rDNA、18S rDNA 和包含 ITS1+5.8S rDNA+ITS2 的序列。所有五个标记都将门多塔湖菌株与 GenBank 中的其他 Oedogonium 种质区分开来。使用全基因组序列可以有效获取多种类型的标记序列，其测序深度是已知的。在缺乏经典物种测定的情况下，这些标记为未来对本地分离株的基因组、生化和其他研究提供了分类学参考背景。本地分离株有利于户外工业生物质栽培应用，因为这些分离株已经适应了种植地点的气候条件。结果应该鼓励工业使用 Oedogonium 的本地分离株，因为即使没有表达准确物种测定所需的结构特征，也可以通过分子标记来表征这些分离株。在缺乏经典物种测定的情况下，这些标记为未来对本地分离株的基因组、生化和其他研究提供了分类学参考背景。本地分离株有利于户外工业生物质栽培应用，因为这些分离株已经适应了种植地点的气候条件。结果应该鼓励工业使用 Oedogonium 的本地分离物，因为即使没有表达准确物种确定所需的结构特征，也可以通过分子标记来表征这些分离物。在缺乏经典物种测定的情况下，这些标记为未来对本地分离株的基因组、生化和其他研究提供了分类学参考背景。本地分离株有利于户外工业生物质栽培应用，因为这些分离株已经适应了种植地点的气候条件。结果应该鼓励工业使用 Oedogonium 的本地分离物，因为即使没有表达准确物种确定所需的结构特征，也可以通过分子标记来表征这些分离物。本地分离株有利于户外工业生物质栽培应用，因为这些分离株已经适应了种植地点的气候条件。结果应该鼓励工业使用 Oedogonium 的本地分离物，因为即使没有表达准确物种确定所需的结构特征，也可以通过分子标记来表征这些分离物。本地分离株有利于户外工业生物质栽培应用，因为这些分离株已经适应了种植地点的气候条件。结果应该鼓励工业使用 Oedogonium 的本地分离物，因为即使没有表达准确物种确定所需的结构特征，也可以通过分子标记来表征这些分离物。