In Argentina, the yield potential of rice (Oryza sativa L.) under suboptimal temperatures of temperate regions and during early sowing in tropical regions depends on its low-temperature germinability (LTG) and subsequent cold tolerance at the seedling stage (CTS). This study focused on the phenotyping and identification of contrasting henotypes for LTG and CTS of 18 rice genotypes genotyped with 49 markers previously linked to cold tolerance. The selected markers revealed phenotypic variability among the genotypes evaluated. The results also demonstrated that both traits are regulated by different genes and that CTS is associated with differential alleles of candidate gene (CG)-based markers. Biplot clustering analysis allowed the selection of two cultivars, H298a/90 and Puitá INTA CL, contrasting for LTG, CTS and CG alleles. An F2 population (n = 128) derived from these two cultivars was genotyped with 43 SSR- and CG-based markers and 89 F2:3 families (~ 1800 seedlings) phenotyped for CTS. Single-marker analysis detected two major QTL that had been previously reported for CTS: qCTS11, which explained 18.35% of the phenotypic variance at 7 days of treatment, and qCTS12, which explained 26.62% and 47.94% of the phenotypic variance at 7 and 14 days of treatment, respectively. Marker-assisted introgression of QTL alleles favorable for CTS into Puitá INTA CL, which has high LTG, could contribute to obtaining breeding lines with early seedling vigor adapted to the sowing season in Argentina.

中文翻译：

---

阿根廷温带水稻萌发期和苗期耐寒性的表型和QTL定位

在阿根廷，水稻 (Oryza sativa L.) 在温带地区次优温度和热带地区早期播种期间的产量潜力取决于其低温发芽性 (LTG) 和随后的幼苗期 (CTS) 耐寒性。这项研究的重点是对 18 个水稻基因型的 LTG 和 CTS 的表型分析和对比表型的鉴定，这些基因型用 49 个先前与耐寒性相关的标记进行基因分型。选定的标记揭示了评估的基因型之间的表型变异性。结果还表明，这两种性状都受不同基因的调控，并且 CTS 与基于候选基因 (CG) 的标记的差异等位基因相关。双标聚类分析允许选择两个栽培品种，H298a/90 和 Puitá INTA CL，对比 LTG、CTS 和 CG 等位基因。来自这两个栽培品种的 F2 种群（n = 128）使用 43 个基于 SSR 和 CG 的标记进行基因分型，并对 89 个 F2:3 家族（约 1800 株幼苗）进行 CTS 表型分析。单标记分析检测到两个先前已报道的 CTS 主要 QTL：qCTS11，解释了治疗 7 天时 18.35% 的表型变异，以及 qCTS12，解释了治疗 7 天和 14 日时表型变异的 26.62% 和 47.94%天的治疗，分别。将有利于 CTS 的 QTL 等位基因的标记辅助基因渗入具有高 LTG 的 Puitá INTA CL，可能有助于获得适应阿根廷播种季节的具有早期幼苗活力的育种品系。单标记分析检测到两个先前已报道的 CTS 主要 QTL：qCTS11，解释了治疗 7 天时 18.35% 的表型变异，以及 qCTS12，解释了治疗 7 天和 14 日时表型变异的 26.62% 和 47.94%天的治疗，分别。将有利于 CTS 的 QTL 等位基因的标记辅助基因渗入具有高 LTG 的 Puitá INTA CL，可能有助于获得适应阿根廷播种季节的具有早期幼苗活力的育种品系。单标记分析检测到两个先前已报道的 CTS 主要 QTL：qCTS11，解释了治疗 7 天时 18.35% 的表型变异，以及 qCTS12，解释了治疗 7 天和 14 日时表型变异的 26.62% 和 47.94%天的治疗，分别。将有利于 CTS 的 QTL 等位基因的标记辅助基因渗入具有高 LTG 的 Puitá INTA CL，可能有助于获得适应阿根廷播种季节的具有早期幼苗活力的育种品系。