Rubus yellow net virus (RYNV) infects Rubus spp., causing a severe decline when present in mixed infections with other viruses. RYNV belongs to the family Caulimoviridae, also known as plant pararetroviruses, which can exist as episomal or integrated elements (endogenous). Most of integrated pararetroviruses are noninfectious; however, a few cases have been reported where they excised from the plant genome and formed infectious particles. Graft transmission onto indicator plants R. occidentalis “Munger” has been the standard test method for RYNV detection in certification programs. Previously, it was noticed that some RYNV PCR-positive plants did not induce symptoms on “Munger”, suggesting an integration event. In this study, bio-indexing and different molecular techniques were employed to differentiate between integrated and episomal RYNV sequences. Reverse transcription-PCR using RYNV-specific oligonucleotides after DNase treatment generated positive results for the virus in graft transmissible isolates (episomal) only. To confirm these results, rolling circle amplification on DNA preparations from the same samples resulted in amplicons identified as RYNV only from plants with graft transmissible RYNV. High-throughput sequencing was used to identify the RYNV-like sequences present in the host DNA. These results indicate the integration of RYNV into the red raspberry genome and highlight the necessity to recognize this phenomenon (integration) in future Rubus quarantine and certification programs.

中文翻译：

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悬钩子黄网病毒整合到红树莓基因组的证据

悬钩子黄网病毒 (RYNV) 感染悬钩子属，当与其他病毒混合感染时会导致严重下降。RYNV 属于Caulimoviridae 科，也称为植物副逆转录病毒，它可以作为附加体或整合元件（内源性）存在。大多数整合的副逆转录病毒是非传染性的；然而，已经报道了一些病例，它们从植物基因组中切除并形成感染性颗粒。向指示植物 R. occidentalis “Munger” 的嫁接传播已成为认证计划中 RYNV 检测的标准测试方法。此前，有人注意到一些 RYNV PCR 阳性的植物没有在“芒格”上诱导症状，表明存在整合事件。在这项研究中，生物索引和不同的分子技术被用来区分整合的和附加的 RYNV 序列。DNase 处理后使用 RYNV 特异性寡核苷酸的逆转录 PCR 仅在移植物可传播分离株（附加型）中产生阳性结果。为了证实这些结果，对来自相同样品的 DNA 制备物进行滚环扩增，仅从具有嫁接传播性 RYNV 的植物中发现扩增子被鉴定为 RYNV。高通量测序用于鉴定宿主 DNA 中存在的 RYNV 样序列。这些结果表明 RYNV 已整合到红树莓基因组中，并强调了在未来的悬钩子检疫和认证计划中认识到这种现象（整合）的必要性。DNase 处理后使用 RYNV 特异性寡核苷酸的逆转录 PCR 仅在移植物可传播分离株（附加型）中产生阳性结果。为了证实这些结果，对来自相同样品的 DNA 制备物进行滚环扩增，仅从具有嫁接传播性 RYNV 的植物中发现扩增子被鉴定为 RYNV。高通量测序用于鉴定宿主 DNA 中存在的 RYNV 样序列。这些结果表明 RYNV 已整合到红树莓基因组中，并强调了在未来的悬钩子检疫和认证计划中认识到这种现象（整合）的必要性。DNase 处理后使用 RYNV 特异性寡核苷酸的逆转录 PCR 仅在移植物可传播分离株（附加型）中产生阳性结果。为了证实这些结果，对来自相同样品的 DNA 制备物进行滚环扩增，仅从具有嫁接传播性 RYNV 的植物中发现扩增子被鉴定为 RYNV。高通量测序用于鉴定宿主 DNA 中存在的 RYNV 样序列。这些结果表明 RYNV 已整合到红树莓基因组中，并强调了在未来的悬钩子检疫和认证计划中认识到这种现象（整合）的必要性。对来自相同样品的 DNA 制备物进行滚环扩增，导致仅来自具有嫁接传播性 RYNV 的植物的扩增子被鉴定为 RYNV。高通量测序用于鉴定宿主 DNA 中存在的 RYNV 样序列。这些结果表明 RYNV 已整合到红树莓基因组中，并强调了在未来的悬钩子检疫和认证计划中认识到这种现象（整合）的必要性。对来自相同样品的 DNA 制备物进行滚环扩增，导致仅来自具有嫁接传播性 RYNV 的植物的扩增子被鉴定为 RYNV。高通量测序用于鉴定宿主 DNA 中存在的 RYNV 样序列。这些结果表明 RYNV 已整合到红树莓基因组中，并强调了在未来的悬钩子检疫和认证计划中认识到这种现象（整合）的必要性。