Members of the human Zyxin family are LIM domain-containing proteins that perform critical cellular functions and are indispensable for cellular integrity. Despite their importance, not much is known about their structure, functions, interactions and dynamics. To provide insights into these, we used a set of in-silico tools and databases and analyzed their amino acid sequence, phylogeny, post-translational modifications, structure-dynamics, molecular interactions, and functions. Our analysis revealed that zyxin members are ohnologs. Presence of a conserved nuclear export signal composed of LxxLxL/LxxxLxL consensus sequence, as well as a possible nuclear localization signal, suggesting that Zyxin family members may have nuclear and cytoplasmic roles. The molecular modeling and structural analysis indicated that Zyxin family LIM domains share similarities with transcriptional regulators and have positively charged electrostatic patches, which may indicate that they have previously unanticipated nucleic acid binding properties. Intrinsic dynamics analysis of Lim domains suggest that only Lim1 has similar internal dynamics properties, unlike Lim2/3. Further-more, we analyzed protein expression and mutational frequency in various malignancies, as well as mapped protein-protein interaction networks they are involved in. Overall, our comprehensive bioinformatic analysis suggests that these proteins may play important roles in mediating protein-protein and protein-nucleic acid interactions.

中文翻译：

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人Zyxin家族蛋白LIM结构域和功能的生物信息学分析

人Zyxin家族的成员是执行关键细胞功能且对于细胞完整性必不可少的含LIM域的蛋白质。尽管它们很重要，但对其结构，功能，相互作用和动力学知之甚少。为了提供有关这些信息的见解，我们使用了一套计算机内工具和数据库，并分析了它们的氨基酸序列，系统发育，翻译后修饰，结构动力学，分子相互作用和功能。我们的分析表明，zyxin成员是同源物。存在由LxxLxL / LxxxLxL共有序列组成的保守核输出信号，以及可能的核定位信号，表明Zyxin家族成员可能具有核和细胞质作用。分子建模和结构分析表明，合信家族LIM结构域与转录调节子具有相似性，并具有带正电的静电斑，这可能表明它们具有以前未曾预料到的核酸结合特性。Lim域的内在动力学分析表明，与Lim2 / 3不同，只有Lim1具有相似的内部动力学特性。此外，我们分析了各种恶性肿瘤中的蛋白质表达和突变频率，以及它们所参与的映射的蛋白质-蛋白质相互作用网络。总体而言，我们全面的生物信息学分析表明，这些蛋白质可能在介导蛋白质-蛋白质和蛋白质中起重要作用。 -核酸相互作用。这可能表明它们具有以前未曾预料到的核酸结合特性。Lim域的内在动力学分析表明，与Lim2 / 3不同，只有Lim1具有相似的内部动力学特性。此外，我们分析了各种恶性肿瘤中的蛋白质表达和突变频率，以及它们所参与的映射的蛋白质-蛋白质相互作用网络。总体而言，我们全面的生物信息学分析表明，这些蛋白质可能在介导蛋白质-蛋白质和蛋白质中起重要作用。 -核酸相互作用。这可能表明它们具有以前未曾预料到的核酸结合特性。Lim域的内在动力学分析表明，与Lim2 / 3不同，只有Lim1具有相似的内部动力学特性。此外，我们分析了各种恶性肿瘤中的蛋白质表达和突变频率，以及它们所参与的映射的蛋白质-蛋白质相互作用网络。总体而言，我们全面的生物信息学分析表明，这些蛋白质可能在介导蛋白质-蛋白质和蛋白质中起重要作用。 -核酸相互作用。