Species A rotaviruses (RVAs) are a leading cause of diarrhea in children and in the young of a large variety of mammalian and avian host species. The purpose of this study was to identify RVA in nomadic goats and calves during severe diarrhea outbreaks in 2012 and 2014 in Bouaarfa, Morocco, and to characterize the complete genomic constellation of two bovine and caprine strains (S18 and S19) and their genetic relatedness with the human strain ma31 detected in 2011 in Morocco. Partial nucleotide sequencing of VP4 and VP7 genes for the twenty-two positive samples revealed three circulating genotypes: G6P[14], G10P[14], and G10P[5] with predominance of G6P[14] genotype. Full-genome sequencing for both strains S18 and S19 presented, respectively, the following genomic constellations: G6-P[14]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3 and G10-P[14]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3. Phylogenetic analyses and the analysis of the VP8* antigenic epitopes for S18, S19 and ma31 revealed a shared similarity with bovine, caprine, ovine and human strains from Morocco and other countries. The VP2 and NSP1 genes of the S19 strain were closely related to those of the cognate genes of the human ma31 strain, while the VP4 gene of S18 strain was closely related to the cogent gene of the ma31 strain. Our findings revealed cases of zoonotic transmission and confirmed the risk of emergence of new genotypes in some environments such as nomadic regions, where close physical proximity between human and livestock is common. The present study is novel in reporting whole-genome analyses of RVA isolates obtained from nomadic livestock in Morocco.

种类轮状病毒（RVA）是儿童和许多哺乳动物和禽类宿主物种的年轻人中腹泻的主要原因。这项研究的目的是鉴定摩洛哥布阿法在2012年和2014年严重腹泻暴发期间的游牧山羊和犊牛的RVA，并鉴定两种牛和山羊株（S18和S19）的完整基因组构象以及与它们的遗传相关性摩洛哥在2011年发现的人类毒株ma31。对22个阳性样品的VP4和VP7基因进行部分核苷酸测序，揭示了三种循环基因型：G6P [14]，G10P [14]和G10P [5]，其中G6P [14]基因型占优势。S18和S19菌株的全基因组测序分别显示以下基因组构象：G6-P [14] -I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3和G10-P [14] -I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3。系统发育分析和对S18，S19和ma31的VP8 *抗原表位的分析表明，它们与来自摩洛哥和其他国家的牛，山羊，绵羊和人类菌株具有共同的相似性。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。系统发育分析和对S18，S19和ma31的VP8 *抗原表位的分析表明，它们与来自摩洛哥和其他国家的牛，山羊，绵羊和人类菌株具有共同的相似性。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。系统发育分析和对S18，S19和ma31的VP8 *抗原表位的分析表明，它们与来自摩洛哥和其他国家的牛，山羊，绵羊和人类菌株具有共同的相似性。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。S19和ma31揭示了与来自摩洛哥和其他国家的牛，山羊，绵羊和人类菌株的共同相似之处。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。S19和ma31揭示了与来自摩洛哥和其他国家的牛，山羊，绵羊和人类菌株的共同相似性。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。S19株的VP2和NSP1基因与人ma31株的同源基因密切相关，而S18株的VP4基因与ma31株的同源基因密切相关。我们的发现揭示了人畜共患病的传播情况，并证实了在某些环境（如游牧区）中出现新基因型的风险，在这些环境中人与牲畜之间的物理距离很近。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。在人与牲畜之间物理上接近的地方很常见。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。在人与牲畜之间物理上接近的地方很常见。本研究是新颖的，报告了从摩洛哥的游牧牲畜获得的RVA分离株的全基因组分析。