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The first nationwide multicenter study of Acinetobacter baumannii recovered in Serbia: emergence of OXA-72, OXA-23 and NDM-1-producing isolates.
Antimicrobial Resistance & Infection Control ( IF 5.5 ) Pub Date : 2020-07-06 , DOI: 10.1186/s13756-020-00769-8 Bojana Lukovic 1 , Ina Gajic 1 , Ivica Dimkic 2 , Dusan Kekic 1 , Sanja Zornic 3 , Tatjana Pozder 4 , Svetlana Radisavljevic 5 , Nataša Opavski 1 , Milan Kojic 6 , Lazar Ranin 1
Antimicrobial Resistance & Infection Control ( IF 5.5 ) Pub Date : 2020-07-06 , DOI: 10.1186/s13756-020-00769-8 Bojana Lukovic 1 , Ina Gajic 1 , Ivica Dimkic 2 , Dusan Kekic 1 , Sanja Zornic 3 , Tatjana Pozder 4 , Svetlana Radisavljevic 5 , Nataša Opavski 1 , Milan Kojic 6 , Lazar Ranin 1
Affiliation
The worldwide emergence and clonal spread of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAB) is of great concern. The aim of this nationwide study was to investigate the prevalence of CRAB isolates in Serbia and to characterize underlying resistance mechanisms and their genetic relatedness. Non-redundant clinical samples obtained from hospitalized patients throughout Serbia were included in the prospective, observational, multicenter study conducted from January to June 2018. Samples were initially screened for the presence of Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (Acb) complex using conventional bacteriological techniques. Acb complexes recovered from clinical samples obtained from inpatients with confirmed bacterial infections were further evaluated for the presence of A. baumannii. Identification to the species level was done by the detection of the blaOXA-51 gene and rpoB gene sequence analysis. Susceptibility testing was done by disk diffusion and broth microdilution method. CRAB isolates were tested for the presence of acquired carbapenemases (blaOXA-24-like, blaOXA-23-like,blaOXA-58-like, blaOXA-143-like, blaIMP, blaVIM, blaGIM, blaSPM, blaSIM, blaNDM) by PCR. Clonal relatedness was assessed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Acb complex was isolated in 280 out of 2401 clinical samples (11.6%). Overall, A. baumannii was identified in 237 out of 280 Acb complex (84.6%). CRAB prevalence was found to be 93.7% (237/222). The MIC50/MIC90 for imipenem and meropenem were 8/> 32 μg/mL and 16/> 32 μg/mL, respectively. Although susceptibility was high for colistin (95.7%; n = 227) and tigecycline (75.1%; n = 178), ten isolates (4.3%) were classified as pandrug-resistant. The following carbapenemases-encoding genes were found: 98 (44.2%) blaOXA-24-like, 76 (34.5%) blaOXA-23-like, and 7 (3.2%) blaNDM-1. PFGE analysis revealed six different clusters. MLST analysis identified three STs: ST2 (n = 13), ST492 (n = 14), and ST636 (n = 10). Obtained results evaluated that circulating CRAB clones in Serbia were as follows: blaOXA66/blaOXA23/ST2 (32.4%), blaOXA66/blaOXA23/blaOXA72/ST2 (2.7%), blaOXA66/blaOXA72/ST492 (37.8%), and blaOXA66/blaOXA72/ST636 (27.1%). This study revealed extremely high proportions of carbapenem resistance among A. baumannii clinical isolates due to the emergence of blaOXA-72, blaOXA-23, and blaNDM-1 genes among CRAB isolates in Serbia and their clonal propagation.
中文翻译：
在塞尔维亚回收的鲍曼不动杆菌的第一项全国性多中心研究：OXA-72，OXA-23和NDM-1产生菌的出现。
耐碳青霉烯的鲍曼不动杆菌（CRAB）在世界范围内的出现和克隆传播引起极大关注。这项全国性研究的目的是调查塞尔维亚CRAB分离株的流行情况，并表征潜在的耐药机制及其遗传相关性。从2018年1月至6月进行的前瞻性，观察性，多中心研究中包括从整个塞尔维亚住院患者中获得的非冗余临床样品。最初使用常规细菌学技术对样品中是否存在鲍曼不动杆菌-乙酸钙（Acb）进行了筛选。从确诊细菌感染的住院患者的临床样品中回收的Acb复合物进一步评估了鲍曼不动杆菌的存在。通过blaOXA-51基因的检测和rpoB基因序列分析，可以对物种进行鉴定。通过圆盘扩散和肉汤微稀释法进行药敏试验。通过PCR测试CRAB分离物是否存在获得的碳青霉烯酶（blaOXA-24-样，blaOXA-23-样，blaOXA-58-样，blaOXA-143-样，blaIMP，blaVIM，blaGIM，blaSPM，blaSIM，blaNDM）。通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）评估克隆相关性。在2401份临床样本中的280份中分离了Acb复合物（11.6％）。总体上，在280个Acb复合物中，有237个被鉴定出鲍曼不动杆菌（84.6％）。发现CRAB患病率为93.7％（237/222）。亚胺培南和美罗培南的MIC50 / MIC90分别为8 /> 32μg/ mL和16 /> 32μg/ mL。尽管大肠菌素的敏感性很高（95.7％；n = 227）和替加环素（75.1％； n = 178），十个分离株（4.3％）被归类为耐pandrug。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。十个菌株（4.3％）被归类为耐药性。发现以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。十个菌株（4.3％）被归类为耐药性。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其在克隆中的繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。
更新日期：2020-07-06
中文翻译：
在塞尔维亚回收的鲍曼不动杆菌的第一项全国性多中心研究：OXA-72，OXA-23和NDM-1产生菌的出现。
耐碳青霉烯的鲍曼不动杆菌（CRAB）在世界范围内的出现和克隆传播引起极大关注。这项全国性研究的目的是调查塞尔维亚CRAB分离株的流行情况，并表征潜在的耐药机制及其遗传相关性。从2018年1月至6月进行的前瞻性，观察性，多中心研究中包括从整个塞尔维亚住院患者中获得的非冗余临床样品。最初使用常规细菌学技术对样品中是否存在鲍曼不动杆菌-乙酸钙（Acb）进行了筛选。从确诊细菌感染的住院患者的临床样品中回收的Acb复合物进一步评估了鲍曼不动杆菌的存在。通过blaOXA-51基因的检测和rpoB基因序列分析，可以对物种进行鉴定。通过圆盘扩散和肉汤微稀释法进行药敏试验。通过PCR测试CRAB分离物是否存在获得的碳青霉烯酶（blaOXA-24-样，blaOXA-23-样，blaOXA-58-样，blaOXA-143-样，blaIMP，blaVIM，blaGIM，blaSPM，blaSIM，blaNDM）。通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）评估克隆相关性。在2401份临床样本中的280份中分离了Acb复合物（11.6％）。总体上，在280个Acb复合物中，有237个被鉴定出鲍曼不动杆菌（84.6％）。发现CRAB患病率为93.7％（237/222）。亚胺培南和美罗培南的MIC50 / MIC90分别为8 /> 32μg/ mL和16 /> 32μg/ mL。尽管大肠菌素的敏感性很高（95.7％；n = 227）和替加环素（75.1％； n = 178），十个分离株（4.3％）被归类为耐pandrug。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。十个菌株（4.3％）被归类为耐药性。发现以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。十个菌株（4.3％）被归类为耐药性。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。发现了以下编码碳青霉烯酶的基因：98（44.2％）blaOXA-24-样，76（34.5％）blaOXA-23-样和7（3.2％）blaNDM-1。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。PFGE分析揭示了六个不同的簇。MLST分析确定了三个ST：ST2（n = 13），ST492（n = 14）和ST636（n = 10）。获得的结果评估了塞尔维亚的循环CRAB克隆如下：blaOXA66 / blaOXA23 / ST2（32.4％），blaOXA66 / blaOXA23 / blaOXA72 / ST2（2.7％），blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其克隆繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。blaOXA66 / blaOXA72 / ST492（37.8％）和blaOXA66 / blaOXA72 / ST636（27.1％）。这项研究显示，由于塞尔维亚CRAB分离株中blaOXA-72，blaOXA-23和blaNDM-1基因的出现及其在克隆中的繁殖，鲍曼不动杆菌临床分离株对碳青霉烯类药物的耐药性比例很高。
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