One major goal in microbial ecology is to establish the importance of deterministic and stochastic processes for community assembly. This is relevant to explain and predict how diversity changes at different temporal scales. However, understanding of the relative quantitative contribution of these processes and particularly of how they may change over time is limited. Here, we assessed the importance of deterministic and stochastic processes based on the analysis of the bacterial microbiome in one alpine oligotrophic and in one subalpine mesotrophic lake, which were sampled over two consecutive years at different time scales. We found that in both lakes, homogeneous selection (i.e., a deterministic process) was the main assembly process at the annual scale and explained 66.7% of the bacterial community turnover, despite differences in diversity and temporal variability patterns between ecosystems. However, in the alpine lake, homogenizing dispersal (i.e., a stochastic process) was the most important assembly process at the short‐term (daily and weekly) sampling scale and explained 55% of the community turnover. Alpha diversity differed between lakes, and seasonal stability of the bacterial community was more evident in the oligotrophic lake than in the mesotrophic one. Our results demonstrate how important forces that govern temporal changes in bacterial communities act at different time scales. Overall, our study validates on a quantitative basis, the importance and dominance of deterministic processes in structuring bacterial communities in freshwater environments over long time scales.

中文翻译：

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随着时间的推移，在确定湖泊浮游植物群落的过程中，确定性过程和随机过程之间的平衡。

微生物生态学的主要目标之一是确定确定性和随机过程对于社区集会的重要性。这与解释和预测多样性如何在不同时间尺度上变化有关。但是，对这些过程的相对定量贡献，尤其是它们如何随时间变化的理解是有限的。在这里，我们基于对一个高山贫营养养分和一个亚高山介养养分湖中细菌微生物组的分析，评估了确定性和随机过程的重要性，这些细菌在不同的时间尺度上连续两年采样。我们发现，在这两个湖泊中，同质选择（即确定性过程）是年度规模的主要组装过程，并解释了66.7％的细菌群落更新，尽管生态系统之间的多样性和时间变异性模式存在差异。但是，在高山湖泊中，在短期（每天和每周）的抽样规模中，均质扩散（即随机过程）是最重要的组装过程，并解释了55％的社区营业额。湖泊之间的α多样性不同，并且在贫营养型湖泊中，细菌的群落的季节性稳定性比中营养型湖泊更明显。我们的结果表明，控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上如何起作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。在高山湖泊中，在短期（每日和每周）抽样规模下，均质扩散（即随机过程）是最重要的组装过程，并解释了55％的社区营业额。湖泊之间的α多样性不同，并且在贫营养型湖泊中，细菌的群落的季节性稳定性比中营养型湖泊更明显。我们的结果表明，控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上如何起作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。在高山湖泊中，在短期（每日和每周）抽样规模下，均质扩散（即随机过程）是最重要的组装过程，并解释了55％的社区营业额。湖泊之间的α多样性不同，并且在贫营养型湖泊中，细菌的群落的季节性稳定性比中营养型湖泊更明显。我们的结果表明，控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上如何起作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。（随机过程）是短期（每天和每周）抽样规模中最重要的组装过程，并解释了55％的社区营业额。湖泊之间的α多样性不同，并且在贫营养型湖泊中，细菌的群落的季节性稳定性比中营养型湖泊更明显。我们的结果表明，控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上如何起作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。（随机过程）是短期（每天和每周）抽样规模中最重要的组装过程，并解释了55％的社区营业额。湖泊之间的α多样性不同，并且在贫营养型湖泊中，细菌的群落的季节性稳定性比中营养型湖泊更明显。我们的结果表明，控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上如何起作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。我们的结果表明，控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上如何起作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。我们的结果证明了控制细菌群落时间变化的重要力量在不同的时间尺度上的作用。总体而言，我们的研究在定量基础上验证了确定性过程在长期尺度上构建淡水环境中细菌群落的重要性和优势。