Order Chaetophorales currently includes six families, namely Schizomeridaceae, Aphanochaetaceae, Barrancaceae, Uronemataceae, Fritschiellaceae, and Chaetophoraceae. The phylogenetic relationships of Chaetophorales have been inferred primarily based on short and less informative rDNA sequences. This study aimed to phylogenetically reconstruct order Chaetophorales and determine the taxonomic scheme, and to further understand the evolution of order Chaetophorales. In the present study, seven complete and five fragmentary chloroplast genomes were harvested. Phylogenomic and comparative genomic analysis were performed to determine the taxonomic scheme within Chaetophorales. Consequently, Oedogoniales was found to be a sister to a clade linking Chaetophorales and Chaetopeltidales. Schizomeriaceae, and Aphanochaetaceae clustered into a well-resolved basal clade in Chaetophorales, inconsistent with the results of phylogenetic analysis based on rDNA sequences. Comparative genomic analyses revealed that the chloroplast genomes of Schizomeriaceae and Aphanochaetaceae were highly conserved and homologous, highlighting the closest relationship in this order. Germination types of zoospores precisely correlated with the phylogenetic relationships. chloroplast genome structure analyses, synteny analyses, and zoospore germination analyses were concurrent with phylogenetic analyses based on the chloroplast genome, and all of them robustly determined the unique taxonomic scheme of Chaetophorales and the relationships of Oedogoniales, Chaetophorales, and Chaetopeltidales.

中文翻译：

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基于叶绿体基因组的Chaetophorales（绿藻科，绿藻）目的分类方案。

目甲目目目目目前包括六个科，即裂殖科，甲壳目科，Barrancaceae，Uronemataceae，Fritschiellaceae和Chaetophoraceae。主要基于短而信息量少的rDNA序列推断出食蟹目的系统发育关系。这项研究旨在系统地重建有序食蟹类动物并确定分类学方案，并进一步了解有序食蟹类动物的进化。在本研究中，收获了七个完整的和五个片段的叶绿体基因组。进行了系统遗传学和比较基因组分析，以确定Chaetophorales内的分类方案。因此，发现俄狄科犬是连接Chaetophorales和Chaetopeltidales的进化枝的姐妹。精神分裂科 甲壳纲和甲壳纲科聚集成了Chaophophorales的一个良好分辨的基底进化枝，这与基于rDNA序列的系统发育分析结果不一致。比较的基因组分析表明，精神分裂科和番木科的叶绿体基因组是高度保守的和同源的，从而突出了这一关系中最紧密的关系。游动孢子的萌发类型与系统发育关系精确相关。叶绿体基因组结构分析，同义分析和游动孢子萌发分析与基于叶绿体基因组的系统发育分析同时进行，所有这些都强有力地确定了Chaetophorales的独特分类方案以及Oedogoniales，Chaetophorales和Chaetopeltidales的关系。与基于rDNA序列的系统发育分析结果不一致。比较的基因组分析表明，精神分裂科和番木科的叶绿体基因组是高度保守的和同源的，从而突出了这一关系中最紧密的关系。游动孢子的萌发类型与系统发育关系精确相关。叶绿体基因组结构分析，同义分析和游动孢子萌发分析与基于叶绿体基因组的系统发育分析同时进行，所有这些都强有力地确定了Chaetophorales的独特分类方案以及Oedogoniales，Chaetophorales和Chaetopeltidales的关系。与基于rDNA序列的系统发育分析结果不一致。比较的基因组分析表明，精神分裂科和番木科的叶绿体基因组是高度保守的和同源的，从而突出了这一关系中最紧密的关系。游动孢子的萌发类型与系统发育关系精确相关。叶绿体基因组结构分析，同义分析和游动孢子萌发分析与基于叶绿体基因组的系统发育分析同时进行，所有这些都强有力地确定了Chaetophorales的独特分类方案以及Oedogoniales，Chaetophorales和Chaetopeltidales的关系。突出显示最接近的关系。游动孢子的萌发类型与系统发育关系精确相关。叶绿体基因组结构分析，同义分析和游动孢子萌发分析与基于叶绿体基因组的系统发育分析同时进行，所有这些都强有力地确定了Chaetophorales的独特分类方案以及Oedogoniales，Chaetophorales和Chaetopeltidales的关系。突出显示最接近的关系。游动孢子的萌发类型与系统发育关系精确相关。叶绿体基因组结构分析，同义分析和游动孢子萌发分析与基于叶绿体基因组的系统发育分析同时进行，所有这些都强有力地确定了Chaetophorales的独特分类方案以及Oedogoniales，Chaetophorales和Chaetopeltidales的关系。