Herpes simplex viruses form a genus within the alphaherpesvirus subfamily, with three identified viral species isolated from Old World monkeys (OWM); Macacine alphaherpesvirus 1 (McHV-1; herpes B), Cercopithecine alphaherpesvirus 2 (SA8), and Papiine alphaherpesvirus 2 (PaHV-2; herpes papio). Herpes B is endemic to macaques, while PaHV-2 and SA8 appear endemic to baboons. All three viruses are genetically and antigenically similar, with SA8 and PaHV-2 thought to be avirulent in humans, while herpes B is a biosafety level 4 pathogen. Recently, next-generation sequencing (NGS) has resulted in an increased number of published OWM herpes simplex genomes, allowing an encompassing phylogenetic analysis. In this study, phylogenetic networks, in conjunction with a genome-based genetic distance cutoff method were used to examine 27 OWM monkey herpes simplex isolates. Genome-based genetic distances were calculated, resulting in distances between lion and pig-tailed simplex viruses themselves, and versus herpes B core strains that were higher than those between PaHV-2 and SA8 (approximately 14 and 10% respectively). The species distance cutoff was determined to be 8.94%, with the method recovering separate species status for PaHV-2 and SA8 and showed that lion and pig-tailed simplex viruses (vs core herpes B strains) were well over the distance species cutoff. We propose designating lion and pig-tailed simplex viruses as separate, individual viral species, and that this may be the first identification of viral cryptic species.

中文翻译：

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基于基因组核苷酸的距离分析，用于划定旧世界猴衍生的单纯疱疹病毒种类。

单纯疱疹病毒在甲疱疹病毒亚科内形成一个属，其中三个已识别的病毒物种是从旧世界猴子（OWM）中分离出来的。Macacine alphaherpesvirus 1（McHV-1;疱疹B），Cercopithecine alphaherpesvirus 2（SA8）和Papiine alphaherpesvirus 2（PaHV-2; papios疱疹）。乙型疱疹是猕猴特有的，而PaHV-2和SA8则是狒狒特有的。这三种病毒在基因和抗原上都相似，SA8和PaHV-2被认为对人类无毒，而疱疹B是生物安全4级病原体。最近，下一代测序（NGS）导致已发表的OWM单纯疱疹单纯基因组数目增加，从而可以进行系统进化分析。在这项研究中，系统进化网络 结合基于基因组的遗传距离截断方法，检查了27种OWM猴疱疹单株。计算了基于基因组的遗传距离，从而得出了狮子和猪尾单纯病毒之间的距离，以及与疱疹B型核心毒株之间的距离，其高于PaHV-2和SA8之间的毒株（分别约为14％和10％）。确定的物种距离截断率为8.94％，该方法恢复了PaHV-2和SA8的单独物种状态，并表明狮子和猪尾单纯形病毒（与核心疱疹B株相比）在距离物种截断范围内很好。我们建议将狮子和猪尾单纯形病毒指定为单独的单个病毒物种，并且这可能是病毒隐性物种的首次鉴定。导致狮子和猪尾单纯疱疹病毒本身之间的距离，以及与疱疹B型核心毒株之间的距离，高于PaHV-2和SA8之间的毒株（分别约为14％和10％）。确定的物种距离截断率为8.94％，该方法恢复了PaHV-2和SA8的单独物种状态，并表明狮子和猪尾单纯形病毒（与核心疱疹B株相比）在距离物种截断范围内很好。我们建议将狮子和猪尾单纯形病毒指定为单独的单个病毒物种，并且这可能是病毒隐性物种的首次鉴定。导致狮子和猪尾单纯疱疹病毒本身之间的距离，以及与疱疹B型核心毒株之间的距离，高于PaHV-2和SA8之间的毒株（分别约为14％和10％）。确定的物种距离截断率为8.94％，该方法恢复了PaHV-2和SA8的单独物种状态，结果表明，狮子和猪尾单纯形病毒（与核心疱疹B株相比）在该距离物种截断范围内很好。我们建议将狮子和猪尾单纯形病毒指定为单独的单个病毒物种，并且这可能是病毒隐性物种的首次鉴定。确定的物种距离截断率为8.94％，该方法恢复了PaHV-2和SA8的单独物种状态，并表明狮子和猪尾单纯形病毒（与核心疱疹B株相比）在距离物种截断范围内很好。我们建议将狮子和猪尾单纯形病毒指定为单独的单个病毒物种，并且这可能是病毒隐性物种的首次鉴定。确定的物种距离截断率为8.94％，该方法恢复了PaHV-2和SA8的单独物种状态，并表明狮子和猪尾单纯形病毒（与核心疱疹B株相比）在距离物种截断范围内很好。我们建议将狮子和猪尾单纯形病毒指定为单独的单个病毒物种，并且这可能是病毒隐性物种的首次鉴定。