The autophagy-initiating human ULK complex consists of the kinase ULK1/2, FIP200, ATG13, and ATG101. Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry was used to map their mutual interactions. The N-terminal 640 residues (NTD) of FIP200 interact with the C-terminal IDR of ATG13. Mutations in these regions abolish their interaction. Negative stain EM and multiangle light scattering showed that FIP200 is a dimer, while a single molecule each of the other subunits is present. The FIP200NTD is flexible in the absence of ATG13, but in its presence adopts the shape of the letter C ∼20 nm across. The ULK1 EAT domain interacts loosely with the NTD dimer, while the ATG13:ATG101 HORMA dimer does not contact the NTD. Cryo-EM of the NTD dimer revealed a structural similarity to the scaffold domain of TBK1, suggesting an evolutionary similarity between the autophagy-initiating TBK1 kinase and the ULK1 kinase complex.

中文翻译：

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C 形 FIP200 N 端结构域二聚体在自噬中的 ULK 复杂组织

启动自噬的人类 ULK 复合物由激酶 ULK1/2、FIP200、ATG13 和 ATG101 组成。氢-氘交换质谱用于绘制它们的相互作用。FIP200 的 N 端 640 个残基 (NTD) 与 ATG13 的 C 端 IDR 相互作用。这些区域的突变消除了它们的相互作用。负染色 EM 和多角度光散射表明 FIP200 是二聚体，而其他亚基均存在单个分子。FIP200NTD 在没有 ATG13 的情况下是灵活的，但在有 ATG13 存在的情况下采用字母 C 的形状，宽度约为 20 nm。ULK1 EAT 结构域与 NTD 二聚体松散地相互作用，而 ATG13:ATG101 HORMA 二聚体不与 NTD 接触。NTD 二聚体的冷冻电镜显示其与 TBK1 支架结构域的结构相似，表明自噬启动 TBK1 激酶和 ULK1 激酶复合物之间存在进化相似性。