The sticky rice of Assam is traditionally classified as bora (glutinous) and chokuwa (semi-glutinous) based on their stickiness after cooking. The Waxy (Wx) gene encodes for granule-bound starch synthase (GBSS) that controls the synthesis of amylose, which is a key determinant of rice end-use quality attributes. In this report, we analysed the level of variation in grain quality traits in a collection of bora and chokuwa cultivars, and examined the nucleotide diversity at the Wx locus of selected rice accessions to identify the possible cause of low-amylose in these rice cultivar groups. The Wx gene sequencing from 24 bora and chokuwa cultivars revealed several nucleotide variations that can explain the variation in the amylose phenotypes. The nucleotide polymorphisms in the downstream intron regions were similar to those reported in Bangladeshi Beruin cultivars. Among the Wx polymorphisms, the CTn microsatellite in exon 1 and G/T SNP in intron 1 (G/T-Int1) should be considered for marker assisted breeding involving bora cultivars. The Wx gene tree, classified the bora accessions possessing the G/T-Int1 SNP as japonicas. However, cluster analysis using microsatellite markers classified the bora and chokuwa cultivars as indica, and intermediate of indica-aus. The findings of this study supplemented our understanding on the evolution of the Wx gene under human selection. The results will assist plant breeders to effectively improve the bora and chokuwa landraces.

中文翻译：

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基于Wx位点和微卫星多样性的阿萨姆邦特色糯低直链水稻（Oryza sativa L.）地方品种遗传多样性分析

传统上，阿萨姆邦的糯米根据烹饪后的粘性分为 bora（糯米）和 chokuwa（半糯米）。Waxy (Wx) 基因编码控制直链淀粉合成的颗粒结合淀粉合酶 (GBSS)，直链淀粉是水稻最终用途品质属性的关键决定因素。在本报告中，我们分析了一系列 bora 和 chokuwa 品种的谷物品质性状变异水平，并检查了所选水稻品种 Wx 基因座的核苷酸多样性，以确定这些水稻品种组中直链淀粉含量低的可能原因. 来自 24 个 bora 和 chokuwa 品种的 Wx 基因测序揭示了几种核苷酸变异，可以解释直链淀粉表型的变异。下游内含子区域的核苷酸多态性与孟加拉国 Beruin 品种中报道的相似。在 Wx 多态性中，外显子 1 中的 CTn 微卫星和内含子 1 中的 G/T SNP (G/T-Int1) 应考虑用于涉及博拉品种的标记辅助育种。Wx 基因树将具有 G/T-Int1 SNP 的宝来种质分类为粳稻。然而，使用微卫星标记的聚类分析将 bora 和 chokuwa 品种分类为籼稻，以及籼稻的中间体。这项研究的结果补充了我们对人类选择下 Wx 基因进化的理解。研究结果将帮助植物育种者有效地改良宝来和长和地方品种。外显子 1 中的 CTn 微卫星和内含子 1 中的 G/T SNP (G/T-Int1) 应考虑用于涉及宝来品种的标记辅助育种。Wx 基因树将具有 G/T-Int1 SNP 的宝来种质分类为粳稻。然而，使用微卫星标记的聚类分析将 bora 和 chokuwa 品种分类为籼稻，以及籼稻的中间体。这项研究的结果补充了我们对人类选择下 Wx 基因进化的理解。研究结果将帮助植物育种者有效地改良宝来和长和地方品种。外显子 1 中的 CTn 微卫星和内含子 1 中的 G/T SNP (G/T-Int1) 应考虑用于涉及宝来品种的标记辅助育种。Wx 基因树将具有 G/T-Int1 SNP 的宝来种质分类为粳稻。然而，使用微卫星标记的聚类分析将 bora 和 chokuwa 品种分类为籼稻，以及籼稻的中间体。这项研究的结果补充了我们对人类选择下 Wx 基因进化的理解。研究结果将帮助植物育种者有效地改良宝来和长和地方品种。和indica-aus的中间体。这项研究的结果补充了我们对人类选择下 Wx 基因进化的理解。研究结果将帮助植物育种者有效地改良宝来和长和地方品种。和indica-aus的中间体。这项研究的结果补充了我们对人类选择下 Wx 基因进化的理解。研究结果将帮助植物育种者有效地改良宝来和长和地方品种。