Cold hardiness is an important agronomic trait and can significantly affect grape production and quality. Until now, there are no reports focusing on cold hardiness quantitative trait loci (QTL) mapping. In this study, grapevine interspecific hybridisation was carried out with the maternal parent ‘Cabernet sauvignon’ and paternal parent ‘Zuoyouhong’. A total of 181 hybrid offspring and their parents were used as samples for restriction-site associated DNA sequencing (RAD). Grapevine cane phloem and xylem cold hardiness of the experimental material was detected using the low-temperature exotherm method in 2016, 2017 and 2018. QTL mapping was then conducted based on the integrated map. We constructed a high-density genetic linkage map with 16,076, 11,643, and 25,917 single-nucleotide polymorphism (SNP) markers anchored in the maternal, paternal, and integrated maps, respectively. The average genetic distances of adjacent markers in the maps were 0.65 cM, 0.77 cM, and 0.41 cM, respectively. Colinearity analysis was conducted by comparison with the grape reference genome and showed good performance. Six QTLs were identified based on the phenotypic data of 3 years and they were mapped on linkage group (LG) 2, LG3, and LG15. Based on QTL results, candidate genes which may be involved in grapevine cold hardiness were selected. High-density linkage maps can facilitate grapevine fine QTL mapping, genome comparison, and sequence assembly. The cold hardiness QTL mapping and candidate gene discovery performed in this study provide an important reference for molecular-assisted selection in grapevine cold hardiness breeding.

中文翻译：

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基于限制性位点相关DNA测序的葡萄高密度遗传连锁图谱构建和甘蔗抗寒性QTL定位。

耐寒性是重要的农艺性状，可显着影响葡萄的产量和品质。到目前为止，还没有关于耐寒性数量性状基因座（QTL）作图的报道。在这项研究中，葡萄种间杂交与母本“ Cabernet sauvignon”和母本“ Zuoyouhong”进行。总共181个杂种后代及其父母被用作限制性位点相关DNA测序（RAD）的样本。在2016年，2017年和2018年使用低温放热法检测了实验材料的葡萄藤韧皮部和木质部的耐寒性。然后根据综合图谱进行了QTL作图。我们构建了一个高密度遗传连锁图谱，其中包含16076个，11643个和25917个单核苷酸多态性（SNP）标记，这些标记锚定在母亲，父亲，和综合地图。图中相邻标记的平均遗传距离分别为0.65 cM，0.77 cM和0.41 cM。通过与葡萄参考基因组比较进行共线性分析，并显示出良好的性能。根据3年的表型数据确定了6个QTL，并将它们定位在连锁群（LG）2，LG3和LG15上。基于QTL结果，选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。图中相邻标记的平均遗传距离分别为0.65 cM，0.77 cM和0.41 cM。通过与葡萄参考基因组进行比较来进行共线性分析，并显示出良好的性能。根据3年的表型数据确定了6个QTL，并将它们定位在连锁群（LG）2，LG3和LG15上。基于QTL结果，选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。图中相邻标记的平均遗传距离分别为0.65 cM，0.77 cM和0.41 cM。通过与葡萄参考基因组进行比较来进行共线性分析，并显示出良好的性能。根据3年的表型数据确定了6个QTL，并将它们定位在连锁群（LG）2，LG3和LG15上。基于QTL结果，选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。通过与葡萄参考基因组进行比较来进行共线性分析，并显示出良好的性能。根据3年的表型数据确定了6个QTL，并将它们定位在连锁群（LG）2，LG3和LG15上。基于QTL结果，选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。通过与葡萄参考基因组进行比较来进行共线性分析，并显示出良好的性能。根据3年的表型数据确定了6个QTL，并将它们定位在连锁群（LG）2，LG3和LG15上。基于QTL结果，选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。选择可能与葡萄抗寒性有关的候选基因。高密度连锁图谱可以促进葡萄的精细QTL定位，基因组比较和序列组装。本研究进行的抗寒性QTL定位和候选基因的发现为葡萄抗寒性育种的分子辅助选择提供了重要参考。