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Antimicrobials in Phytophthora isolation media and the growth of Phytophthora species
Plant Pathology ( IF 2.7 ) Pub Date : 2020-06-15 , DOI: 10.1111/ppa.13224
Suchana R. Sarker 1, 2 , Jen McComb 1 , Treena I. Burgess 1 , Giles E. St. J. Hardy 1
Affiliation  

Many recently described Phytophthora species detected using high‐throughput sequencing have never been isolated into culture. NARH is a commonly used isolation medium containing cornmeal agar with nystatin 22.72 ppm, ampicillin 100 ppm, rifampicin 10 ppm, and hymexazol 50 ppm. We investigated whether the antimicrobial compounds in this medium selectively inhibit growth of some Phytophthora species. Growth of 10 Phytophthora species from 10 Phytophthora clades was tested in NARH medium with antimicrobials in a range of concentrations, singly and in combination: nystatin 12.5–100 ppm, ampicillin 62.5–500 ppm, rifampicin 5–40 ppm, hymexazol 12.5–100 ppm and in addition, chloramphenicol 5–40 ppm. Two combinations of antimicrobials that supported good growth of the greatest number of species were selected: (a) nystatin 12.5 ppm, ampicillin 250 ppm, rifampicin 10 ppm, and hymexazol 12.5 ppm, and (b) these compounds with the addition of chloramphenicol 5 ppm. Subsequently the growth of 47 Phytophthora species from all clades was tested in media with these two combinations and standard NARH, both in aseptic culture and in plates with leaf baits infected from soils known to be infested with Phytophthora . Although growth of some Phytophthora species was better with the new combinations of antimicrobials in aseptic culture, suppression of competing microorganisms was best in standard NARH. Sensitivity to the NARH antimicrobials is not the reason for the difficulty or failure of isolating many species detected using high‐throughput sequencing. NARH is a robust and appropriate medium for isolation of Phytophthora species from all clades.

中文翻译:

疫霉属隔离培养基中的抗微生物剂和疫霉属物种的生长

许多最近描述的使用高通量测序检测到的疫霉属物种从未被分离到培养物中。NARH 是一种常用的分离培养基,含有玉米面琼脂,制霉菌素 22.72 ppm、氨苄青霉素 100 ppm、利福平 10 ppm 和 hymexazol 50 ppm。我们研究了该培养基中的抗微生物化合物是否选择性地抑制某些疫霉属物种的生长。来自 10 个疫霉属进化枝的 10 个疫霉属物种的生长在 NARH 培养基中进行了测试,其中含有一定浓度的抗菌剂,单独和联合使用:制霉菌素 12.5-100 ppm,氨苄青霉素 62.5-500 ppm,利福平 5-40 ppm,105 ppm,.此外,氯霉素 5–40 ppm。选择了支持最多物种良好生长的两种抗菌剂组合:(a) 制霉菌素 12.5 ppm,氨苄青霉素 250 ppm,利福平 10 ppm,和 hymexazol 12.5 ppm,和 (b) 这些化合物添加了 5 ppm 氯霉素。随后,在具有这两种组合和标准 NARH 的培养基中测试了来自所有进化枝的 47 种疫霉属物种的生长,无论是在无菌培养中还是在具有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶诱饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。(b) 这些化合物添加了 5 ppm 的氯霉素。随后,在具有这两种组合和标准 NARH 的培养基中测试了来自所有进化枝的 47 种疫霉属物种的生长,无论是在无菌培养中还是在具有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶诱饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。(b) 这些化合物添加了 5 ppm 的氯霉素。随后,在具有这两种组合和标准 NARH 的培养基中测试了来自所有进化枝的 47 种疫霉属物种的生长,无论是在无菌培养中还是在具有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶诱饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。随后,在具有这两种组合和标准 NARH 的培养基中测试了来自所有进化枝的 47 种疫霉属物种的生长,无论是在无菌培养中还是在具有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶诱饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。随后,在具有这两种组合和标准 NARH 的培养基中测试了来自所有进化枝的 47 种疫霉属物种的生长,无论是在无菌培养中还是在具有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶诱饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。无论是在无菌培养中还是在装有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。无论是在无菌培养中还是在装有从已知感染疫霉属的土壤中感染的叶饵的平板中。尽管在无菌培养中使用新的抗菌剂组合使某些疫霉属物种的生长更好,但在标准 NARH 中对竞争微生物的抑制效果最好。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。对 NARH 抗菌剂的敏感性并不是分离使用高通量测序检测到的许多物种困难或失败的原因。NARH 是用于从所有进化枝中分离疫霉属物种的强大且合适的培养基。
更新日期:2020-06-15
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