Tacaribe virus (TCRV) is the prototype of the New World arenaviruses (also known as TCRV serocomplex viruses). While TCRV is not itself a human pathogen, many closely related members of this group cause hemorrhagic fever, and thus TCRV has long served as an important BSL2 system for research into diverse areas of arenavirus biology. Due to its widespread use, a coding-complete sequence for both the S and L segments of the bipartite genome has been publically available for almost 30 years. However, more recently, this sequence has been found to contain significant discrepancies compared to other samples of the same original strain (i.e., TRVL-11573). Further, it is incomplete with respect to the genome ends, which contain critical regulatory elements for RNA synthesis. In order to rectify these issues we now present the first complete genome sequence for this important prototype arenavirus. In addition to completing the S segment 5' end, we identified an apparent error in the L segment 3' end as well as substantial discrepancies in the S segment intergenic region likely to affect folding. Comparison of this sequence with existing partial sequences confirmed a 12-amino-acid deletion in GP, including putative glycosylation sites, and a 4-amino-acid exchange flanking the exonuclease domain of NP. Accounting for these corrections, the TRVL-11573 strain appears to be nearly identical to that isolated in Florida in 2012. The availability of this information provides a solid basis for future molecular and genetic work on this important prototype arenavirus.

中文翻译：

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Tacaribe病毒的完整基因组序列。

Tacaribe病毒（TCRV）是New World arenaviruses（也称为TCRV血清复合病毒）的原型。尽管TCRV本身不是人类病原体，但该组中许多密切相关的成员会引起出血热，因此TCRV长期以来一直是重要的BSL2系统，用于研究沙粒病毒生物学的各个领域。由于其广泛使用，二聚体基因组的S和L片段的编码完整序列已公开使用将近30年。但是，最近发现，与相同原始菌株的其他样品（即TRVL-11573）相比，该序列存在重大差异。此外，关于基因组末端，它是不完整的，其包含用于RNA合成的关键调控元件。为了纠正这些问题，我们现在为这个重要的原型鼻病毒提供第一个完整的基因组序列。除了完成S段5'末端外，我们还确定了L段3'末端的明显错误以及S段基因间区域中可能影响折叠的实质性差异。该序列与现有部分序列的比较证实了GP中的12个氨基酸的缺失，包括推定的糖基化位点，以及在NP的核酸外切酶结构域侧翼的4个氨基酸的交换。考虑到这些校正，TRVL-11573菌株似乎与2012年在佛罗里达分离出的菌株几乎相同。此信息的可用性为该重要原型病毒的未来分子和遗传研究提供了坚实的基础。除了完成S段5'末端外，我们还确定了L段3'末端的明显错误以及S段基因间区域中可能影响折叠的实质性差异。该序列与现有部分序列的比较证实了GP中的12个氨基酸的缺失，包括推定的糖基化位点，以及在NP的核酸外切酶结构域侧翼的4个氨基酸的交换。考虑到这些校正，TRVL-11573菌株似乎与2012年在佛罗里达分离出的菌株几乎相同。此信息的可用性为该重要原型病毒的未来分子和遗传研究提供了坚实的基础。除了完成S段5'末端外，我们还确定了L段3'末端的明显错误以及S段基因间区域中可能影响折叠的实质性差异。该序列与现有部分序列的比较证实了GP中的12个氨基酸的缺失，包括推定的糖基化位点，以及在NP的核酸外切酶结构域侧翼的4个氨基酸的交换。考虑到这些校正，TRVL-11573菌株似乎与2012年在佛罗里达分离出的菌株几乎相同。此信息的可用性为该重要原型病毒的未来分子和遗传研究提供了坚实的基础。末端以及可能影响折叠的S段基因间区域的显着差异。该序列与现有部分序列的比较证实了GP中的12个氨基酸的缺失，包括推定的糖基化位点，以及在NP的核酸外切酶结构域侧翼的4个氨基酸的交换。考虑到这些校正，TRVL-11573菌株似乎与2012年在佛罗里达分离出的菌株几乎相同。此信息的可用性为该重要原型病毒的未来分子和遗传研究提供了坚实的基础。末端以及可能影响折叠的S段基因间区域的显着差异。该序列与现有部分序列的比较证实了GP中的12个氨基酸的缺失，包括推定的糖基化位点，以及在NP的核酸外切酶结构域侧翼的4个氨基酸的交换。考虑到这些校正，TRVL-11573菌株似乎与2012年在佛罗里达分离出的菌株几乎相同。此信息的可用性为该重要原型病毒的未来分子和遗传研究提供了坚实的基础。