Bacterial blight in pomegranate caused by Xanthomonas axonopodis pv. punicae (Xap) is an increasing threat to pomegranate cultivation in India. To prevent economic losses, it is pivotal to detect the infection in latent stages rather than in symptomatic stages. We have developed an enhanced loop-mediated isothermal amplification (LAMP) technique for the detection of latent Xap infection in pomegranate using six sets of pathovar-specific primers. The DNA-intercalating dye ethidium bromide was standardized for visualizing positive amplification in the LAMP assay. The optimum reaction time was 30 min or more at 65 °C, and assay sensitivity was enhanced down to femtogram (fg) amounts of template DNA (0.153 fg) in the LAMP assay. In artificially inoculated plants, the enhanced LAMP assay detected Xap on the 7th day post inoculation (dpi), while PCR detected Xap only after the 11th dpi. Finally, the specificity of the LAMP assay for Xap was validated against 31 bacterial strains belonging to 22 species. The LAMP assay developed in this study is highly specific, sensitive and robust and can be used as an improved alternative for PCR-based methods for the early detection of Xap infection in pomegranate. Early detection of Xap in pomegranate ensures quality fruits with increased yield by adopting precautionary measures that ensure improved monetary benefit to farmers.

中文翻译：

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环介导等温扩增试验，用于检测黄单胞菌 axonopodis pv. 的症状前阶段。石榴中的punicae感染

Xanthomonas axonopodis pv 引起的石榴细菌性枯萎病。punicae (Xap) 对印度石榴种植的威胁越来越大。为了防止经济损失，在潜伏期而不是在有症状的阶段检测感染至关重要。我们开发了一种增强的环介导等温扩增 (LAMP) 技术，用于使用六组病原体特异性引物检测石榴中的潜伏 Xap 感染。将 DNA 嵌入染料溴化乙锭标准化，用于在 LAMP 测定中可视化阳性扩增。在 65 °C 下，最佳反应时间为 30 分钟或更长时间，在 LAMP 检测中，检测灵敏度提高到飞克 (fg) 量的模板 DNA (0.153 fg)。在人工接种的植物中，增强型 LAMP 检测在接种后第 7 天 (dpi) 检测到 Xap，而 PCR 仅在 11 dpi 后检测到 Xap。最后，针对 Xap 的 LAMP 检测的特异性针对属于 22 个物种的 31 种细菌菌株进行了验证。本研究中开发的 LAMP 检测具有高度特异性、灵敏性和稳健性，可用作基于 PCR 的方法的改进替代方案，用于早期检测石榴中的 Xap 感染。早期检测石榴中的 Xap 可通过采取预防措施确保提高农民的经济利益，从而确保优质果实并提高产量。灵敏且稳健，可用作基于 PCR 的方法的改进替代方案，用于早期检测石榴中的 Xap 感染。早期检测石榴中的 Xap 可通过采取预防措施确保提高农民的经济利益，从而确保优质果实并提高产量。灵敏且稳健，可用作基于 PCR 的方法的改进替代方案，用于早期检测石榴中的 Xap 感染。早期检测石榴中的 Xap 可通过采取预防措施确保提高农民的经济利益，从而确保优质果实并提高产量。