Recent advances in obtaining reduced representation libraries for next‐generation sequencing permit phylogenomic analysis of species‐rich, recently diverged taxa. In this study, we performed sequence capture with homemade PCR‐generated probes to study diversification among closely related species in a large insect genus to examine the utility of this method. We reconstructed the phylogeny of Neptis Fabricius, a large and poorly studied nymphalid butterfly genus distributed throughout the Old World. We inferred relationships among 108 Neptis samples using 89 loci totaling up to 84 519 bp per specimen. Our taxon sample focused on Palearctic, Oriental and Australasian species, but included 8 African species and outgroups from 5 related genera. Maximum likelihood and Bayesian analyses yielded identical trees with full support for almost all nodes. We confirmed that Neptis is not monophyletic because Lasippa heliodore (Fabricius) and Phaedyma amphion (Linnaeus) are nested within the genus, and we redefine species groups for Neptis found outside of Africa. The statistical support of our results demonstrates that the probe set we employed is useful for inferring phylogenetic relationships among Neptis species and likely has great value for intrageneric phylogenetic reconstruction of Lepidoptera. Based on our results, we revise the following two taxa: Neptis heliodore comb. rev. and Neptis amphion comb. rev.

中文翻译：

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用廉价的 PCR 生成的探针试剂盒推断出的系统发育树解决了 Neptis 蝴蝶（蛱蝶科：Limenitidinae）之间的高级关系

在获得用于下一代测序的简化表示库方面的最新进展允许对物种丰富的、最近分化的分类群进行系统发育分析。在这项研究中，我们使用自制的 PCR 生成的探针进行序列捕获，以研究大型昆虫属中密切相关物种之间的多样化，以检验该方法的实用性。我们重建了 Neptis Fabricius 的系统发育，这是一个分布在整个旧世界的大型蛱蝶科，研究甚少。我们使用 89 个基因座推断 108 个 Neptis 样本之间的关系，每个样本总计高达 84 519 bp。我们的分类群样本集中在古北、东方和澳大拉西亚物种，但包括来自 5 个相关属的 8 个非洲物种和外群。最大似然和贝叶斯分析产生了完全支持几乎所有节点的相同树。我们确认 Neptis 不是单系的，因为 Lasippa heliodore (Fabricius) 和 Phaedyma amphion (Linnaeus) 嵌套在该属内，我们为在非洲以外发现的 Neptis 重新定义了物种组。我们的结果的统计支持表明，我们采用的探针集可用于推断海螟物种之间的系统发育关系，并且可能对鳞翅目属内的系统发育重建具有重要价值。根据我们的结果，我们修改了以下两个分类群：Neptis heliodore comb。转 和 Neptis ampion 梳子。转 我们的结果的统计支持表明，我们采用的探针集可用于推断海螟物种之间的系统发育关系，并且可能对鳞翅目属内的系统发育重建具有重要价值。根据我们的结果，我们修改了以下两个分类群：Neptis heliodore comb。转 和 Neptis ampion 梳子。转 我们的结果的统计支持表明，我们采用的探针集可用于推断海螟物种之间的系统发育关系，并且可能对鳞翅目属内的系统发育重建具有重要价值。根据我们的结果，我们修改了以下两个分类群：Neptis heliodore comb。转 和 Neptis ampion 梳子。转