In wheat, leaf rust caused by Puccinia triticina Eriks is a major disease that causes major losses in production. In the present study, microsatellite or SSR (simple sequence repeat) markers were developed for P. triticina using the transcriptome data obtained during wheat-P. triticina interactions. A total of 37,268 P. triticina differentially expressed transcripts were obtained in the comparative transcriptomics and of these, 6809 (1.8%) transcripts carried SSRs. Tri-nucleotide SSRs were the most abundant (52%) among the identified SSRs. Primer pairs were synthesized for 50 PtESSRs, of which 28 were found to be polymorphic in P. triticina pathotypes of the Indian subcontinent. The number of alleles per locus ranged from 2 to 12 with an average of 5.72. Polymorphic information content (PIC) ranged from 0.29 to 0.96 with an average of 0.69. The observed heterozygosity ranged from 0.10 to 0.48 with an average of 0.21. Interestingly, one SSR marker, namely PtESSR7, could distinguish between different virulence groups of pathotypes. BLAST analysis and in silico prediction of fungal effectors suggested that some of the PtESSR markers may have the potential to be functional markers in the leaf rust pathology. Dendrogram analyses detected two clusters in the 48 P. triticina pathotypes. Results of this study suggest that the newly developed PtESSR markers are useful for genetic studies in P. triticina pathogen. No relationship was found between the genetic diversity and geographic distributions of the P. triticina populations.

中文翻译：

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基于转录组的新型小麦锈菌 SSR 标记的开发及其在遗传多样性研究中的潜在应用

在小麦中，由 Puccinia triticina Eriks 引起的叶锈病是一种主要病害，会导致生产遭受重大损失。在本研究中，使用小麦-P 期间获得的转录组数据为 P. triticina 开发了微卫星或 SSR（简单序列重复）标记。小麦相互作用。在比较转录组学中总共获得了 37,268 个 P. triticina 差异表达的转录本，其中 6809 (1.8%) 个转录本带有 SSR。三核苷酸 SSR 在已鉴定的 SSR 中是最丰富的 (52%)。合成了 50 个 PtESSR 的引物对，其中 28 个被发现在印度次大陆的 P. triticina 致病型中具有多态性。每个基因座的等位基因数从 2 到 12 不等，平均为 5.72。多态信息含量 (PIC) 范围从 0.29 到 0.96，平均为 0.69。观察到的杂合度在 0.10 到 0.48 之间，平均为 0.21。有趣的是，一种 SSR 标记，即 PtESSR7，可以区分不同毒力组的致病型。BLAST 分析和真菌效应器的计算机预测表明，一些 PtESSR 标记可能有可能成为叶锈病病理学中的功能标记。树状图分析在 48 种 P. triticina 致病型中检测到两个簇。这项研究的结果表明，新开发的 PtESSR 标记可用于 P. triticina 病原体的遗传研究。在 P. triticina 种群的遗传多样性和地理分布之间没有发现任何关系。可以区分不同毒力组的病理类型。BLAST 分析和真菌效应器的计算机预测表明，一些 PtESSR 标记可能有可能成为叶锈病病理学中的功能标记。树状图分析在 48 种 P. triticina 致病型中检测到两个簇。这项研究的结果表明，新开发的 PtESSR 标记可用于 P. triticina 病原体的遗传研究。在 P. triticina 种群的遗传多样性和地理分布之间没有发现任何关系。可以区分不同毒力组的病理类型。BLAST 分析和真菌效应器的计算机预测表明，一些 PtESSR 标记可能有可能成为叶锈病病理学中的功能标记。树状图分析在 48 种 P. triticina 致病型中检测到两个簇。这项研究的结果表明，新开发的 PtESSR 标记可用于 P. triticina 病原体的遗传研究。在 P. triticina 种群的遗传多样性和地理分布之间没有发现任何关系。这项研究的结果表明，新开发的 PtESSR 标记可用于 P. triticina 病原体的遗传研究。在 P. triticina 种群的遗传多样性和地理分布之间没有发现任何关系。这项研究的结果表明，新开发的 PtESSR 标记可用于 P. triticina 病原体的遗传研究。在 P. triticina 种群的遗传多样性和地理分布之间没有发现任何关系。