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Recurrent secondary genomic alterations in desmoplastic small round cell tumors.
BMC Medical Genetics ( IF 2.023 ) Pub Date : 2020-05-11 , DOI: 10.1186/s12881-020-01034-w Warren A Chow 1 , Jiing-Kuan Yee 2 , Walter Tsark 3 , Xiwei Wu 4 , Hanjun Qin 4 , Min Guan 1 , Jeffrey S Ross 5, 6 , Siraj M Ali 5 , Sherri Z Millis 5
BMC Medical Genetics ( IF 2.023 ) Pub Date : 2020-05-11 , DOI: 10.1186/s12881-020-01034-w Warren A Chow 1 , Jiing-Kuan Yee 2 , Walter Tsark 3 , Xiwei Wu 4 , Hanjun Qin 4 , Min Guan 1 , Jeffrey S Ross 5, 6 , Siraj M Ali 5 , Sherri Z Millis 5
Affiliation
BACKGROUND
Desmoplastic small round cell tumor (DSRCT) is a rare, highly aggressive, translocation-associated soft-tissue sarcoma that primarily affects children, adolescents, and young adults, with a striking male predominance. It is characterized by t(11;22) generating a novel EWSR1-WT1 fusion gene. Secondary genomic alterations are rarely described.
METHODS
Tumor tissue from 83 DSRCT patients was assayed by hybrid-capture based comprehensive genomic profiling, FoundationOne® Heme next generation sequencing analysis of 406 genes and RNA sequencing of 265 genes. Tumor mutation burden was calculated from a minimum of 1.4 Mb sequenced DNA. Microsatellite instability status was determined by a novel algorithm analyzing 114 specific loci.
RESULTS
Comprehensive genomic profiling identified several genomically-defined DSRCT subgroups. Recurrent genomic alterations were most frequently detected in FGFR4, ARID1A, TP53, MSH3, and MLL3 genes. With the exception of FGFR4, where the genomic alterations predicted activation, most of the alterations in the remaining genes predicted gene inactivation. No DSRCT were TMB or MSI high.
CONCLUSIONS
In summary, recurrent secondary somatic alterations in FGFR4, ARID1A, TP53, MSH3, and MLL3 were detected in 82% of DSRCT, which is significantly greater than previously reported. These alterations may have both prognostic and therapeutic implications.
中文翻译:
促纤维增生性小圆细胞肿瘤中复发性继发性基因组改变。
背景促结缔组织增生性小圆细胞瘤 (DSRCT) 是一种罕见的、高度侵袭性的、易位相关的软组织肉瘤,主要影响儿童、青少年和年轻成人,男性占优势显着。它的特点是 t(11;22) 产生一个新的 EWSR1-WT1 融合基因。很少描述次要基因组改变。方法 通过基于杂交捕获的综合基因组分析、406 个基因的 FoundationOne® Heme 下一代测序分析和 265 个基因的 RNA 测序,对 83 名 DSRCT 患者的肿瘤组织进行了分析。从最少 1.4 Mb 的测序 DNA 计算肿瘤突变负荷。微卫星不稳定性状态由分析 114 个特定位点的新算法确定。结果 综合基因组分析确定了几个基因组定义的 DSRCT 亚组。在 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 基因中最常检测到复发性基因组改变。除了 FGFR4 基因组改变预测激活外,其余基因的大部分改变预测基因失活。没有 DSRCT 为 TMB 或 MSI 高。结论 总之,在 82% 的 DSRCT 中检测到 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 的复发继发性体细胞改变,这显着高于先前报告的。这些改变可能具有预后和治疗意义。结论 总之,在 82% 的 DSRCT 中检测到 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 的复发继发性体细胞改变,这显着高于先前报告的。这些改变可能具有预后和治疗意义。结论 总之,在 82% 的 DSRCT 中检测到 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 的复发继发性体细胞改变,这显着高于先前报告的。这些改变可能具有预后和治疗意义。
更新日期:2020-05-11
中文翻译:
促纤维增生性小圆细胞肿瘤中复发性继发性基因组改变。
背景促结缔组织增生性小圆细胞瘤 (DSRCT) 是一种罕见的、高度侵袭性的、易位相关的软组织肉瘤,主要影响儿童、青少年和年轻成人,男性占优势显着。它的特点是 t(11;22) 产生一个新的 EWSR1-WT1 融合基因。很少描述次要基因组改变。方法 通过基于杂交捕获的综合基因组分析、406 个基因的 FoundationOne® Heme 下一代测序分析和 265 个基因的 RNA 测序,对 83 名 DSRCT 患者的肿瘤组织进行了分析。从最少 1.4 Mb 的测序 DNA 计算肿瘤突变负荷。微卫星不稳定性状态由分析 114 个特定位点的新算法确定。结果 综合基因组分析确定了几个基因组定义的 DSRCT 亚组。在 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 基因中最常检测到复发性基因组改变。除了 FGFR4 基因组改变预测激活外,其余基因的大部分改变预测基因失活。没有 DSRCT 为 TMB 或 MSI 高。结论 总之,在 82% 的 DSRCT 中检测到 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 的复发继发性体细胞改变,这显着高于先前报告的。这些改变可能具有预后和治疗意义。结论 总之,在 82% 的 DSRCT 中检测到 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 的复发继发性体细胞改变,这显着高于先前报告的。这些改变可能具有预后和治疗意义。结论 总之,在 82% 的 DSRCT 中检测到 FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3 和 MLL3 的复发继发性体细胞改变,这显着高于先前报告的。这些改变可能具有预后和治疗意义。