Complete mitochondrial sequences can be rapidly obtained and are widely available, providing a great source of species information and allowing for the discovery of new specific molecular markers. However, for some taxonomic groups, traditional approaches for species delimitation are impaired by the low genetic distance values. In these cases, other species-level markers are used. For Prochilodus, which includes important neotropical fish species, species-level delimitation usually results in poor phylogenetic resolution when using mitochondrial COI/cytB genes as barcoding markers because of low genetic variability and low species-level resolution. Thus, in this study, we developed an approach to design and validate new barcoding markers with high species-level resolution obtained from the D-loop region, using Prochilodus spp. as a model. For the new barcoding marker validation, the amplicon region was used to infer the phylogenetic relationships of Prochilodus spp. through three distinct methods: Bayesian inference (BI), Neighbor-Joining method (NJ), and Maximum Likelihood method (ML). The phylogenetic relationships of Prochilodus spp. revealed high resolution at species-level, nonoverlapping clades, and high branch support. The genetic distance results allied to two different clustering methods (Bayesian Poisson tree processes and automatic barcode gap discovery) revealed the existence of a barcoding gap, thus, validating the use of the barcoding markers designed in this study. The approach proposed here may, therefore, be expanded to other taxa to access and validate new barcoding markers with higher resolution at the species level.

中文翻译：

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使用完整的线粒体基因组序列来识别具有低遗传距离的群体的条形码标记。

完整的线粒体序列可快速获得并广泛使用，为物种信息提供了重要来源，并允许发现新的特定分子标记。但是，对于某些生物分类群来说，传统的物种划界方法因遗传距离值低而受到损害。在这些情况下，将使用其他物种级别的标记。对于包括重要的新热带鱼类在内的原螯虾，由于线粒体COI / cytB基因的遗传变异性低且物种水平分辨率低，因此使用线粒体COI / cytB基因作为条形码标记时，物种水平划分通常导致较差的系统发育分辨率。因此，在这项研究中，我们开发了一种方法，可以使用Prochilodus spp设计和验证从D环区域获得的具有高物种水平分辨率的新条形码标记。作为一个模型。对于新的条形码标记验证，扩增子区域用于推断Prochilodus spp的系统发育关系。通过三种不同的方法：贝叶斯推理（BI），邻居加入法（NJ）和最大似然法（ML）。Prochilodus spp。的亲缘关系。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。扩增子区域被用来推断Prochilodus spp的系统发育关系。通过三种不同的方法：贝叶斯推理（BI），邻居加入法（NJ）和最大似然法（ML）。Prochilodus spp。的亲缘关系。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。扩增子区域被用来推断Prochilodus spp的系统发育关系。通过三种不同的方法：贝叶斯推理（BI），邻居加入法（NJ）和最大似然法（ML）。Prochilodus spp。的亲缘关系。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。通过三种不同的方法：贝叶斯推理（BI），邻居加入法（NJ）和最大似然法（ML）。Prochilodus spp。的亲缘关系。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。通过三种不同的方法：贝叶斯推理（BI），邻居加入法（NJ）和最大似然法（ML）。Prochilodus spp。的亲缘关系。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。揭示了在物种级别，非重叠进化枝和高分支支持方面的高分辨率。遗传距离结果与两种不同的聚类方法（贝叶斯泊松树过程和自动条形码间隔发现）相关联，揭示了条形码间隔的存在，从而验证了本研究中设计的条形码标记的使用。因此，这里提出的方法可以扩展到其他分类单元，以访问和验证在物种级别具有更高分辨率的新条形码标记。