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Mitochondrial haplogrouping of the ancient brown bears ( Ursus arctos ) in Bulgaria, revealed by the APLP method
Mammal Research ( IF 1.5 ) Pub Date : 2020-02-11 , DOI: 10.1007/s13364-020-00482-2
Kaito Mizumachi , Nikolai Spassov , Dimitar Kostov , Evgeniy G. Raichev , Stanislava Peeva , Daisuke Hirata , Yoshinori Nishita , Yayoi Kaneko , Ryuichi Masuda

In order to investigate the detailed zoogeographical history of brown bears (Ursus arctos) in Bulgaria and their relationships with populations in neighboring regions of Europe and Asia, the amplified product length polymorphism (APLP) method for the mitochondrial DNA (mtDNA) haplogrouping was applied to ancient bone remains. The results showed that haplogroups for 12 of 31 samples (38.7%) were successfully classified using the APLP method, although partial sequences of the mtDNA control region were determined with PCR product-direct sequencing for only 6 samples (19.4%). Even among 25 samples, of which nucleotide sequences could not be determined, the APLP method successfully classified haplogroups of 6 samples (6/25, 24.0%), indicating an advantage of the APLP method. In Bulgaria, although both the Balkan/Italian lineage of mtDNA (clade 1b) and the Eastern European lineage (clade 3a1) have been identified from modern bears as reported in other studies, all bear remains examined in the present study had APLP haplogroup W. The mtDNA phylogenetic analysis showed that the ancient Bulgarian brown bears had clade 1b. This indicates that clade 1b was originally distributed in Bulgaria, whereas those with clade 3a1 could have entered from Romania to Bulgaria. In addition, the APLP and phylogenetic analysis of recent skin samples from Turkey showed that they have mtDNA of the Middle Eastern/Turkish lineage (referred to clade 7a). Therefore, Bulgaria on the Balkan Peninsula might have been located between two distribution borders: one is between clades 1b and 3a1, and the other is between clades 1b and 7.

中文翻译:

APLP方法揭示的保加利亚古代棕熊(Ursus arctos)的线粒体单倍群

为了调查棕熊(Ursus arctos)的详细动物地理历史)在保加利亚及其与欧洲和亚洲邻近地区的人群的关系中,线粒体DNA(mtDNA)单倍体分组的扩增产物长度多态性(APLP)方法应用于古代骨骸。结果显示,尽管仅用6个样品(19.4%)通过PCR产物直接测序法测定了mtDNA对照区的部分序列,但使用APLP方法成功地将31个样品中的12个(38.7%)的单倍型进行了分类。即使在无法确定核苷酸序列的25个样品中,APLP方法也成功地对6个样品的单倍群进行了分类(6 / 25,24.0%),表明了APLP方法的优势。在保加利亚,尽管其他研究已从现代熊中鉴定出了mtDNA的巴尔干/意大利血统(clad 1b)和东欧血统(clad 3a1),但本研究中检查的所有熊遗体均具有APLP单倍群W。分析表明,古代保加利亚棕熊有进化枝1b。这表明进化枝1b最初分布在保加利亚,而进化枝1a则从罗马尼亚进入保加利亚。此外,APLP和土耳其最近皮肤样本的系统发育分析表明,它们具有中东/土耳其血统的mtDNA(称为进化枝7a)。因此,巴尔干半岛上的保加利亚可能位于两个分布边界之间:一个位于进化枝1b和3a1之间,另一个位于进化枝1b和7b之间。本研究中检查的所有熊遗骸均具有APLP单倍群W。线粒体DNA系统发育分析表明,古代保加利亚棕熊拥有进化枝1b。这表明进化枝1b最初分布在保加利亚,而进化枝1a则从罗马尼亚进入保加利亚。此外,APLP和土耳其最近皮肤样本的系统发育分析表明,它们具有中东/土耳其血统的mtDNA(称为进化枝7a)。因此,巴尔干半岛上的保加利亚可能位于两个分布边界之间:一个位于进化枝1b和3a1之间,另一个位于进化枝1b和7b之间。本研究中检查的所有熊遗骸均具有APLP单倍群W。线粒体DNA系统发育分析表明,古代保加利亚棕熊拥有进化枝1b。这表明进化枝1b最初分布在保加利亚,而进化枝1a则从罗马尼亚进入保加利亚。此外,APLP和土耳其最近皮肤样本的系统发育分析表明,它们具有中东/土耳其血统的mtDNA(称为进化枝7a)。因此,巴尔干半岛上的保加利亚可能位于两个分布边界之间:一个位于进化枝1b和3a1之间,另一个位于进化枝1b和7b之间。这表明进化枝1b最初分布在保加利亚,而进化枝1a则从罗马尼亚进入保加利亚。此外,APLP和土耳其最近皮肤样本的系统发育分析表明,它们具有中东/土耳其血统的mtDNA(称为进化枝7a)。因此,巴尔干半岛上的保加利亚可能位于两个分布边界之间:一个位于进化枝1b和3a1之间,另一个位于进化枝1b和7b之间。这表明进化枝1b最初分布在保加利亚,而进化枝1a则从罗马尼亚进入保加利亚。此外,APLP和土耳其最近皮肤样本的系统发育分析表明,它们具有中东/土耳其血统的mtDNA(称为进化枝7a)。因此,巴尔干半岛上的保加利亚可能位于两个分布边界之间:一个位于进化枝1b和3a1之间,另一个位于进化枝1b和7b之间。
更新日期:2020-02-11
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