Rapid development of high-throughput sequencing methods and metagenomics revealed a diverse world of microbiota associated with multicellular organisms. Although recent discoveries indicate that freshwater invertebrates are hosts for specific bacteria, it is still unknown if this specificity is driven by host-derived factors or by the environment, especially in animals with diapause in ephemeral habitats, where parents and offspring are separated in time and space. In this work, using both low-throughput molecular approach and Next-generation sequencing of 16S ribosomal RNA gene, we present a taxonomic analysis of bacteria associated with two species of non-marine ostracods Sclerocypris tuberculata and Potamocypris mastigophora raised from diapausing eggs and co-cultured in laboratory conditions. Our analysis showed that despite sharing the same environment, each ostracod host developed distinct bacterial communities. The major difference was caused by the dominance of the family Comamonadaceae (Betaproteobacteria) in P. mastigophora and the Aeromonadaceae (Gammaproteobacteria) in S. tuberculata . Furthermore, prediction of metabolic pathways in metagenomes, revealed that microbiota of P. mastigophora exhibit higher number of sequences associated with the membrane transport and xenobiotics biodegradation and metabolism. Our study not only provides an insight into microbiota of non-marine ostracods but also shows that different ostracod species host functionally distinct bacterial communities.

中文翻译：

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来自具有不同代谢特征的临时湿地宿主特定微生物群的共培养非海洋介形虫

高通量测序方法和宏基因组学的快速发展揭示了与多细胞生物相关的微生物群的多样化世界。尽管最近的发现表明淡水无脊椎动物是特定细菌的宿主，但这种特异性是由宿主衍生因素驱动还是由环境驱动仍然未知，特别是在短暂栖息地滞育的动物中，父母和后代在时间上和后代上是分开的。空间。在这项工作中，使用低通量分子方法和 16S 核糖体 RNA 基因的下一代测序，我们对与两种非海洋介形动物 Sclerocypris tuberculata 和 Potamocypris mastigophora 相关的细菌进行了分类分析，这些细菌来自滞育卵和共同在实验室条件下培养。我们的分析表明，尽管共享相同的环境，但每个介形虫宿主都发展出不同的细菌群落。主要差异是由鞭毛假单胞菌中的毛单胞菌科 (Betaproteobacteria) 和结核杆菌中的气单胞菌科 (Gammaproteobacteria) 引起的。此外，宏基因组中代谢途径的预测表明，鞭毛藻的微生物群表现出更多与膜转运和异生物质生物降解和代谢相关的序列。我们的研究不仅提供了对非海洋介形动物微生物群的深入了解，而且还表明不同的介形动物物种拥有功能不同的细菌群落。主要差异是由鞭毛假单胞菌中的毛单胞菌科 (Betaproteobacteria) 和结核杆菌中的气单胞菌科 (Gammaproteobacteria) 引起的。此外，宏基因组中代谢途径的预测表明，鞭毛藻的微生物群表现出更多与膜转运和异生物质生物降解和代谢相关的序列。我们的研究不仅提供了对非海洋介形动物微生物群的深入了解，而且还表明不同的介形动物物种拥有功能不同的细菌群落。主要差异是由鞭毛假单胞菌中的毛单胞菌科 (Betaproteobacteria) 和结核杆菌中的气单胞菌科 (Gammaproteobacteria) 引起的。此外，宏基因组中代谢途径的预测表明，鞭毛藻的微生物群表现出更多与膜转运和异生物质生物降解和代谢相关的序列。我们的研究不仅提供了对非海洋介形动物微生物群的深入了解，而且还表明不同的介形动物物种拥有功能不同的细菌群落。mastigophora 表现出更多与膜转运和异生物质生物降解和代谢相关的序列。我们的研究不仅提供了对非海洋介形动物微生物群的深入了解，而且还表明不同的介形动物物种拥有功能不同的细菌群落。mastigophora 表现出更多与膜转运和异生物质生物降解和代谢相关的序列。我们的研究不仅提供了对非海洋介形动物微生物群的深入了解，而且还表明不同的介形动物物种拥有功能不同的细菌群落。