Histone marks including histone modifications and histone variants may affect the processes of gene transcription and co-transcriptional RNA processing depending on their specific deposition patterns within genes. Here, we analyzed distribution patterns of rice histone marks and divided them into seven clusters according to their enrichment in promoter, transcription start site (TSS), and gene body regions. Expression levels of the genes in each cluster were explored to disclose the importance of histone marks in the processes of transcription. We show that: a) H3K4me3 and histone acetylation marks show locally different distributions at TSS, implying that they may play different roles in transcription initiation. b) H3K36me1 enriched at TSS has a negative effect on transcription. c) Genes with high level of expression were marked by H3K36me3 at both the TSS and body regions. In addition, we found that H3K4me2, H3K23ac, H3K4ac, and H2A.Z show exon-biased enrichment, suggesting they may be chromatin marks involved in co-transcriptional splicing. Finally, we identified histone marks that discriminate constitutive expression genes (CEGs) from tissue-specific expressed genes (TSEGs). Taken together, the analysis revealed distribution patterns of different histone marks in rice to infer their potential roles in transcription and RNA processing. The results lay foundation for further understanding the mechanism by which histone marks are involved in the regulation of these processes in plants.

中文翻译：

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组蛋白标记的分布模式可能决定它们在水稻转录和 RNA 加工中的作用

包括组蛋白修饰和组蛋白变体在内的组蛋白标记可能会影响基因转录和共转录​​ RNA 加工的过程，这取决于它们在基因内的特定沉积模式。在这里，我们分析了水稻组蛋白标记的分布模式，并根据它们在启动子、转录起始位点 (TSS) 和基因体区域的富集将它们分为七个集群。研究了每个簇中基因的表达水平，以揭示组蛋白标记在转录过程中的重要性。我们表明：a) H3K4me3 和组蛋白乙酰化标记在 TSS 处显示局部不同的分布，这意味着它们可能在转录起始中发挥不同的作用。b) 富含 TSS 的 H3K36me1 对转录有负面影响。c) 在 TSS 和身体区域具有高表达水平的基因被 H3K36me3 标记。此外，我们发现 H3K4me2、H3K23ac、H3K4ac 和 H2A.Z 显示外显子偏向富集，表明它们可能是参与共转录剪接的染色质标记。最后，我们确定了将组成型表达基因 (CEG) 与组织特异性表达基因 (TSEG) 区分开来的组蛋白标记。总之，分析揭示了水稻中不同组蛋白标记的分布模式，以推断它们在转录和 RNA 加工中的潜在作用。该结果为进一步了解组蛋白标记参与调控植物这些过程的机制奠定了基础。表明它们可能是参与共转录剪接的染色质标记。最后，我们确定了将组成型表达基因 (CEG) 与组织特异性表达基因 (TSEG) 区分开来的组蛋白标记。总之，分析揭示了水稻中不同组蛋白标记的分布模式，以推断它们在转录和 RNA 加工中的潜在作用。该结果为进一步理解组蛋白标记参与调控植物这些过程的机制奠定了基础。表明它们可能是参与共转录剪接的染色质标记。最后，我们确定了将组成型表达基因 (CEG) 与组织特异性表达基因 (TSEG) 区分开来的组蛋白标记。总之，分析揭示了水稻中不同组蛋白标记的分布模式，以推断它们在转录和 RNA 加工中的潜在作用。该结果为进一步理解组蛋白标记参与调控植物这些过程的机制奠定了基础。该分析揭示了水稻中不同组蛋白标记的分布模式，以推断它们在转录和 RNA 加工中的潜在作用。该结果为进一步理解组蛋白标记参与调控植物这些过程的机制奠定了基础。该分析揭示了水稻中不同组蛋白标记的分布模式，以推断它们在转录和 RNA 加工中的潜在作用。该结果为进一步理解组蛋白标记参与调控植物这些过程的机制奠定了基础。