Transcription of a chromatin template involves the concerted interaction of many different proteins and protein complexes. Analyses of specific factors showed that these interactions change during stress and upon developmental switches. However, how the binding of multiple factors at any given locus is coordinated has been technically challenging to investigate. Here we used Epi-Decoder in yeast to systematically decode, at one transcribed locus, the chromatin binding changes of hundreds of proteins in parallel upon perturbation of transcription. By taking advantage of improved Epi-Decoder libraries, we observed broad rewiring of local chromatin proteomes following chemical inhibition of RNA polymerase. Rapid reduction of RNA polymerase II binding was accompanied by reduced binding of many other core transcription proteins and gain of chromatin remodelers. In quiescent cells, where strong transcriptional repression is induced by physiological signals, eviction of the core transcriptional machinery was accompanied by the appearance of quiescent cell-specific repressors and rewiring of the interactions of protein-folding factors and metabolic enzymes. These results show that Epi-Decoder provides a powerful strategy for capturing the temporal binding dynamics of multiple chromatin proteins under varying conditions and cell states. The systematic and comprehensive delineation of dynamic local chromatin proteomes will greatly aid in uncovering protein-protein relationships and protein functions at the chromatin template.

中文翻译：

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转录的抑制导致基因座特异性染色质蛋白质组的重新连接。

染色质模板的转录涉及许多不同蛋白质和蛋白质复合物的协同相互作用。对特定因素的分析表明，这些相互作用在压力和发育转换时会发生变化。然而，如何协调任何给定位点的多种因素的结合在技术上具有挑战性。在这里，我们在酵母中使用 Epi-Decoder 在一个转录基因座上系统地解码数百种蛋白质在转录扰动时平行的染色质结合变化。通过利用改进的 Epi-Decoder 库，我们观察到在化学抑制 RNA 聚合酶后局部染色质蛋白质组的广泛重新布线。RNA 聚合酶 II 结合的快速减少伴随着许多其他核心转录蛋白的结合减少和染色质重塑剂的增加。在静止细胞中，生理信号诱导强烈的转录抑制，核心转录机制的驱逐伴随着静止细胞特异性阻遏物的出现以及蛋白质折叠因子和代谢酶相互作用的重新布线。这些结果表明，Epi-Decoder 提供了一种强大的策略，可以在不同条件和细胞状态下捕获多种染色质蛋白的时间结合动态。动态局部染色质蛋白质组的系统和全面描绘将极大地有助于揭示染色质模板上的蛋白质-蛋白质关系和蛋白质功能。在生理信号诱导强转录抑制的情况下，核心转录机制的驱逐伴随着静止细胞特异性抑制因子的出现以及蛋白质折叠因子和代谢酶相互作用的重新布线。这些结果表明，Epi-Decoder 提供了一种强大的策略，可以在不同条件和细胞状态下捕获多种染色质蛋白的时间结合动态。动态局部染色质蛋白质组的系统和全面描绘将极大地有助于揭示染色质模板上的蛋白质-蛋白质关系和蛋白质功能。在生理信号诱导强转录抑制的情况下，核心转录机制的驱逐伴随着静止细胞特异性抑制因子的出现以及蛋白质折叠因子和代谢酶相互作用的重新布线。这些结果表明，Epi-Decoder 提供了一种强大的策略，可以在不同条件和细胞状态下捕获多种染色质蛋白的时间结合动态。动态局部染色质蛋白质组的系统和全面描绘将极大地有助于揭示染色质模板上的蛋白质-蛋白质关系和蛋白质功能。核心转录机制的驱逐伴随着静止细胞特异性阻遏物的出现以及蛋白质折叠因子和代谢酶相互作用的重新布线。这些结果表明，Epi-Decoder 提供了一种强大的策略，可以在不同条件和细胞状态下捕获多种染色质蛋白的时间结合动态。动态局部染色质蛋白质组的系统和全面描绘将极大地有助于揭示染色质模板上的蛋白质-蛋白质关系和蛋白质功能。核心转录机制的驱逐伴随着静止细胞特异性阻遏物的出现以及蛋白质折叠因子和代谢酶相互作用的重新布线。这些结果表明，Epi-Decoder 提供了一种强大的策略，可以在不同条件和细胞状态下捕获多种染色质蛋白的时间结合动态。动态局部染色质蛋白质组的系统和全面描绘将极大地有助于揭示染色质模板上的蛋白质-蛋白质关系和蛋白质功能。