Abstract Regulations and labeling laws established by many countries for genetically engineered (GE) events necessitate the development of effective testing methods. Both real-time quantitative PCR (RT-qPCR) and digital PCR (dPCR) have been used for the detection and quantification of GE events. The advantage of digital PCR is that there is no need to use either a standard curve or reference materials to perform the analysis. In the case of RT-qPCR, incorrect results may be obtained if the standard curve does not reflect an amplification efficiency between 90 and 110%. DNA of high purity is required for obtaining accurate results from both PCR platforms. Food processing results in the degradation of DNA, which may affect PCR quantification of GE traits. In this study, the simulated effect of processed vs. non-processed samples on the testing of GE traits was evaluated using both droplet digital PCR (ddPCR) and RT-qPCR. Ground canola and soybean samples were heat-treated in boiling water for 15, 30 and 60 min in order to cause DNA degradation to determine the impact on quantification using both ddPCR and RT-qPCR. The measured ddPCR concentrations were similar to the gravimetric fortification by weight for three of the four GE events tested for both treated and non-treated samples. For one event, the concentrations obtained for treated samples were higher by roughly a factor of two than the expected 0.1% and 1% by weight target values. RT-qPCR assays gave similar results to those obtained using ddPCR.

中文翻译：

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使用液滴数字 PCR 和实时定量 PCR 评估热处理和未处理样品中的基因工程事件

摘要 许多国家针对基因工程 (GE) 事件制定的法规和标签法要求开发有效的检测方法。实时定量 PCR (RT-qPCR) 和数字 PCR (dPCR) 均已用于检测和量化 GE 事件。数字 PCR 的优点是无需使用标准曲线或参考材料进行分析。在 RT-qPCR 的情况下，如果标准曲线没有反映 90% 到 110% 之间的扩增效率，则可能会获得不正确的结果。从两个 PCR 平台获得准确结果都需要高纯度的 DNA。食品加工会导致 DNA 降解，这可能会影响 GE 性状的 PCR 定量。在这项研究中，加工与加工的模拟效果。使用液滴数字 PCR (ddPCR) 和 RT-qPCR 评估未加工样品的 GE 性状测试。磨碎的油菜籽和大豆样品在沸水中热处理 15、30 和 60 分钟，以引起 DNA 降解，以确定对使用 ddPCR 和 RT-qPCR 进行定量的影响。对于经处理和未经处理的样品测试的四个 GE 事件中的三个，测得的 ddPCR 浓度类似于按重量计的重量强化。对于一个事件，处理样品获得的浓度比预期的 0.1% 和 1% 重量目标值高大约两倍。RT-qPCR 分析给出了与使用 ddPCR 获得的结果相似的结果。30 和 60 分钟，以导致 DNA 降解，以确定使用 ddPCR 和 RT-qPCR 对定量的影响。对于经处理和未经处理的样品测试的四个 GE 事件中的三个，测得的 ddPCR 浓度类似于按重量计的重量强化。对于一个事件，处理样品获得的浓度比预期的 0.1% 和 1% 重量目标值高大约两倍。RT-qPCR 分析给出了与使用 ddPCR 获得的结果相似的结果。30 和 60 分钟，以导致 DNA 降解，以确定使用 ddPCR 和 RT-qPCR 对定量的影响。对于经处理和未经处理的样品测试的四个 GE 事件中的三个，测得的 ddPCR 浓度类似于按重量计的重量强化。对于一个事件，处理样品获得的浓度比预期的 0.1% 和 1% 重量目标值高大约两倍。RT-qPCR 分析给出了与使用 ddPCR 获得的结果相似的结果。处理样品获得的浓度比预期的 0.1% 和 1% 重量目标值高出大约两倍。RT-qPCR 分析给出了与使用 ddPCR 获得的结果相似的结果。处理样品获得的浓度比预期的 0.1% 和 1% 重量目标值高出大约两倍。RT-qPCR 分析给出了与使用 ddPCR 获得的结果相似的结果。