In the field of protein engineering and biotechnology, the discovery and characterization of structural patterns is highly relevant as these patterns can give fundamental insights into protein-ligand interaction and protein function. This paper presents GSP4PDB, a bioinformatics web tool that enables the user to visualize, search and explore protein-ligand structural patterns within the entire Protein Data Bank. We introduce the notion of graph-based structural pattern (GSP) as an abstract model for representing protein-ligand interactions. A GSP is a graph where the nodes represent entities of the protein-ligand complex (amino acids and ligands) and the edges represent structural relationships (e.g. distances ligand - amino acid). The novel feature of GSP4PDB is a simple and intuitive graphical interface where the user can “draw” a GSP and execute its search in a relational database containing the structural data of each PDB entry. The results of the search are displayed using the same graph-based representation of the pattern. The user can further explore and analyse the results using a wide range of filters, or download their related information for external post-processing and analysis. GSP4PDB is a user-friendly and efficient application to search and discover new patterns of protein-ligand interaction.

中文翻译：

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GSP4PDB：一个用于可视化，搜索和探索蛋白质-配体结构模式的网络工具。

在蛋白质工程和生物技术领域，结构模式的发现和表征高度相关，因为这些模式可以提供对蛋白质-配体相互作用和蛋白质功能的基本了解。本文介绍了GSP4PDB，这是一种生物信息学网络工具，使用户能够在整个蛋白质数据库中可视化，搜索和探索蛋白质-配体的结构模式。我们介绍基于图的结构模式（GSP）的概念，作为代表蛋白质-配体相互作用的抽象模型。GSP是图，其中节点代表蛋白质-配体复合物的实体（氨基酸和配体），边缘代表结构关系（例如配体-氨基酸的距离）。GSP4PDB的新颖功能是简单直观的图形界面，用户可以在其中“绘制” GSP并在包含每个PDB条目的结构数据的关系数据库中执行其搜索。搜索的结果使用相同的基于图形的模式表示来显示。用户可以使用各种过滤器进一步探索和分析结果，或者下载其相关信息以进行外部后处理和分析。GSP4PDB是一种用户友好且高效的应用程序，用于搜索和发现蛋白质-配体相互作用的新模式。或下载其相关信息以进行外部后处理和分析。GSP4PDB是一种用户友好且高效的应用程序，用于搜索和发现蛋白质-配体相互作用的新模式。或下载其相关信息以进行外部后处理和分析。GSP4PDB是一种用户友好且高效的应用程序，用于搜索和发现蛋白质-配体相互作用的新模式。