Many medical advancements-including improvements to anti-rejection therapies in transplantation and vaccine development-rely on preclinical studies conducted in cynomolgus macaques (Macaca fascicularis). Major histocompatibility complex (MHC) class I and class II genes of cynomolgus macaques are orthologous to human leukocyte antigen complex (HLA) class I and class II genes, respectively. Both encode cell-surface proteins involved in cell recognition and rejection of non-host tissues. MHC class I and class II genes are highly polymorphic, so comprehensive genotyping requires the development of complete databases of allelic variants. Our group used PacBio circular consensus sequencing of full-length cDNA amplicons to characterize MHC class I and class II transcript sequences for a cohort of 293 Indonesian cynomolgus macaques (ICM) in a large, pedigreed breeding colony. These studies allowed us to expand the existing database of Macaca fascicularis (Mafa) alleles by identifying an additional 141 MHC class I and 61 class II transcript sequences. In addition, we defined co-segregating combinations of allelic variants as regional haplotypes for 70 Mafa-A, 78 Mafa-B, and 45 Mafa-DRB gene clusters. Finally, we defined class I and class II transcripts that are associated with 100 extended MHC haplotypes in this breeding colony by combining our genotyping analyses with short tandem repeat (STR) patterns across the MHC region. Our sequencing analyses and haplotype definitions improve the utility of these ICM for transplantation studies as well as infectious disease and vaccine research.

中文翻译：

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印度尼西亚食蟹猴中 100 个扩展的主要组织相容性复合体单倍型的表征。

许多医学进步——包括对移植和疫苗开发中抗排斥疗法的改进——依赖于在食蟹猴（Macaca fascicularis）中进行的临床前研究。食蟹猴的主要组织相容性复合体 (MHC) I 类和 II 类基因分别与人类白细胞抗原复合体 (HLA) I 类和 II 类基因直系同源。两者都编码参与细胞识别和排斥非宿主组织的细胞表面蛋白。MHC I 类和 II 类基因具有高度多态性，因此全面的基因分型需要开发完整的等位基因变异数据库。我们的小组使用 PacBio 全长 cDNA 扩增子的环状共有测序来表征 293 只印度尼西亚食蟹猴 (ICM) 队列中的 MHC I 类和 II 类转录物序列，纯种繁殖群。这些研究使我们能够通过鉴定额外的 141 个 MHC I 类和 61 个 II 类转录序列来扩展食蟹猴 (Mafa) 等位基因的现有数据库。此外，我们将等位基因变异的共分离组合定义为 70 个 Mafa-A、78 个 Mafa-B 和 45 个 Mafa-DRB 基因簇的区域单倍型。最后，我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群体中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。这些研究使我们能够通过鉴定额外的 141 个 MHC I 类和 61 个 II 类转录序列来扩展食蟹猴 (Mafa) 等位基因的现有数据库。此外，我们将等位基因变异的共分离组合定义为 70 个 Mafa-A、78 个 Mafa-B 和 45 个 Mafa-DRB 基因簇的区域单倍型。最后，我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群体中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。这些研究使我们能够通过鉴定额外的 141 个 MHC I 类和 61 个 II 类转录序列来扩展食蟹猴 (Mafa) 等位基因的现有数据库。此外，我们将等位基因变异的共分离组合定义为 70 个 Mafa-A、78 个 Mafa-B 和 45 个 Mafa-DRB 基因簇的区域单倍型。最后，我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群体中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。我们将等位基因变异的共分离组合定义为 70 个 Mafa-A、78 个 Mafa-B 和 45 个 Mafa-DRB 基因簇的区域单倍型。最后，我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群体中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。我们将等位基因变异的共分离组合定义为 70 个 Mafa-A、78 个 Mafa-B 和 45 个 Mafa-DRB 基因簇的区域单倍型。最后，我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群体中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。我们通过将我们的基因分型分析与整个 MHC 区域的短串联重复 (STR) 模式相结合，定义了与该繁殖群中 100 个扩展 MHC 单倍型相关的 I 类和 II 类转录本。我们的测序分析和单倍型定义提高了这些 ICM 在移植研究以及传染病和疫苗研究中的实用性。