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Transcriptome-wide-scale-predicted dsRNAs potentially involved in RNA homoeostasis are remarkably excluded from genes with no/very low expression in all developmental stages.
RNA Biology ( IF 4.1 ) Pub Date : 2020-02-04 , DOI: 10.1080/15476286.2020.1717154
Claude Pasquier 1 , Sandra Agnel 2 , Alain Robichon 2
Affiliation  

RNA interference (RNAi) refers to a conserved posttranscriptional mechanism for the degradation of RNA by short dsRNAs. A genome-wide analysis of mRNAs that are complementary to RNAs of variable length that are transcribed from the full transcriptome and susceptible to being loaded onto Argonaute type 2 was performed through computational searches in the Drosophila model. We report the segments of RNAs that are complementary to mRNAs originating from introns, the exons of mRNAs and lncRNAs as a potential source of siRNAs. A full catalogue of the mRNAs that fulfill these criteria is presented, along with the quantification of multiple annealing. The catalogue was assessed for biological validation using three published lists: two for Ago2-associated RNAs and one for dsRNAs isolated from a crude extract. A broad spectrum of mRNAs were found to theoretically form intermolecular segmental dsRNAs, which should qualify them as Dicer/Ago2 substrates if they exist in vivo. These results suggest a genome-wide scale of mRNA homoeostasis via RNAi metabolism and could extend the known roles of canonical miRNAs and hairpin RNAs. The distribution of the genes for which transcripts are engaged in intermolecular segmental pairing is largely lacking in the gene collections defined as showing no expression in each individual developmental stage from early embryos to adulthood. This trend was also observed for the genes showing very low expression from the 8-12-hour embryonic to larval stage 2. This situation was also suggested by the 3 lists generated with minimal 20-, 25- and 30-base pairing lengths.

中文翻译:

在所有发育阶段,从无或非常低表达的基因中显着排除了可能参与RNA同源转移的转录组预测的dsRNA。

RNA干扰(RNAi)是指保守的转录后机制,用于通过短dsRNA降解RNA。通过在果蝇模型中进行计算搜索,对与从全长转录组转录而来并易于加载到2型Argonaute上的可变长度RNA互补的mRNA进行全基因组分析。我们报道了与内含子,mRNA和lncRNA的外显子起源的mRNA互补的RNA片段,作为siRNA的潜在来源。提供了满足这些标准的mRNA的完整目录,以及多个退火的定量。使用三个已公开的清单对目录进行了生物学验证评估:两个清单用于与Ago2相关的RNA,一个清单用于从粗提物中分离出的dsRNA。理论上发现广谱的mRNA可形成分子间节段dsRNA,如果它们存在于体内,则应将它们鉴定为Dicer / Ago2底物。这些结果表明通过RNAi代谢的全基因组规模的mRNA稳态,并可以扩展规范的miRNA和发夹RNA的已知作用。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。如果它们在体内存在,则应将它们鉴定为Dicer / Ago2底物。这些结果表明通过RNAi代谢的全基因组规模的mRNA稳态,并可以扩展规范的miRNA和发夹RNA的已知作用。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。如果它们在体内存在,则应将它们鉴定为Dicer / Ago2底物。这些结果表明通过RNAi代谢的全基因组规模的mRNA稳态,并可以扩展规范的miRNA和发夹RNA的已知作用。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。这些结果表明通过RNAi代谢的全基因组规模的mRNA稳态,并可以扩展规范的miRNA和发夹RNA的已知作用。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。这些结果表明通过RNAi代谢的全基因组规模的mRNA稳态,并可以扩展规范的miRNA和发夹RNA的已知作用。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。转录本参与分子间节段配对的基因的分布在定义为从早期胚胎到成年的每个个体发育阶段均不表达的基因集合中,很大程度上缺乏。从8-12小时胚胎期到幼虫阶段2表现出极低表达的基因也观察到这种趋势。这种情况也由3个列表组成,这些列表具有20、25和30个碱基的最小配对长度。
更新日期:2020-03-22
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