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Unveiling Taenia solium kinome profile and its potential for new therapeutic targets.
Expert Review of Proteomics ( IF 3.4 ) Pub Date : 2020-01-29 , DOI: 10.1080/14789450.2020.1719835 Naina Arora 1 , Anand Raj 1, 2 , Farhan Anjum 1 , Rimanpreet Kaur 1 , Suraj Singh Rawat 1 , Rajiv Kumar 3 , Shweta Tripathi 1 , Gagandeep Singh 4 , Amit Prasad 1
Expert Review of Proteomics ( IF 3.4 ) Pub Date : 2020-01-29 , DOI: 10.1080/14789450.2020.1719835 Naina Arora 1 , Anand Raj 1, 2 , Farhan Anjum 1 , Rimanpreet Kaur 1 , Suraj Singh Rawat 1 , Rajiv Kumar 3 , Shweta Tripathi 1 , Gagandeep Singh 4 , Amit Prasad 1
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Background: Helminth infections cause widespread morbidity and are a significant global disease burden. One among them is Neurocysticercosis, a central nervous system infection caused by the larvae Taenia solium, leading to epilepsy. Helminths are strong immune modulators and can survive for a long time in adverse host environments. Kinases are molecular switches and are essential to initiate/propagate signaling cascades and are detrimental to the regulation of homeostasis. They have been implicated in the progression of many diseases and are potentially lucrative drug targets.Objective: To identify kinases in T. solium proteome and prioritize them as drug targets.Methodology: A Hidden Markov Model (HMM) was used to curate and classify kinases into families based on sequence homology to model organisms followed by phylogenetic analysis of each family. To predict potential drug targets, kinases were identified based on a homologically lethal relationship to C. elegans but non-lethal to humans. Kinases thus selected were searched for matching ligands in SARFkinase and DrugBank databases.Result and conclusion: T. solium kinases make up 1.8% of its proteome, CMGC is the largest kinase family and RGC is the smallest and catalytically inactive family. We predict 23-potential kinases to be drug targets for T. solium.[Figure: see text].
中文翻译:
揭示猪绦虫激酶组谱及其新治疗靶点的潜力。
背景:蠕虫感染会导致广泛的发病率,并且是一个重大的全球疾病负担。其中之一是神经囊尾蚴病,一种由猪带绦虫幼虫引起的中枢神经系统感染,导致癫痫。蠕虫是强大的免疫调节剂,可以在不利的宿主环境中存活很长时间。激酶是分子开关,对于启动/传播信号级联反应至关重要,并且不利于体内平衡的调节。它们与许多疾病的进展有关,并且是潜在的有利可图的药物靶标。目的:鉴定猪蹄疫蛋白组中的激酶并将其优先作为药物靶标。方法:隐马尔可夫模型 (HMM) 用于根据与模型生物的序列同源性对激酶进行分类和分类,然后对每个家族进行系统发育分析。为了预测潜在的药物靶点,基于与秀丽隐杆线虫的同源致死关系但对人类非致死性的关系确定了激酶。在 SARFkinase 和 DrugBank 数据库中搜索由此选择的激酶以寻找匹配的配体。结果和结论:T. solium 激酶占其蛋白质组的 1.8%,CMGC 是最大的激酶家族,RGC 是最小且无催化活性的家族。我们预测 23 种潜在激酶是猪瘟的药物靶点。[图:见正文]。在 SARFkinase 和 DrugBank 数据库中搜索由此选择的激酶以寻找匹配的配体。结果和结论:T. solium 激酶占其蛋白质组的 1.8%,CMGC 是最大的激酶家族,RGC 是最小且无催化活性的家族。我们预测 23 种潜在激酶是猪瘟的药物靶点。[图:见正文]。在 SARFkinase 和 DrugBank 数据库中搜索由此选择的激酶以寻找匹配的配体。结果和结论:T. solium 激酶占其蛋白质组的 1.8%,CMGC 是最大的激酶家族,RGC 是最小且无催化活性的家族。我们预测 23 种潜在激酶是猪瘟的药物靶点。[图:见正文]。
更新日期:2020-01-22
中文翻译:
揭示猪绦虫激酶组谱及其新治疗靶点的潜力。
背景:蠕虫感染会导致广泛的发病率,并且是一个重大的全球疾病负担。其中之一是神经囊尾蚴病,一种由猪带绦虫幼虫引起的中枢神经系统感染,导致癫痫。蠕虫是强大的免疫调节剂,可以在不利的宿主环境中存活很长时间。激酶是分子开关,对于启动/传播信号级联反应至关重要,并且不利于体内平衡的调节。它们与许多疾病的进展有关,并且是潜在的有利可图的药物靶标。目的:鉴定猪蹄疫蛋白组中的激酶并将其优先作为药物靶标。方法:隐马尔可夫模型 (HMM) 用于根据与模型生物的序列同源性对激酶进行分类和分类,然后对每个家族进行系统发育分析。为了预测潜在的药物靶点,基于与秀丽隐杆线虫的同源致死关系但对人类非致死性的关系确定了激酶。在 SARFkinase 和 DrugBank 数据库中搜索由此选择的激酶以寻找匹配的配体。结果和结论:T. solium 激酶占其蛋白质组的 1.8%,CMGC 是最大的激酶家族,RGC 是最小且无催化活性的家族。我们预测 23 种潜在激酶是猪瘟的药物靶点。[图:见正文]。在 SARFkinase 和 DrugBank 数据库中搜索由此选择的激酶以寻找匹配的配体。结果和结论:T. solium 激酶占其蛋白质组的 1.8%,CMGC 是最大的激酶家族,RGC 是最小且无催化活性的家族。我们预测 23 种潜在激酶是猪瘟的药物靶点。[图:见正文]。在 SARFkinase 和 DrugBank 数据库中搜索由此选择的激酶以寻找匹配的配体。结果和结论:T. solium 激酶占其蛋白质组的 1.8%,CMGC 是最大的激酶家族,RGC 是最小且无催化活性的家族。我们预测 23 种潜在激酶是猪瘟的药物靶点。[图:见正文]。