The immunonopeptidome corresponds to the repertoire of peptides presented at the cell surface by the major histocompatibility complex (MHC) molecules. Cytotoxic T cells scan this repertoire to identify non-self antigens that can arise from tumors or infected cells. The identification of actionable antigenic targets is key to the development of therapeutic cancer vaccines, T-cell therapy, and other T-cell receptor-based biologics. The growing clinical interest for immunopeptidomics has accelerated the development of high throughput proteogenomic platforms that provide a system-level analysis of MHC-associated peptides. Improvement in sensitivity and throughput of mass spectrometers now allows the detection of a few thousands of peptides from less than 100 million cells. To manage the amount of data generated by these instruments, we have developed the MHC-associated peptide discovery platform (MAPDP), a novel open-source cloud-based computational platform for immunopeptidomic analyses. It provides convenient access from a web portal to immunopeptidomes stored in the database, filtering tools, various visualizations, annotations (e.g. IEDB, dbSNP, gnomAD), peptide-binding affinity prediction (mhcflurry, NetMHC), HLA genotyping, and the generation of personalized proteome databases. MAPDP functionalities are demonstrated here by the discovery of MHC peptides featuring new genetic variants identified in two previously published ovarian carcinoma data sets.

中文翻译：

---

MAPDP：免疫肽组学分析的基于云的计算平台。

免疫肽组对应于主要组织相容性复合体（MHC）分子在细胞表面呈递的肽库。细胞毒性T细胞会扫描此库，以识别可能来自肿瘤或感染细胞的非自身抗原。可操作的抗原靶标的鉴定是开发治疗性癌症疫苗，T细胞疗法和其他基于T细胞受体的生物制剂的关键。对免疫肽组学的日益增长的临床兴趣加速了高通量蛋白质组学平台的开发，该平台提供了MHC相关肽的系统级分析。现在，通过提高质谱仪的灵敏度和通量，可以从不到1亿个细胞中检测出数千种肽。为了管理这些工具生成的数据量，我们已经开发了MHC相关肽发现平台（MAPDP），这是一种新型的基于云的开源数据库，用于免疫肽分析。它提供了从Web门户到数据库中存储的免疫肽酶，过滤工具，各种可视化，注释（例如IEDB，dbSNP，gnomAD），肽结合亲和力预测（mhcflurry，NetMHC），HLA基因分型和个性化生成的便捷访问。蛋白质组数据库。MAPDP功能在这里通过发现MHC肽而得到证明，这些肽具有在两个先前发表的卵巢癌数据集中确定的新遗传变异的特征。它提供了从Web门户到数据库中存储的免疫肽酶，过滤工具，各种可视化，注释（例如IEDB，dbSNP，gnomAD），肽结合亲和力预测（mhcflurry，NetMHC），HLA基因分型和个性化生成的便捷访问。蛋白质组数据库。MAPDP功能在这里通过发现MHC肽而得到证明，这些肽具有在两个先前发表的卵巢癌数据集中确定的新遗传变异的特征。它提供了从Web门户到数据库中存储的免疫肽酶，过滤工具，各种可视化，注释（例如IEDB，dbSNP，gnomAD），肽结合亲和力预测（mhcflurry，NetMHC），HLA基因分型和个性化生成的便捷访问。蛋白质组数据库。MAPDP功能在这里通过发现MHC肽而得到证明，这些肽具有在两个先前发表的卵巢癌数据集中确定的新遗传变异的特征。