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Evaluation of Genetic Diversity Among Exotic Sorghum ( Sorghum bicolor L. Moench) Genotypes Through Molecular Based Analysis (RAPD-PCR)
Gesunde Pflanzen ( IF 3.1 ) Pub Date : 2019-05-17 , DOI: 10.1007/s10343-019-00464-8 Ali Raza , Farwa Ashraf , Sundas Saher Mehmood , Rao Sohail Ahmad Khan
Gesunde Pflanzen ( IF 3.1 ) Pub Date : 2019-05-17 , DOI: 10.1007/s10343-019-00464-8 Ali Raza , Farwa Ashraf , Sundas Saher Mehmood , Rao Sohail Ahmad Khan
There is a remarkable diversity among sorghum species; hence it requires a powerful marker system for genome characterisation. RAPD (randomly amplified polymorphic DNA) is a very favourable technique used to distinguish the sorghum genotypes due to its clarity and speed. We observed genetic diversity among 30 sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) genotypes using RAPD markers. Sixteen RAPD markers produced a total of 148 bands with a mean of 9.25 fragments per loci. Out of the 148, 132 bands showed polymorphism (89.19%), and 16 bands showed monomorphism (10.81%). PIC (polymorphism information content) values were varying from 0.2035 to 0.3438 with a mean of 0.2792. Genetic distance was ranged from 0.013 (for genotype 4 and 8) to 0.807 (for genotype 10 and 27). Cluster analysis exhibited that dendrogram consists of four major groups. Results represent that genotype 1, 3, 5, 15, 6, 11, 4, 8, 26, 29, 20, 24, 14, 25, 19, 23, 2 and 13 were closely related to each other, and genotype 10 was the most diverse genotype among all the studied genotypes by making an independent cluster. The first two factors of principal component analysis (PCA) PC1 (15.06) and PC2 (10.98) had the highest contribution in variability as 10.18 and 7.42%, respectively. Thus, sorghum genotypes can be isolated from each other at the molecular level by using molecular markers.
中文翻译:
通过分子基分析(RAPD-PCR)评估外来高粱(Sorghum bicolor L. Moench)基因型的遗传多样性
高粱种类之间存在着显着的多样性。因此,它需要强大的标记系统来进行基因组表征。RAPD(随机扩增的多态性DNA)由于其清晰度和速度而成为一种用于区分高粱基因型的非常有利的技术。我们观察到30个高粱(高粱 L. Moench)基因型使用RAPD标记。16个RAPD标记共产生148条带,每个基因座平均9.25个片段。在148条中,有132条带表现出多态性(89.19%),有16条带表现出单态性(10.81%)。PIC(多态信息内容)值从0.2035到0.3438不等,平均值为0.2792。遗传距离范围从0.013(对于基因型4和8)到0.807(对于基因型10和27)。聚类分析表明,树状图由四个主要组组成。结果表明基因型1、3、5、15、6、11、4、8、26、29、20、24、14、25、19、23、2和13彼此密切相关,基因型10为通过建立独立的簇,在所有研究的基因型中拥有最多样化的基因型。主成分分析(PCA)前两个因素PC1(15.06)和PC2(10。98)对变异性的贡献最大,分别为10.18和7.42%。因此,通过使用分子标记,可以在分子水平上将高粱基因型彼此分离。
更新日期:2019-05-17
中文翻译:
通过分子基分析(RAPD-PCR)评估外来高粱(Sorghum bicolor L. Moench)基因型的遗传多样性
高粱种类之间存在着显着的多样性。因此,它需要强大的标记系统来进行基因组表征。RAPD(随机扩增的多态性DNA)由于其清晰度和速度而成为一种用于区分高粱基因型的非常有利的技术。我们观察到30个高粱(高粱 L. Moench)基因型使用RAPD标记。16个RAPD标记共产生148条带,每个基因座平均9.25个片段。在148条中,有132条带表现出多态性(89.19%),有16条带表现出单态性(10.81%)。PIC(多态信息内容)值从0.2035到0.3438不等,平均值为0.2792。遗传距离范围从0.013(对于基因型4和8)到0.807(对于基因型10和27)。聚类分析表明,树状图由四个主要组组成。结果表明基因型1、3、5、15、6、11、4、8、26、29、20、24、14、25、19、23、2和13彼此密切相关,基因型10为通过建立独立的簇,在所有研究的基因型中拥有最多样化的基因型。主成分分析(PCA)前两个因素PC1(15.06)和PC2(10。98)对变异性的贡献最大,分别为10.18和7.42%。因此,通过使用分子标记,可以在分子水平上将高粱基因型彼此分离。